PDB-5dtb: Crystal structure of the Drosophila CG3822 KaiR1D ligand binding ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dtb

タイトル

Crystal structure of the Drosophila CG3822 KaiR1D ligand binding domain complex with glutamate

要素

CG3822

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

Presynaptic function of Kainate receptors / Activation of Na-permeable kainate receptors / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / positive regulation of glutamate secretion, neurotransmission / positive regulation of neuromuscular synaptic transmission / regulation of synaptic activity / glutamate receptor activity / presynaptic active zone / calcium ion import across plasma membrane / kainate selective glutamate receptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.843 Å

データ登録者

Dharkar, P. / Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: Neuron / 年: 2016
タイトル: Novel Functional Properties of Drosophila CNS Glutamate Receptors.
著者: Li, Y. / Dharkar, P. / Han, T.H. / Serpe, M. / Lee, C.H. / Mayer, M.L.

履歴

登録	2015年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月21日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDBx/mmCIF形式	5dtb.cif.gz	323.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dtb.ent.gz	267.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5dtb_validation.pdf.gz	458 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dtb_full_validation.pdf.gz	460.3 KB	表示
XML形式データ	5dtb_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	5dtb_validation.cif.gz	39.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dtb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dtb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dt6C 5ehmC 5ehsC 5ictC 1s50S 4wxj C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4g8m-d 3bft-1 3c31-d 3bbr-d 4o3c-1 6hcc-d 5nf5-d 1my0-1 3c35-d 3bfu-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (10) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (10)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (2)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CG3822

B: CG3822

ヘテロ分子

60.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.704, 87.704, 183.341
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	CG3822 分子量: 29778.984 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 411-527; unp residues 650-794 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG3822, Dmel_CG3822 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: Q9VDH5
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Buffer 150 NaCl 10 Tris, 2 Glu, 1 EDTA Reservoir 10% PEG 8K 0.1 Bicine pH 9, 2% Dioxane PH範囲: 8-9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→30 Å / Num. obs: 62542 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 26.3
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10pre_2124)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1S50

1s50

解像度: 1.843→29.801 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.194	3078	5.03 %	Random
R_work	0.1616	-	-	-
obs	0.1632	61148	97.83 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.843→29.801 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4126	0	33	526	4685

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	4289
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.007	5773
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.588	2607
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	632
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	737

