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- PDB-5dyo: Fab43.1 complex with flourescein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dyo
タイトルFab43.1 complex with flourescein
要素
  • Fab 43.1 Heavy Chain
  • Fab 43.1 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody Fab Flourescein
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Longenecker, K.L. / Judge, R.A.
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2016
タイトル: Three-dimensional structure, binding, and spectroscopic characteristics of the monoclonal antibody 43.1 directed to the carboxyphenyl moiety of fluorescein.
著者: Gayda, S. / Longenecker, K.L. / Judge, R.A. / Swift, K.M. / Manoj, S. / Linthicum, D.S. / Tetin, S.Y.
履歴
登録2015年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 2.02017年9月20日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / entity / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 2.12018年3月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 2.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab 43.1 Heavy Chain
B: Fab 43.1 Light Chain
H: Fab 43.1 Heavy Chain
L: Fab 43.1 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,66311
ポリマ－93,5184
非ポリマー1,1457
水6,702372
1
A: Fab 43.1 Heavy Chain
B: Fab 43.1 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2835
ポリマ－46,7592
非ポリマー5243
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA
2
H: Fab 43.1 Heavy Chain
L: Fab 43.1 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3796
ポリマ－46,7592
非ポリマー6204
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.232, 105.401, 109.059
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Fab 43.1 Heavy Chain


分子量: 22643.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab 43.1 Light Chain


分子量: 24115.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-FLU / 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID / FLUORESCEIN / 2-(3-オキソ-6-ヒドロキシ-3H-キサンテン-9-イル)安息香酸


分子量: 332.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H12O5
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.17 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 / 詳細: ammonium sulfate, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97971 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97971 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→47.2 Å / Num. obs: 49365 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.357→2.365 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OCX

4ocx


解像度: 2.36→47.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9116 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8818 / SU R Cruickshank DPI: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.26 / SU Rfree Blow DPI: 0.21 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.212
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 2457 5 %RANDOM
Rwork0.1933 ---
obs0.1955 49167 99.86 %-
原子変位パラメータBiso max: 153.72 Å2 / Biso mean: 49.11 Å2 / Biso min: 11.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.9797 Å20 Å2-12.6309 Å2
2--11.9037 Å20 Å2
3----1.924 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.316 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.36→47.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6508 0 75 372 6955
Biso mean--44.52 47.39 -
残基数----851
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2199SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes137HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1033HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6749HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion907SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7462SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6749HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9209HARMONIC21.2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.4
LS精密化 シェル解像度: 2.36→2.42 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2887 177 4.89 %
Rwork0.2341 3443 -
all0.2369 3620 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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