PDB-3u1t: Haloalkane Dehalogenase, DmmA, of marine microbial origin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u1t

タイトル

Haloalkane Dehalogenase, DmmA, of marine microbial origin

要素

DmmA Haloalkane Dehalogenase

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta-hydrolase / Haloalkane Dehalogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Gehret, J.J. / Smith, J.L.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Structure and activity of DmmA, a marine haloalkane dehalogenase.
著者: Gehret, J.J. / Gu, L. / Geders, T.W. / Brown, W.C. / Gerwick, L. / Gerwick, W.H. / Sherman, D.H. / Smith, J.L.

履歴

登録	2011年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月18日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u1t.cif.gz	262.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u1t.ent.gz	213.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u1t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/3u1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/3u1t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3h1b-d 1g42-d 6y9f-d 5lu9-d 6s06-d 2qvb-1 6u32-d 6wf7-1 1k63-d 6qro-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DmmA Haloalkane Dehalogenase

B: DmmA Haloalkane Dehalogenase

ヘテロ分子

69.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DmmA Haloalkane Dehalogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DmmA Haloalkane Dehalogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: DmmA Haloalkane Dehalogenase

B: DmmA Haloalkane Dehalogenase

ヘテロ分子

A: DmmA Haloalkane Dehalogenase

B: DmmA Haloalkane Dehalogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
140 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.784, 99.784, 122.004
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

#1: タンパク質	DmmA Haloalkane Dehalogenase 分子量: 34715.668 Da / 分子数: 2 / 断片: DmmAshort / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / プラスミド: pET-24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6DND9, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	SQUENCE WAS ORIGINALLY ANNOTATED AS CURN FROM CYANOBACTERIA LYNGBYA MAJUSCULA. IT IS NOW THOUGHT ...SQUENCE WAS ORIGINALLY ANNOTATED AS CURN FROM CYANOBACTERIA LYNGBYA MAJUSCULA. IT IS NOW THOUGHT THAT CURN GENETIC MATERIAL IS FROM A BACTERIA THAT WAS GROWING IN ASSOCIATION WITH L. MAJUSCULA AT THE TIME OF COSMID PREPARATION. CURN HAS BEEN RENAMED DMMA.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.2 M sodium malonate pH 7.0, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97939 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月28日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97939 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.8 % / Av σ(I) over netI: 13.22 / 数: 399056 / R_merge(I) obs: 0.122 / Χ²: 1.02 / D res high: 2.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 69098 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.74	50	100	1	0.047	1.01	5.9
3.76	4.74	100	1	0.068	1.011	5.9
3.29	3.76	100	1	0.076	1.05	5.9
2.99	3.29	100	1	0.118	1.011	5.9
2.77	2.99	100	1	0.175	1.011	5.9
2.61	2.77	100	1	0.235	1.012	5.8
2.48	2.61	100	1	0.305	1.001	5.8
2.37	2.48	100	1	0.395	1.018	5.8
2.28	2.37	100	1	0.479	1.028	5.6
2.2	2.28	99.9	1	0.548	1.071	5.2

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 35045 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 8.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.28	5.2	0.549	1	99.9
2.28-2.37	5.6	0.479	1	100
2.37-2.48	5.8	0.395	1	100
2.48-2.61	5.8	0.305	1	100
2.61-2.77	5.8	0.235	1	100
2.77-2.99	5.9	0.175	1	100
2.99-3.29	5.9	0.118	1	100
3.29-3.76	5.9	0.076	1	100
3.76-4.74	5.9	0.068	1	100
4.74-50	5.9	0.047	1	100

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	26.293	0.086	0.255	0.333	0.356
2	Se	30.358	0.633	0.31	0.103	0.346
3	Se	35.382	0.169	0.172	0.027	0.443
4	Se	20.601	0.687	0.413	0.128	0.306
5	Se	28.886	0.26	0.426	0.224	0.269
6	Se	28.932	0.151	0.387	0.221	0.284
7	Se	32.014	0.682	0.442	0.284	0.332
8	Se	18.977	0.933	0.13	0.242	0.283
9	Se	27.354	0.627	0.253	0.221	0.31
10	Se	25.701	0.243	0.379	0.237	0.262
11	Se	32.629	0.108	0.253	0.179	0.223
12	Se	60	0.894	0.092	0.171	0.244
13	Se	15.99	0.143	0.477	0.143	0.128
14	Se	40.119	0.196	0.48	0.24	0.266
15	Se	30.948	0.943	0.254	0.269	0.208
16	Se	37.548	0.766	0.325	0.189	0.219
17	Se	55.057	0.672	0.399	0.301	0.276
18	Se	17.537	0.09	0.208	0.014	0.113
19	Se	18.819	0.609	0.201	0.111	0.112
20	Se	25.831	0.123	0.423	0.315	0.169
21	Se	56.461	0.053	0.208	0.146	0.233
22	Se	60	0.615	0.207	0.292	0.253