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8434-1.8722	0.2633	145	0.2139	2490	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8722-1.9029	0.2337	155	0.1971	2566	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9029-1.9357	0.2228	144	0.1875	2540	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9357-1.9709	0.2351	140	0.172	2572	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9709-2.0088	0.2351	124	0.163	2594	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0088-2.0498	0.2032	146	0.1568	2590	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0498-2.0944	0.2016	111	0.1578	2611	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0944-2.1431	0.1735	127	0.1573	2606	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1431-2.1967	0.216	128	0.1492	2607	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1967-2.256	0.1827	128	0.1498	2642	X-RAY DIFFRACTION	98
2.256-2.3224	0.2076	118	0.1454	2602	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3224-2.3973	0.2034	144	0.1497	2624	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3973-2.483	0.1824	132	0.1551	2656	X-RAY DIFFRACTION	98
2.483-2.5823	0.1886	137	0.1563	2638	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5823-2.6998	0.1877	137	0.1613	2639	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6998-2.842	0.2421	140	0.1702	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
2.842-3.0199	0.212	166	0.1724	2664	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0199-3.2528	0.2273	129	0.1794	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2528-3.5797	0.193	141	0.1682	2692	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5797-4.0965	0.1825	167	0.1549	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0965-5.1568	0.1581	174	0.1318	2751	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1568-29.8046	0.1765	145	0.1799	2936	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3469	-0.1853	-0.2497	0.3338	0.0895	0.2058	0.0375	-0.1825	-0.0173	0.1772	-0.0901	0.0066	0.229	-0.0833	-0.0003	0.3433	-0.0637	0.0089	0.2337	0.0382	0.2407	-22.3555	5.9499	9.2663
2	0.3261	0.4626	-0.0476	0.4997	-0.2486	0.8598	0.1676	-0.2788	-0.0224	0.4615	-0.2487	0.0952	-0.0685	-0.1384	-0.009	0.3097	-0.0608	0.0305	0.2953	-0.0083	0.2404	-25.1596	18.9396	12.0204
3	0.3334	0.3486	-0.0199	0.8352	0.1346	0.3635	0.0314	-0.0333	0.0663	-0.0369	-0.1001	0.1038	-0.0488	-0.1112	-0	0.2071	0.0228	0.0033	0.2181	-0.0285	0.2471	-29.2666	21.2289	-7.6105
4	0.2188	0.0244	0.0375	0.1077	-0.1343	0.1102	-0.0347	0.0881	0.0821	-0.0217	-0.1061	0.1696	-0.613	-0.378	-0.0076	0.3394	0.1182	-0.0713	0.3387	-0.0658	0.4025	-38.9438	28.855	-11.9501
5	0.4707	0.1032	0.4564	0.3731	0.1655	1.0725	0.0965	-0.0601	-0.0302	0.0312	-0.0956	-0.0163	0.1016	-0.1109	-0	0.2215	-0.0284	0.0121	0.2076	-0.0176	0.2164	-29.8897	14.483	-7.5065
6	0.8393	0.2335	-0.1662	0.4343	-0.327	0.1853	0.056	0.0067	-0.0142	0.0271	-0.1514	-0.0473	0.2602	0.1881	-0.0046	0.2837	0.0412	0.0251	0.2451	0.0311	0.2569	-12.9229	10.3634	-1.5184
7	0.4933	-0.0599	-0.1199	0.5775	-0.6484	0.72	0.0829	-0.0416	0.0999	0.1299	-0.0853	0.0629	-0.2727	0.2101	0.001	0.2701	-0.0441	0.0303	0.2006	-0.0104	0.2378	-3.6481	43.4277	-8.8373
8	0.0565	-0.0351	-0.1547	0.0276	0.0933	0.461	0.2711	-0.218	0.0069	0.2623	-0.1194	-0.2898	-0.2103	0.1864	0.0247	0.3055	-0.0405	-0.1085	0.4358	0.0472	0.3834	10.0052	29.6163	2.387
9	0.5119	0.2385	-0.4069	0.9852	-0.4401	0.7018	-0.0067	-0.1332	-0.0994	-0.0596	-0.1447	-0.0319	0.1352	0.1394	-0.1126	0.2107	0.0332	0.0181	0.2232	0.0448	0.2172	0.2093	23.6931	-10.4414
10	0.2821	-0.0339	-0.0444	0.1204	-0.1249	0.2817	-0.1306	-0.2504	0.0178	0.0966	-0.0744	-0.162	0.5336	0.4517	-0.0667	0.3305	0.1632	0.0835	0.356	0.1271	0.3252	8.1011	14.7487	-10.5173
11	0.7528	-0.1968	-0.4899	0.455	-0.118	0.5593	-0.0067	-0.0195	-0.0223	-0.107	-0.1068	-0.0438	0.1571	0.1223	-0.019	0.232	0.0279	0.0328	0.1987	0.0379	0.2004	0.7539	25.2573	-18.6197
12	0.7409	0.1441	-0.1581	0.4676	-0.2328	0.2037	-0.0265	-0.0225	0.043	-0.0236	-0.0636	0.1374	-0.1063	-0.0402	0.0001	0.2652	0.005	0.0034	0.2287	0.0194	0.2703	-14.3848	35.1561	-11.3613

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 6:44)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 45:87)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 88:151)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 152:170)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 171:232)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 233:268)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 6:68)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 69:80)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 81:140)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 141:170)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 171:229)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 230:268)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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