PDB-4wxj: Drosophila muscle GluRIIB complex with glutamate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wxj

タイトル

Drosophila muscle GluRIIB complex with glutamate

要素

Glutamate receptor IIB,Glutamate receptor IIB

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Glutamate receptor ion channel Ligand binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of Na-permeable kainate receptors / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / muscle cell postsynaptic specialization / regulation of synaptic activity / neuromuscular synaptic transmission / glutamate receptor activity / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / glutamate-gated receptor activity / glutamate-gated calcium ion channel activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.002 Å

データ登録者

Dharkar, P. / Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Functional reconstitution of Drosophila melanogaster NMJ glutamate receptors.
著者: Han, T.H. / Dharkar, P. / Mayer, M.L. / Serpe, M.

履歴

登録	2014年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月13日	Group: Database references
改定 1.2	2015年5月20日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wxj.cif.gz	302.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wxj.ent.gz	251.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wxj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/4wxj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/4wxj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1s50S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3fvg-2 6f28-2 3u94-5 3a1t-d 3h2p-d 2znu-d 3fvo-2 3m3f-d 4e26-3 4rzv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (10) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (10)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (2)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor IIB,Glutamate receptor IIB

B: Glutamate receptor IIB,Glutamate receptor IIB

ヘテロ分子

62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate receptor IIB,Glutamate receptor IIB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutamate receptor IIB,Glutamate receptor IIB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.314, 94.527, 119.538
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glutamate receptor IIB,Glutamate receptor IIB 分子量: 30846.320 Da / 分子数: 2 断片: Fragment: Residues 416-537 and 660-802 were connected by a dipeptide GT linker 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) Cell: Muscle / 遺伝子: GluRIIB, CG7234, Dmel_CG7234 / プラスミド: pET22 modified / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: Q9VMP3
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Reservoir: 18% PEG 2K MME, 0.1 M Tris pH 8.0, 5 mM NiCl2 Protein buffer: 150 mM NaCl, 10 mM Tris pH 8.0, 2 mM Na glutamate, 1 mM EDTA multiple rounds of seeding PH範囲: 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→35 Å / Num. all: 40664 / Num. obs: 40664 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 27.6
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1819)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1S50

1s50

解像度: 2.002→30.054 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2295	1806	4.94 %	Random
R_work	0.1977	-	-	-
obs	0.1993	36525	89.7 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.002→30.054 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4103	0	20	275	4398

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4220
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.647	5693
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.291	1556
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.026	599
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	746

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0022-2.0563	0.2939	114	0.221	1694	X-RAY DIFFRACTION	59
2.0563-2.1168	0.2515	80	0.2153	1994	X-RAY DIFFRACTION	67
2.1168-2.1851	0.2521	159	0.2117	2123	X-RAY DIFFRACTION	74
2.1851-2.2632	0.2455	81	0.2177	2419	X-RAY DIFFRACTION	81
2.2632-2.3537	0.3036	177	0.2173	2565	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3537-2.4608	0.2397	96	0.2241	2878	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4608-2.5905	0.2814	199	0.2171	2866	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5905-2.7527	0.2615	100	0.2144	3037	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7527-2.9651	0.2394	200	0.2135	2910	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9651-3.2631	0.267	100	0.2018	3060	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2631-3.7345	0.2134	200	0.187	2952	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7345-4.7022	0.1744	100	0.1553	3095	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0057	-0.0015	0.0075	-0.0009	0.0007	0.0064	0.0559	-0.0259	-0.0768	0.0692	-0.0027	-0.0686	0.053	0.0143	0.0124	0.1871	-0.0021	-0.4446	0.1364	0.1358	0.1961	60.0969	-9.4935	48.4074
2	0.0371	-0.0154	-0.0078	0.0567	-0.0067	0.0112	0.0773	-0.0014	-0.045	0.1576	0.0096	-0.2072	0.032	-0.0597	0.0762	0.0898	-0.0835	-0.1686	0.1104	-0.0031	0.2295	56.0271	8.9463	43.9372
3	0.0068	-0.009	-0.0004	0.0197	0.0041	0.0152	0.0941	-0.0631	0.0179	0.0836	-0.0087	0.0185	-0.0287	-0.047	0.0384	0.2003	-0.0957	0.0813	0.1867	0.023	0.0073	45.3095	16.3513	46.8314
4	0.0051	0.003	0.0046	0.0235	0.0048	0.0023	0.0388	-0.0149	-0.0334	0.0821	-0.0002	-0.0379	0.0566	-0.0611	0.006	0.1114	-0.0706	0.0041	0.2011	0.0181	0.1572	44.3182	3.6415	41.98
5	0.0019	-0.0021	0.0002	0.0091	0.0031	0.0033	0.0254	-0.0098	0.0159	0.0148	0.0056	-0.0708	0.0795	-0.0254	0.0023	0.1183	-0.0269	-0.0314	0.1507	-0.0046	0.2525	56.724	-7.8443	35.0425
6	0.0302	0.0079	-0.0276	0.0015	-0.0054	0.0181	0.0358	0.0602	0.0415	-0.0988	0.0128	-0.0568	-0.0244	0.0188	0.0125	0.2637	-0.1028	0.3745	0.1204	0.0506	0.0291	59.7115	12.2941	10.5354
7	0.0184	-0.0187	-0.0077	0.0117	0.0043	0.0027	-0.0353	0.0398	-0.0239	-0.0444	-0.0119	-0.1206	0.0481	0.0309	-0.0193	0.0889	0.0173	0.2628	0.1113	-0.0761	0.2979	63.4521	-2.4197	17.1954
8	0.0112	0.0136	0.0098	0.0155	0.0125	0.0052	-0.0185	0.0451	-0.0537	-0.1674	0.0362	0.0124	0.0431	-0.008	0.0075	0.242	-0.0269	-0.0147	0.1776	-0.0403	0.128	42.1836	-10.8662	14.5894
9	0.0027	0.0007	-0.0011	0.0242	0.0059	0.0088	0.0084	-0.0136	0.0257	-0.0761	-0.0255	-0.0469	-0.0226	-0.007	0.0002	0.0952	-0.0008	-0.0527	0.1631	-0.0061	0.1537	44.843	1.3621	18.4125
10	0.0029	0.0023	-0.0048	0.0072	0.0004	0.0092	0.0221	0.0167	-0.0185	0.0007	-0.006	-0.0931	-0.0622	-0.0612	-0.0031	0.1147	-0.025	0.0399	0.1406	-0.0141	0.2052	55.9465	13.4634	24.7869

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 9:58)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 59:138)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 139:203)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 204:231)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 232:263)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 9:70)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 71:115)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 116:204)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 205:232)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 233:263)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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