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万見
- PDB-4cpa: REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE POTATO INHIBITOR COMPLEX OF CARB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cpa
タイトルREFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE POTATO INHIBITOR COMPLEX OF CARBOXYPEPTIDASE A AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION
要素
  • CARBOXYPEPTIDASE A
  • METALLOCARBOXYPEPTIDASE INHIBITOR
キーワードHYDROLASE (C-TERMINAL PEPTIDASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase A / leukotriene metabolic process / endopeptidase inhibitor activity / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase A inhibitor-like / Carboxypeptidase A inhibitor / Proteinase/amylase inhibitor domain superfamily / Carboxypeptidase A, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept ...Carboxypeptidase A inhibitor-like / Carboxypeptidase A inhibitor / Proteinase/amylase inhibitor domain superfamily / Carboxypeptidase A, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / Carboxypeptidase A1 / Metallocarboxypeptidase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Solanum tuberosum (ジャガイモ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lipscomb, W.N. / Rees, D.C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Refined crystal structure of the potato inhibitor complex of carboxypeptidase A at 2.5 A resolution.
著者: Rees, D.C. / Lipscomb, W.N.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Refined Crystal Structure of Carboxypeptidase a at 1.54 Angstroms Resolution.
著者: Rees, D.C. / Lewis, M. / Lipscomb, W.N.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1980
タイトル: Structure of the Potato Inhibitor Complex of Carboxypeptidase a at 2.5-Angstroms Resolution
著者: Rees, D.C. / Lipscomb, W.N.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1980
タイトル: Structure of Potato Inhibitor Complex of Carboxypeptidase a at 5.5-Angstroms Resolution
著者: Rees, D.C. / Lipscomb, W.N.
履歴
登録1982年3月24日処理サイト: BNL
改定 1.01982年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え1983年7月29日ID: 1CPA
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02023年9月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ncs_oper / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_main_chain_plane.improper_torsion_angle / _pdbx_validate_peptide_omega.omega / _pdbx_validate_planes.rmsd / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_oper.matrix[1][1] / _struct_ncs_oper.matrix[1][2] / _struct_ncs_oper.matrix[1][3] / _struct_ncs_oper.matrix[2][1] / _struct_ncs_oper.matrix[2][2] / _struct_ncs_oper.matrix[2][3] / _struct_ncs_oper.matrix[3][1] / _struct_ncs_oper.matrix[3][2] / _struct_ncs_oper.vector[1] / _struct_ncs_oper.vector[2] / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBOXYPEPTIDASE A
I: METALLOCARBOXYPEPTIDASE INHIBITOR
B: CARBOXYPEPTIDASE A
J: METALLOCARBOXYPEPTIDASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5338
ポリマ－77,2524
非ポリマー2814
水00
1
A: CARBOXYPEPTIDASE A
I: METALLOCARBOXYPEPTIDASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7674
ポリマ－38,6262
非ポリマー1402
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area13330 Å2
手法PISA
2
B: CARBOXYPEPTIDASE A
J: METALLOCARBOXYPEPTIDASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7674
ポリマ－38,6262
非ポリマー1402
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area13320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.450, 53.450, 218.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Atom site foot note1: SEE REMARK 6.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.500272, 0.865852, -0.005458), (0.865888, 0.500272, -0.008347), (-0.004438, -0.008913, -0.9995)
ベクター: -2.12867, 1.211, -0.334)
詳細THERE ARE TWO COPIES OF THE CPA-CPI COMPLEX IN THE ASYMMETRIC UNIT. THE SECOND COPY MAY BE GENERATED FROM THIS ENTRY BY APPLYING THE TRANSFORMATION GIVEN BY THE *MTRIX* RECORDS BELOW.

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要素

#1: タンパク質 CARBOXYPEPTIDASE A


分子量: 34442.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00730, carboxypeptidase A
#2: タンパク質・ペプチド METALLOCARBOXYPEPTIDASE INHIBITOR


分子量: 4183.710 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / 参照: UniProt: P01075
#3: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.93 %
結晶化
*PLUS
手法: other
詳細: Rees, D.C., (1980) Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 77, 4633.

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. all: 23869 / Num. obs: 20550 / % possible obs: 85 % / Num. measured all: 63512 / Rmerge(I) obs: 0.074

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 2.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5444 0 12 0 5456
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d4.8
X-RAY DIFFRACTIONo_plane_restr0.0360.03
X-RAY DIFFRACTIONo_chiral_restr0.1660.11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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