Phasing dm

FOM : 0.68 / FOM acentric: 0.68 / FOM centric: 0.61 / 反射: 34734 / Reflection acentric: 33845 / Reflection centric: 889

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.3-49.9	0.91	0.93	0.73	1532	1419	113
3.9-6.3	0.92	0.92	0.8	4673	4494	179
3.1-3.9	0.86	0.86	0.75	5852	5692	160
2.8-3.1	0.74	0.74	0.62	5866	5735	131
2.4-2.8	0.57	0.58	0.43	10441	10240	201
2.2-2.4	0.41	0.42	0.29	6370	6265	105

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.1	位相決定
RESOLVE	2.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice	epics	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→86.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 9.24 / SU ML: 0.105 / SU R Cruickshank DPI: 0.1995 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17728	1746	5 %	RANDOM
R_work	0.13882	-	-	-
obs	0.14079	33173	99.62 %	-
all	-	37919	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.696 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.1 Å²	0.55 Å²	0 Å²
2-	-	1.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→86.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4628	0	18	497	5143

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	4801
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.195	1.973	6556
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.974	5	603
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.819	23.395	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.124	15	729
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.544	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	705
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.022	3777
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.362	1.5	3003
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.718	2	4848
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.479	3	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.369	4.5	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.198→2.255 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.249	130	-
R_work	0.182	2408	-
obs	-	-	97.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4868	0.375	-0.3495	0.536	-0.5319	1.1181	-0.0018	0.1047	-0.0084	-0.0696	-0.0127	0.0334	0.0493	-0.0194	0.0145	0.067	-0.0087	0.0054	0.1005	-0.0148	0.024	46.6973	23.6756	50.2337
2	0.9853	0.2497	-0.2853	0.7046	0.164	1.1528	0.0185	0.045	0.0871	0.0606	-0.0568	0.0122	-0.2264	0.0197	0.0383	0.0806	-0.0111	0.0115	0.076	0.0054	0.0641	46.9589	33.7999	59.9725
3	0.7738	-0.0607	0.1786	0.6435	0.1995	1.4357	0.0217	0.0537	-0.053	0.0567	-0.0529	-0.0577	-0.029	0.1202	0.0312	0.0347	-0.0282	0.015	0.1314	0.0239	0.0488	63.5302	22.6696	64.0506
4	15.2278	0.2964	-2.7779	2.2439	1.3074	2.0057	0.1226	-0.1837	0.3421	0.2074	-0.1326	0.0428	-0.22	-0.0686	0.0099	0.1938	-0.0246	-0.0013	0.0422	-0.0396	0.0779	48.9805	38.3874	70.2081
5	1.4247	0.301	-0.0075	0.9816	-0.1163	0.8556	0.0574	-0.0433	0.0631	0.0819	-0.0648	0.0636	0.0037	-0.0594	0.0074	0.0603	-0.0187	0.0289	0.0876	-0.023	0.0378	38.7606	21.518	68.3103
6	0.3806	-0.1713	-0.1389	1.5435	-0.6606	1.3494	0.0351	-0.1	0.0199	0.249	-0.028	0.1529	-0.0265	-0.0838	-0.0071	0.0667	-0.0487	0.0466	0.1125	-0.0616	0.0518	23.9821	1.3443	86.7254
7	0.5018	-0.1122	-0.0885	1.1225	-0.3363	1.413	0.0782	-0.0821	-0.0203	-0.0374	-0.0276	0.3102	-0.0515	-0.2581	-0.0506	0.0328	-0.0361	0.0194	0.1528	-0.0648	0.141	14.9855	4.511	77.4791
8	17.7836	-6.6739	-0.0033	4.2399	-5.7763	19.265	1.0609	0.8466	0.7152	-0.3391	-0.9366	-0.2451	-0.3869	1.655	-0.1243	0.4719	0.0174	-0.0082	0.3442	-0.1097	0.163	21.1927	-13.4015	62.1826
9	0.1288	-0.0664	-0.2973	2.4588	0.151	0.8922	-0.023	-0.019	-0.0446	-0.0585	-0.0529	0.0209	0.2113	0.0023	0.0759	0.1207	-0.0411	-0.0016	0.0904	-0.0399	0.0572	27.7442	-14.2107	77.7459
10	1.1022	0.4081	-0.2505	2.305	-0.3365	0.9864	0.0932	0.0596	0.0381	-0.2272	-0.0986	0.1901	-0.008	-0.0652	0.0053	0.0438	0.0031	-0.0098	0.0976	-0.0523	0.0383	23.0585	7.5968	68.5527

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	44 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	114 - 177
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	178 - 256
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	257 - 273
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	274 - 341
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	44 - 118
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	119 - 176
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	177 - 196
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	197 - 251
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	252 - 341

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)