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- PDB-3sed: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase Variant M105A from Pse... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sed
タイトルCrystal Structure of Ketosteroid Isomerase Variant M105A from Pseudomonos putida
要素Steroid Delta-isomerase
キーワードISOMERASE / Cysteine Sulfinic
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid Delta-isomerase / steroid Delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Ketosteroid isomerase / SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Steroid Delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.302 Å
データ登録者Somarowthu, S. / Brodkin, H.R. / D'Aquino, J.A. / Ringe, D. / Ondrechen, M.J. / Beuning, P.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: A tale of two isomerases: compact versus extended active sites in ketosteroid isomerase and phosphoglucose isomerase.
著者: Somarowthu, S. / Brodkin, H.R. / D'Aquino, J.A. / Ringe, D. / Ondrechen, M.J. / Beuning, P.J.
履歴
登録2011年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22018年2月14日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid Delta-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7641
ポリマ－13,7641
非ポリマー00
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Steroid Delta-isomerase

A: Steroid Delta-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5272
ポリマ－27,5272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.080, 94.978, 72.286
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-134-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Steroid Delta-isomerase / Delta(5)-3-ketosteroid isomerase


分子量: 13763.528 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 3-127 / 変異: M105A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: ksi / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07445, steroid Delta-isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.4 M Ammonium sulfate 6.5% Isopropyl alcohol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月21日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.3→22.6 Å / Num. obs: 26517 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 1.5
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 1923

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1OHO

1oho


解像度: 1.302→22.559 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2313 1871 7.63 %
Rwork0.2089 --
obs0.2106 24534 81.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.765 Å2 / ksol: 0.465 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--23.4282 Å20 Å2-0 Å2
2--5.5465 Å20 Å2
3----5.3044 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.302→22.559 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数951 0 0 39 990
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008976
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.071327
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.57363
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065146
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3022-1.33740.4314810.36591017X-RAY DIFFRACTION48
1.3374-1.37680.36811020.32231168X-RAY DIFFRACTION57
1.3768-1.42120.36661170.26221361X-RAY DIFFRACTION65
1.4212-1.4720.26321250.25331577X-RAY DIFFRACTION74
1.472-1.53090.24981500.19311728X-RAY DIFFRACTION82
1.5309-1.60060.22191540.17461907X-RAY DIFFRACTION90
1.6006-1.6850.20341660.16541972X-RAY DIFFRACTION94
1.685-1.79050.20021690.17052045X-RAY DIFFRACTION97
1.7905-1.92870.20471680.16652055X-RAY DIFFRACTION97
1.9287-2.12260.18621710.18072097X-RAY DIFFRACTION97
2.1226-2.42940.20121650.19342007X-RAY DIFFRACTION93
2.4294-3.05960.24821540.23151914X-RAY DIFFRACTION88
3.0596-22.5620.24411490.22391815X-RAY DIFFRACTION80

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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