PDB-2ojt: Structure and mechanism of kainate receptor modulation by anions

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ojt

タイトル

Structure and mechanism of kainate receptor modulation by anions

要素

Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

L-glutamate transmembrane transporter activity / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / Activation of Na-permeable kainate receptors / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / kainate selective glutamate receptor complex / adult behavior / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: Neuron / 年: 2007
タイトル: Structure and mechanism of kainate receptor modulation by anions.
著者: Plested, A.J. / Mayer, M.L.

履歴

登録	2007年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2017年8月2日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

Remark 999

SEQUENCE THE FIRST TWO RESIDUES OF THE SEQUENCE ARE VECTOR ENCODED. GLUR5 RESIDUES 446-559 AND 682- ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ojt.cif.gz	128.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ojt.ent.gz	101 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ojt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/2ojt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/2ojt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f34S 2f36 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2f34-3 2f35-4 2qs3-2 2f35-3 2qs2-1 2qs3-1 2f34-4 2qs1-1 2qs1-2 3ua8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (11) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

ヘテロ分子

59.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

ヘテロ分子

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

ヘテロ分子

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.598, 97.732, 128.688
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-301- BR
2	1	B-301- BR
3	1	A-526- HOH
4	1	B-521- HOH

#1: タンパク質	Glutamate receptor, ionotropic kainate 1 / Glutamate receptor 5 / GluR-5 / GluR5 分子量: 29211.531 Da / 分子数: 2 / 変異: E821S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 組織: Brain / 遺伝子: Grik1, Glur5 / プラスミド: pET-22B (modified) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: P22756
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION 分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-UBA / (S)-1-(2-AMINO-2-CARBOXYETHYL)-3(2-CARBOXYTHIOPHENE-3-YL-METHYL)-5-METHYLPYRIMIDINE-2,4-DIONE 分子量: 353.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₅N₃O₆S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: 19% PEG 1000, 120 mM Br, 100 mM Tris-HCl, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.92017 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月21日
放射	モノクロメーター: Double crystal Si-220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92017 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 44649 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 28.62 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.95→2.03 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2F34

2f34

解像度: 1.95→27.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 6.139 / SU ML: 0.097 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23291	2184	5 %	RANDOM
R_work	0.1901	-	-	-
all	0.19223	41266	-	-
obs	0.19223	41266	96.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.399 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→27.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4014	0	82	288	4384

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4528
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.331	1.993	6138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.84	5	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.544	24.316	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.75	15	871
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.688	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	658
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3409
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.3	2262
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.5	3248
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.5	586
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.251	0.3	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.202	0.5	53
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.022	2	2809
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.649	3	4446
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.044	2	2006
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.455	3	1692

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	130	-
R_work	0.191	2676	-
obs	-	-	85.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2037	0.3593	0.3368	0.6513	0.7061	1.2709	-0.1126	0.2446	-0.0506	0.0207	-0.0298	0.1135	0.1486	0.0095	0.1424	0.0657	-0.0337	-0.0161	0.0485	-0.0113	0.0605	-15.174	3.651	16.449
2	0.1799	-0.7922	-0.3851	3.9094	1.0669	1.7663	0.6245	0.2768	-0.2994	-0.0828	-0.8264	0.4095	1.0719	0.8259	0.2018	0.1033	0.3699	-0.2381	0.2895	-0.2114	0.1484	9.607	-11.98	10.528
3	2.1914	-2.8583	1.3988	3.7283	-1.8245	0.8929	-0.3251	0.1889	-0.6075	-1.1469	-0.7825	0.5009	-0.0634	0.8473	1.1075	0.3456	-0.0961	-0.1208	0.3246	-0.1987	0.2814	6.337	-14.901	15.15
4	0.478	-0.6909	-0.6134	1.6269	0.4504	1.0901	-0.0806	0.8	-0.0597	-0.0443	-0.5212	0.3806	0.4802	0.5733	0	0.0103	0.1117	-0.1676	0.2063	-0.2339	0.2183	7.388	-1.734	11.814
5	0.1146	0.051	-0.0705	0.5644	0.9304	1.7505	-0.0727	0.4417	-0.0556	0.0081	-0.0601	-0.096	-0.2555	0.1129	0	0.0814	-0.0399	0.0372	0.0368	-0.0294	0.0767	-10.886	9.578	5.57
6	0.6123	0.362	-0.7084	0.2381	-0.3133	1.2817	0.0874	0.1333	0.1005	0.0273	-0.019	-0.0603	-0.0149	-0.1482	0	0.0475	-0.0319	0.0123	0.0668	0.0151	0.0547	-44.856	-15.073	15.602
7	6.0096	0.24	-1.5543	0.1856	0.6261	3.0925	-0.8305	1.3142	0.6702	1.3755	0.3519	-0.3342	-1.1161	-1.2732	0	0.3365	0.4425	0.3179	0.1178	0.308	0.296	-60.876	9.867	21.699
8	2.7095	-1.3275	0.7059	3.8373	-1.6617	0.7272	0.2702	0.5255	0.7287	0.1907	-0.0319	0.1722	-0.284	0.0976	0	0.3588	-0.0522	0.0499	0.3627	0.0679	0.3432	-63.484	6.588	16.925
9	1.7844	-0.6137	-0.5441	0.7069	0.8941	1.1738	0.096	0.6934	0.2534	0.5372	0.0643	-0.1395	-0.5603	-0.4217	0	0.1943	0.1167	0.23	-0.0055	0.1751	0.2132	-50.34	7.227	20.469
10	0.6829	0.075	-0.9471	0.0783	0.0435	1.624	0.0311	0.3457	-0.0923	0.0905	0.0108	-0.0512	-0.115	0.2488	0	0.0379	-0.0436	0.0261	0.0847	-0.0339	0.0758	-39.168	-11.022	26.703

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	114 - 147
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	148 - 181
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	182 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	214 - 254
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	4 - 113
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	114 - 147
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	148 - 182
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	183 - 213
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	214 - 254

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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