PDB-5dvx: Crystal structure of the catalytic-domain of human carbonic anhyd...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dvx

タイトル

Crystal structure of the catalytic-domain of human carbonic anhydrase IX at 1.6 angstrom resolution

要素

Carbonic anhydrase 9

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase IX / catalytic domain / water network

機能・相同性

機能・相同性情報

Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / secretion / Reversible hydration of carbon dioxide / molecular function activator activity / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / one-carbon metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.598 Å

データ登録者

Mahon, B.P. / Socorro, L. / Driscoll, J.M. / McKenna, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: The Structure of Carbonic Anhydrase IX Is Adapted for Low-pH Catalysis.
著者: Mahon, B.P. / Bhatt, A. / Socorro, L. / Driscoll, J.M. / Okoh, C. / Lomelino, C.L. / Mboge, M.Y. / Kurian, J.J. / Tu, C. / Agbandje-McKenna, M. / Frost, S.C. / McKenna, R.

履歴

登録	2015年9月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月17日	Group: Database references
改定 1.2	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dvx.cif.gz	246.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dvx.ent.gz	197.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dvx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dvx_validation.pdf.gz	466.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dvx_full_validation.pdf.gz	469.7 KB	表示
XML形式データ	5dvx_validation.xml.gz	28.7 KB	表示
CIF形式データ	5dvx_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/5dvx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/5dvx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3iaiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lt4-6 2hdw-2 5bu6-2 2nw6-d 6mq9-3 3fvz-d 4cpa-2 1v3q-d 5c4f-d 2r2d-9 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 9

B: Carbonic anhydrase 9

ヘテロ分子

58.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbonic anhydrase 9

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Carbonic anhydrase 9

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.877, 102.744, 108.964
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 9 / Carbonate dehydratase IX / Carbonic anhydrase IX / CAIX / Membrane antigen MN / P54/58N / Renal ...Carbonate dehydratase IX / Carbonic anhydrase IX / CAIX / Membrane antigen MN / P54/58N / Renal cell carcinoma-associated antigen G250 / RCC-associated antigen G250 / pMW1 分子量: 28521.043 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic-domain (UNP residues 140-399) / 変異: C161S, L180S, A210K, A258K, F259Y, M360S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA9, G250, MN / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16790, carbonic anhydrase

#1: タンパク質

Carbonic anhydrase 9 / Carbonate dehydratase IX / Carbonic anhydrase IX / CAIX / Membrane antigen MN / P54/58N / Renal ...

分子量: 28521.043 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic-domain (UNP residues 140-399) / 変異: C161S, L180S, A210K, A258K, F259Y, M360S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA9, G250, MN / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16790, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 5種, 640分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.69 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris HCl, pH 8.5, 8% (w/v) PEG 8000 / PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CHESS

/ ビームライン: F1 / 波長: 0.9177 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9177 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 86682 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 12.88 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.108 / Χ²: 0.945 / Net I/av σ(I): 19.738 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 622633

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.6-1.63	6.7	0.565	4246	0.893	0.233	0.612	0.728	99.3
1.63-1.66	7.1	0.504	4313	0.918	0.202	0.544	0.721	100
1.66-1.69	7.1	0.46	4275	0.924	0.184	0.496	0.735	100
1.69-1.72	7.2	0.388	4281	0.938	0.155	0.418	0.746	100
1.72-1.76	7.2	0.33	4293	0.955	0.132	0.356	0.744	100
1.76-1.8	7.2	0.286	4259	0.967	0.114	0.308	0.754	100
1.8-1.85	7.2	0.257	4334	0.972	0.102	0.277	0.775	100
1.85-1.9	7.2	0.223	4280	0.978	0.089	0.24	0.77	100
1.9-1.95	7.3	0.196	4297	0.98	0.078	0.211	0.845	100
1.95-2.02	7.3	0.162	4327	0.987	0.064	0.175	0.821	100
2.02-2.09	7.3	0.136	4290	0.99	0.054	0.147	0.863	100
2.09-2.17	7.3	0.12	4320	0.992	0.048	0.129	0.84	100
2.17-2.27	7.3	0.117	4310	0.992	0.046	0.126	0.929	100
2.27-2.39	7.3	0.104	4329	0.993	0.041	0.112	0.894	100
2.39-2.54	7.3	0.089	4359	0.995	0.035	0.096	0.908	100
2.54-2.73	7.3	0.08	4344	0.995	0.032	0.087	0.99	100
2.73-3.01	7.3	0.073	4368	0.996	0.029	0.079	1.093	100
3.01-3.44	7.2	0.067	4409	0.996	0.027	0.073	1.278	100
3.44-4.33	7.1	0.067	4430	0.995	0.027	0.072	1.686	100
4.33-20	6.8	0.069	4618	0.994	0.028	0.074	1.727	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1839	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IAI

3iai

解像度: 1.598→19.835 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1913	3607	2.32 %	Random selection
R_work	0.1678	-	-	-
obs	0.1683	77844	93.59 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.598→19.835 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3992	0	51	626	4669

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4324
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.151	5897
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.337	1644
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	641
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	777

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5976-1.6186	0.2348	85	0.207	3827	X-RAY DIFFRACTION	61
1.6186-1.6408	0.2	98	0.1969	4450	X-RAY DIFFRACTION	71
1.6408-1.6642	0.2259	114	0.1952	4536	X-RAY DIFFRACTION	73
1.6642-1.6891	0.201	121	0.1964	4902	X-RAY DIFFRACTION	78
1.6891-1.7154	0.217	107	0.1901	5162	X-RAY DIFFRACTION	83
1.7154-1.7435	0.219	134	0.1876	5449	X-RAY DIFFRACTION	87
1.7435-1.7736	0.2361	144	0.1824	5691	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7736-1.8058	0.188	125	0.182	6014	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8058-1.8405	0.2144	152	0.181	6001	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8405-1.8781	0.2232	156	0.191	6168	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8781-1.9189	0.2003	122	0.1928	6213	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9189-1.9635	0.1801	158	0.1889	6256	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9635-2.0125	0.2109	145	0.1762	6290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0125-2.0669	0.2183	143	0.1769	6240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0669-2.1276	0.1807	152	0.1752	6216	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1276-2.1962	0.2391	143	0.1829	6253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1962-2.2746	0.2484	153	0.1767	6253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2746-2.3656	0.1909	144	0.1721	6233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3656-2.473	0.2121	159	0.1693	6266	X-RAY DIFFRACTION	100
2.473-2.6031	0.2026	148	0.1645	6229	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6031-2.7658	0.1741	166	0.165	6262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7658-2.9787	0.1987	147	0.1693	6202	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9787-3.2773	0.1765	155	0.1631	6260	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2773-3.7487	0.1832	149	0.1506	6239	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7487-4.7125	0.1444	142	0.1311	6272	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7125-19.8368	0.1492	145	0.1572	6196	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 2.0796 Å / Origin y: 3.4303 Å / Origin z: -6.2038 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0689 Å²	-0 Å²	-0.0111 Å²	-	0.0632 Å²	-0.0043 Å²	-	-	0.0775 Å²
L	0.0381 °²	-0.012 °²	0.0289 °²	-	0.0295 °²	-0.2685 °²	-	-	0.7488 °²
S	0.0026 Å °	0.028 Å °	0.0043 Å °	0.0472 Å °	-0.0303 Å °	-0.0048 Å °	-0.1097 Å °	0.0061 Å °	-0.035 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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