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- PDB-2r2d: Structure of a quorum-quenching lactonase (AiiB) from Agrobacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r2d
タイトルStructure of a quorum-quenching lactonase (AiiB) from Agrobacterium tumefaciens
要素Zn-dependent hydrolases
キーワードHYDROLASE / lactonase / N-acyl hompserine lactone / di-nuclear zinc center / quorum quenching / AiiB / phosphate / Agrobacterium tumefaciens
機能・相同性
機能・相同性情報


quorum-quenching N-acyl-homoserine lactonase / acyl-L-homoserine-lactone lactonohydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / N-acyl homoserine lactonase AiiB
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Liu, D. / Thomas, P.W. / Momb, J. / Hoang, Q. / Petsko, G.A. / Ringe, D. / Fast, W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structure and specificity of a quorum-quenching lactonase (AiiB) from Agrobacterium tumefaciens.
著者: Liu, D. / Thomas, P.W. / Momb, J. / Hoang, Q.Q. / Petsko, G.A. / Ringe, D. / Fast, W.
履歴
登録2007年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22015年6月17日Group: Derived calculations
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zn-dependent hydrolases
B: Zn-dependent hydrolases
C: Zn-dependent hydrolases
D: Zn-dependent hydrolases
E: Zn-dependent hydrolases
F: Zn-dependent hydrolases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,13937
ポリマ－183,5786
非ポリマー2,56131
水27,4011521
1
A: Zn-dependent hydrolases
ヘテロ分子

E: Zn-dependent hydrolases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,10813
ポリマ－61,1932
非ポリマー91511
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-196 kcal/mol
Surface area22300 Å2
手法PISA
2
B: Zn-dependent hydrolases
C: Zn-dependent hydrolases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,20314
ポリマ－61,1932
非ポリマー1,01012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-202 kcal/mol
Surface area22430 Å2
手法PISA
3
D: Zn-dependent hydrolases
ヘテロ分子

F: Zn-dependent hydrolases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,82810
ポリマ－61,1932
非ポリマー6368
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_654-x+1,y+1/2,-z-11
Buried area3660 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area22440 Å2
手法PISA
4
F: Zn-dependent hydrolases
ヘテロ分子

A: Zn-dependent hydrolases
ヘテロ分子

D: Zn-dependent hydrolases
ヘテロ分子

E: Zn-dependent hydrolases
ヘテロ分子

B: Zn-dependent hydrolases
C: Zn-dependent hydrolases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,13937
ポリマ－183,5786
非ポリマー2,56131
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
crystal symmetry operation2_544-x,y-1/2,-z-11
crystal symmetry operation2_645-x+1,y-1/2,-z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16120 Å2
ΔGint-618 kcal/mol
Surface area63390 Å2
手法PISA
5
E: Zn-dependent hydrolases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0096
ポリマ－30,5961
非ポリマー4135
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Zn-dependent hydrolases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9145
ポリマ－30,5961
非ポリマー3184
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
A: Zn-dependent hydrolases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0987
ポリマ－30,5961
非ポリマー5026
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
B: Zn-dependent hydrolases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1017
ポリマ－30,5961
非ポリマー5056
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
C: Zn-dependent hydrolases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1017
ポリマ－30,5961
非ポリマー5056
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
D: Zn-dependent hydrolases
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9145
ポリマ－30,5961
非ポリマー3184
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.146, 158.033, 80.439
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Zn-dependent hydrolases / AGR_pTi_140p


分子量: 30596.324 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: C58/ATCC 33970 / 遺伝子: aiiB / プラスミド: pMAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9CKY2
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 35% glycerol anhydrous and 0.26 M ammonium dihydrogen phosphate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97946 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→79.06 Å / Num. obs: 185201 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 40.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 15044 / % possible all: 79.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
Blu-Iceiceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→18.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 5.921 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 1 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21267 9324 5 %RANDOM
Rwork0.15898 ---
obs0.16169 175810 96.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.798 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å20.19 Å2
2--0.83 Å20 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→18.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12924 0 117 1521 14562
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02114037
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5261.95919187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.96751802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.80722.909691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.795152259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.10715140
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.22108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210998
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.26922
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.29480
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.21294
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0980.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.210.258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2791.58803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.972213967
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.20335845
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6044.55173
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 512 -
Rwork0.261 9807 -
obs-15044 73.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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