PDB-6unc: The crystal structure of Phosphopantetheinyl Hydrolase (PptH) fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6unc

タイトル

The crystal structure of Phosphopantetheinyl Hydrolase (PptH) from Mycobacterium tuberculosis

要素

Metallophos domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Phosphopantetheinyl Hydrolase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC

機能・相同性

[acyl-carrier-protein] phosphodiesterase / [acyl-carrier-protein] phosphodiesterase activity / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / metal ion binding / : / : / [Acyl-carrier-protein] phosphodiesterase PptH

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Mosior, J.W. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into phosphopantetheinyl hydrolase PptH from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Mosior, J. / Bourland, R. / Soma, S. / Nathan, C. / Sacchettini, J.

履歴

登録	2019年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6unc.cif.gz	294.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6unc.ent.gz	199.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6unc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6unc_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6unc_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	6unc_validation.xml.gz	40.9 KB	表示
CIF形式データ	6unc_validation.cif.gz	57.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/6unc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/6unc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1bav-3 1cps-d 1bav-1 1hdu-3 1hdu-4 1hee-1 1iy7-d 1bav-4 4uez-2 6s5j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallophos domain-containing protein

B: Metallophos domain-containing protein

C: Metallophos domain-containing protein

D: Metallophos domain-containing protein

ヘテロ分子

146 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Metallophos domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
36.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Metallophos domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Metallophos domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Metallophos domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.5 kDa, 1 ポリマー
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5

A: Metallophos domain-containing protein

ヘテロ分子

B: Metallophos domain-containing protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
73 kDa, 2 ポリマー
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6

C: Metallophos domain-containing protein

ヘテロ分子

D: Metallophos domain-containing protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
73 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	74.190, 92.534, 183.626
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain 'A' and (resid 15 through 30 or (resid 31...	A	15 - 92
1	2	1	(chain 'A' and (resid 15 through 30 or (resid 31...	A	94 - 106
1	3	1	(chain 'A' and (resid 15 through 30 or (resid 31...	A	108 - 109
1	4	1	(chain 'A' and (resid 15 through 30 or (resid 31...	A	112 - 134
1	5	1	(chain 'A' and (resid 15 through 30 or (resid 31...	A	136 - 198
1	6	1	(chain 'A' and (resid 15 through 30 or (resid 31...	A	201 - 290
2	1	1	(chain 'B' and (resid 15 through 57 or (resid 58...	B	15 - 92
2	2	1	(chain 'B' and (resid 15 through 57 or (resid 58...	B	94 - 106
2	3	1	(chain 'B' and (resid 15 through 57 or (resid 58...	B	108 - 109
2	4	1	(chain 'B' and (resid 15 through 57 or (resid 58...	B	112 - 134
2	5	1	(chain 'B' and (resid 15 through 57 or (resid 58...	B	136 - 198
2	6	1	(chain 'B' and (resid 15 through 57 or (resid 58...	B	201 - 290
3	1	1	(chain 'C' and ((resid 15 through 17 and (name N...	C	15 - 92
3	2	1	(chain 'C' and ((resid 15 through 17 and (name N...	C	94 - 106
3	3	1	(chain 'C' and ((resid 15 through 17 and (name N...	C	108 - 109
3	4	1	(chain 'C' and ((resid 15 through 17 and (name N...	C	112 - 134
3	5	1	(chain 'C' and ((resid 15 through 17 and (name N...	C	136 - 198
3	6	1	(chain 'C' and ((resid 15 through 17 and (name N...	C	201 - 290
4	1	1	(chain 'D' and (resid 15 through 30 or (resid 31...	D	15 - 92
4	2	1	(chain 'D' and (resid 15 through 30 or (resid 31...	D	94 - 106
4	3	1	(chain 'D' and (resid 15 through 30 or (resid 31...	D	108 - 109
4	4	1	(chain 'D' and (resid 15 through 30 or (resid 31...	D	112 - 134
4	5	1	(chain 'D' and (resid 15 through 30 or (resid 31...	D	136 - 198
4	6	1	(chain 'D' and (resid 15 through 30 or (resid 31...	D	201 - 290

#1: タンパク質	Metallophos domain-containing protein 分子量: 36379.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv2795c / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 AI / 参照: UniProt: I6YEE1
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.65 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.3 M ammonium tartrate dibasic; 0.1 M bis-tris propane pH 7.0 with protein: condition 1:1 (protein: condition) PH範囲: 6.7-7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→44.87 Å / Num. obs: 84008 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 50.87 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.094 / R_pim(I) all: 0.059 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.5→2.589 Å / R_merge(I) obs: 0.963 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 8417 / CC_1/2: 0.57 / R_pim(I) all: 0.601 / R_rim(I) all: 1.137

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
HKL-2000		データ削減
XDS		データスケーリング
HKL-2000		データスケーリング
CRANK2		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→44.86 Å / SU ML: 0.3368 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.9084

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2215	4324	5.15 %
R_work	0.1858	-	-
obs	0.1876	83990	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9030	0	8	249	9287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	9346
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5763	12817
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0452	1346
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	1663
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8234	5457

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.3616	146	0.3224	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.53-2.56	0.33	145	0.3121	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.56-2.59	0.3024	142	0.291	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.59-2.62	0.3692	143	0.2957	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.62-2.66	0.3121	142	0.2923	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.66-2.69	0.3708	141	0.2881	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.69-2.73	0.3623	148	0.2781	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.73-2.77	0.3599	144	0.2714	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.77-2.82	0.2945	142	0.2635	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.82-2.86	0.2951	143	0.2476	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.86-2.91	0.2791	172	0.2407	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.91-2.96	0.3093	150	0.2346	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.96-3.02	0.2469	114	0.2279	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.02-3.08	0.289	158	0.2179	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.08-3.15	0.253	139	0.2066	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.15-3.22	0.3087	127	0.1972	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.22-3.3	0.2109	165	0.2012	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.3-3.39	0.2334	136	0.2029	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.6
3.39-3.49	0.2279	152	0.1932	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.49-3.61	0.2007	123	0.1865	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.61-3.73	0.2191	163	0.1649	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.11
3.73-3.88	0.2013	143	0.1633	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.37
3.88-4.06	0.1909	144	0.1508	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.18
4.06-4.27	0.1993	158	0.1525	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.07
4.27-4.54	0.1789	150	0.1411	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.19
4.54-4.89	0.1686	147	0.1383	2631	X-RAY DIFFRACTION	98.65
4.89-5.38	0.1789	124	0.1536	2634	X-RAY DIFFRACTION	98.29
5.38-6.16	0.1733	124	0.1614	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.12
6.16-7.76	0.1949	146	0.1754	2615	X-RAY DIFFRACTION	98.93
7.76-44.86	0.1633	153	0.1456	2605	X-RAY DIFFRACTION	97.73

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関連情報:EMDBヘッダ

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