+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u1t | ||||||
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Title | Haloalkane Dehalogenase, DmmA, of marine microbial origin | ||||||
Components | DmmA Haloalkane Dehalogenase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / alpha/beta-hydrolase / Haloalkane Dehalogenase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | unidentified (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Gehret, J.J. / Smith, J.L. | ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2012 Title: Structure and activity of DmmA, a marine haloalkane dehalogenase. Authors: Gehret, J.J. / Gu, L. / Geders, T.W. / Brown, W.C. / Gerwick, L. / Gerwick, W.H. / Sherman, D.H. / Smith, J.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3u1t.cif.gz | 257.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3u1t.ent.gz | 218.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3u1t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/3u1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/3u1t | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34715.668 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: DmmAshort Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) unidentified (others) / Plasmid: pET-24b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q6DND9, haloalkane dehalogenase #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | SQUENCE WAS ORIGINALLY ANNOTATED AS CURN FROM CYANOBACTERIA LYNGBYA MAJUSCULA. IT IS NOW THOUGHT ...SQUENCE WAS ORIGINALLY | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 2.2 M sodium malonate pH 7.0, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 0.97939 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 28, 2007 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double Crystal Monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97939 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 5.8 % / Av σ(I) over netI: 13.22 / Number: 399056 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Χ2: 1.02 / D res high: 2.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 69098 / % possible obs: 100 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 35045 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 8.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: SAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | FOM : 0.68 / FOM acentric: 0.68 / FOM centric: 0.61 / Reflection: 34734 / Reflection acentric: 33845 / Reflection centric: 889 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.2→86.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 9.24 / SU ML: 0.105 / SU R Cruickshank DPI: 0.1995 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.157 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.696 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→86.39 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.198→2.255 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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