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- PDB-5ehm: Crystal structure of the Drosophila CG3822 KaiR1D ligand binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ehm
タイトルCrystal structure of the Drosophila CG3822 KaiR1D ligand binding domain complex with NMDA
要素RE06730p,CG3822
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Presynaptic function of Kainate receptors / Activation of Na-permeable kainate receptors / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / positive regulation of glutamate secretion, neurotransmission / regulation of synaptic activity / positive regulation of neuromuscular synaptic transmission / glutamate receptor activity / presynaptic active zone / kainate selective glutamate receptor activity / calcium ion import across plasma membrane ...Presynaptic function of Kainate receptors / Activation of Na-permeable kainate receptors / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / positive regulation of glutamate secretion, neurotransmission / regulation of synaptic activity / positive regulation of neuromuscular synaptic transmission / glutamate receptor activity / presynaptic active zone / kainate selective glutamate receptor activity / calcium ion import across plasma membrane / glutamate-gated calcium ion channel activity / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / modulation of chemical synaptic transmission / postsynaptic density membrane / presynaptic membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region ...Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-methyl-D-aspartic acid / RE06730p / Kainate-type ionotropic glutamate receptor subunit 1D
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.281 Å
データ登録者Dharkar, P. / Mayer, M.L.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2016
タイトル: Novel Functional Properties of Drosophila CNS Glutamate Receptors.
著者: Li, Y. / Dharkar, P. / Han, T.H. / Serpe, M. / Lee, C.H. / Mayer, M.L.
履歴
登録2015年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RE06730p,CG3822
B: RE06730p,CG3822
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9664
ポリマ－59,6722
非ポリマー2942
水15,006833
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area24290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.891, 56.891, 143.584
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 RE06730p,CG3822


分子量: 29836.039 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 411-529, unp residues 650-794 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG3822, CG3822, Dmel_CG3822 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: Q8MS48, UniProt: Q9VDH5
#2: 化合物 ChemComp-OEM / N-methyl-D-aspartic acid / NMDA


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4 / コメント: 神経伝達物質, アゴニスト*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 833 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Buffer 150 NaCl 10 HEPES pH 7.5 20 mM NMDA 2 mM EDTA Reservoir 22% PEG 6K 0.1 M Na Acetate 0.1M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→40 Å / Num. obs: 134785 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 49.44
反射 シェル解像度: 1.28→1.3 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 70.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1-2155_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DTB

5dtb


解像度: 1.281→24.81 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 19.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1954 12903 4.99 %Random
Rwork0.164 ---
obs0.1655 134785 96.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.281→24.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4063 0 20 833 4916
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084303
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9815821
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1071623
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076641
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007749
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2808-1.29530.24622800.20866196X-RAY DIFFRACTION72
1.2953-1.31050.24983900.2047560X-RAY DIFFRACTION90
1.3105-1.32650.25073760.19288126X-RAY DIFFRACTION95
1.3265-1.34330.23664800.19187962X-RAY DIFFRACTION96
1.3433-1.3610.23653840.18858322X-RAY DIFFRACTION97
1.361-1.37960.23564760.18948098X-RAY DIFFRACTION97
1.3796-1.39930.24954880.18627990X-RAY DIFFRACTION97
1.3993-1.42020.21955080.18178342X-RAY DIFFRACTION97
1.4202-1.44240.21974800.18188067X-RAY DIFFRACTION97
1.4424-1.46610.21283660.17428341X-RAY DIFFRACTION97
1.4661-1.49130.20834280.1738252X-RAY DIFFRACTION97
1.4913-1.51850.19384720.16688228X-RAY DIFFRACTION97
1.5185-1.54770.22914400.16678158X-RAY DIFFRACTION98
1.5477-1.57920.22645080.16428332X-RAY DIFFRACTION98
1.5792-1.61360.20314140.16058234X-RAY DIFFRACTION98
1.6136-1.65110.20324680.1558280X-RAY DIFFRACTION98
1.6511-1.69240.2343160.15698428X-RAY DIFFRACTION98
1.6924-1.73810.20424760.15858268X-RAY DIFFRACTION98
1.7381-1.78930.20543600.15898424X-RAY DIFFRACTION99
1.7893-1.8470.18334840.15378250X-RAY DIFFRACTION99
1.847-1.9130.16674400.15378406X-RAY DIFFRACTION99
1.913-1.98950.17214360.15148336X-RAY DIFFRACTION99
1.9895-2.08010.18764600.16218418X-RAY DIFFRACTION99
2.0801-2.18970.1894280.15928548X-RAY DIFFRACTION99
2.1897-2.32680.19674180.16058306X-RAY DIFFRACTION99
2.3268-2.50620.20334440.16048504X-RAY DIFFRACTION100
2.5062-2.75820.19574880.16518334X-RAY DIFFRACTION100
2.7582-3.15660.19924380.16588488X-RAY DIFFRACTION100
3.1566-3.97430.17254360.15948360X-RAY DIFFRACTION99
3.9743-24.81480.17613210.1647984X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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