PDB-5dsc: Context-independent anti-hypusine antibody FabHpu24.B in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dsc

タイトル

Context-independent anti-hypusine antibody FabHpu24.B in complex with hypusine

要素

Fab Hou24.B Light Chain
Fab Hpu24.B Heavy Chain
Peptide: GLY-HPU-GLY-SER-GLY

キーワード

IMMUNE SYSTEM / hypusine / antibody / FabHpu24.B / eIF5A

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Zhai, Q. / Carter, P.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Analysis and Optimization of Context-Independent Anti-Hypusine Antibodies.
著者: Zhai, Q. / He, M. / Song, A. / Deshayes, K. / Dixit, V.M. / Carter, P.J.

履歴

登録	2015年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月3日	Group: Database references
改定 1.2	2016年3月2日	Group: Database references
改定 1.3	2016年5月4日	Group: Non-polymer description
改定 2.0	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.1	2023年11月15日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dsc.cif.gz	646 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dsc.ent.gz	538.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dsc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5dsc_validation.pdf.gz	493.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dsc_full_validation.pdf.gz	503 KB	表示
XML形式データ	5dsc_validation.xml.gz	58.5 KB	表示
CIF形式データ	5dsc_validation.cif.gz	82.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/5dsc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/5dsc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5drnSC 5ds8C 5dtfC 5dubC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1riv-d 7jwp-1 6n16-3 6tcp-3 6x1u-1 6a9k-2 6bhz-1 3g6j-4 3cfj-1 6dwa-1 4jo2-1 4xcn-6 6u3z-2 5dq9-1 3v52-d 6z3k-7 5b6f-3 3i75-d 4jo1-1 1mam-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab Hpu24.B Heavy Chain

B: Fab Hou24.B Light Chain

C: Fab Hpu24.B Heavy Chain

D: Fab Hou24.B Light Chain

E: Fab Hpu24.B Heavy Chain

F: Fab Hou24.B Light Chain

H: Fab Hpu24.B Heavy Chain

L: Fab Hou24.B Light Chain

P: Peptide: GLY-HPU-GLY-SER-GLY

Q: Peptide: GLY-HPU-GLY-SER-GLY

M: Peptide: GLY-HPU-GLY-SER-GLY

N: Peptide: GLY-HPU-GLY-SER-GLY

188 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Fab Hpu24.B Heavy Chain

B: Fab Hou24.B Light Chain

Q: Peptide: GLY-HPU-GLY-SER-GLY

登録者が定義した集合体
47 kDa, 3 ポリマー
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2

C: Fab Hpu24.B Heavy Chain

D: Fab Hou24.B Light Chain

P: Peptide: GLY-HPU-GLY-SER-GLY

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3

E: Fab Hpu24.B Heavy Chain

F: Fab Hou24.B Light Chain

M: Peptide: GLY-HPU-GLY-SER-GLY

登録者が定義した集合体
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4

H: Fab Hpu24.B Heavy Chain

L: Fab Hou24.B Light Chain

N: Peptide: GLY-HPU-GLY-SER-GLY

登録者が定義した集合体
47 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.082, 167.945, 84.927
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.680, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain C
3	1	chain E
4	1	chain H
1	2	chain B
2	2	chain D
3	2	chain F
4	2	chain L
1	3	chain M
2	3	chain N
3	3	chain P
4	3	chain Q

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	PRO	PRO	chain A	A	A	2 - 210	2 - 217
2	1	GLU	GLU	ALA	ALA	chain C	C	C	2 - 209	2 - 216
3	1	PCA	PCA	SER	SER	chain E	E	E	1 - 211	1 - 218
4	1	PCA	PCA	PRO	PRO	chain H	H	G	1 - 210	1 - 217
1	2	LEU	LEU	CYS	CYS	chain B	B	B	4 - 211	4 - 215
2	2	LEU	LEU	CYS	CYS	chain D	D	D	4 - 211	4 - 215
3	2	THR	THR	CYS	CYS	chain F	F	F	5 - 211	5 - 215
4	2	LEU	LEU	ARG	ARG	chain L	L	H	4 - 208	4 - 212
1	3	GLY	GLY	GLY	GLY	chain M	M	K	3 - 7	1 - 5
2	3	GLY	GLY	GLY	GLY	chain N	N	L	3 - 7	1 - 5
3	3	GLY	GLY	GLY	GLY	chain P	P	I	3 - 7	1 - 5
4	3	GLY	GLY	GLY	GLY	chain Q	Q	J	3 - 7	1 - 5

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: 抗体	Fab Hpu24.B Heavy Chain 分子量: 23690.756 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Fab Hou24.B Light Chain 分子量: 22838.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド	Peptide: GLY-HPU-GLY-SER-GLY 分子量: 491.541 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.22 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 14% PEG 6000 0.5M NaCl 10mg/ml

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→49 Å / Num. obs: 73996 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DRN

5drn

解像度: 2.4→49 Å / FOM work R set: 0.7712 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 29.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2481	3723	5.03 %
R_work	0.2072	70273	-
obs	0.2093	73996	99.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 206.54 Å² / B_iso mean: 39.9 Å² / B_iso min: 8.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12758	0	0	276	13034
B_iso mean	-	-	-	32.1	-
残基数	-	-	-	-	1710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	13100
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.913	17871
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	2104
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2266
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.389	4588

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3823	X-RAY DIFFRACTION	6.982	TORSIONAL
1	2	C	3823	X-RAY DIFFRACTION	6.982	TORSIONAL
1	3	E	3823	X-RAY DIFFRACTION	6.982	TORSIONAL
1	4	H	3823	X-RAY DIFFRACTION	6.982	TORSIONAL
2	1	B	3789	X-RAY DIFFRACTION	6.982	TORSIONAL
2	2	D	3789	X-RAY DIFFRACTION	6.982	TORSIONAL
2	3	F	3789	X-RAY DIFFRACTION	6.982	TORSIONAL
2	4	L	3789	X-RAY DIFFRACTION	6.982	TORSIONAL
3	1	M	28	X-RAY DIFFRACTION	6.982	TORSIONAL
3	2	N	28	X-RAY DIFFRACTION	6.982	TORSIONAL
3	3	P	28	X-RAY DIFFRACTION	6.982	TORSIONAL
3	4	Q	28	X-RAY DIFFRACTION	6.982	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.4302	0.3503	129	0.3014	2441	2570	94
2.4302-2.4622	0.3282	122	0.2905	2644	2766	100
2.4622-2.4959	0.3301	135	0.2808	2610	2745	100
2.4959-2.5316	0.3724	120	0.2793	2575	2695	100
2.5316-2.5694	0.3166	124	0.2704	2701	2825	100
2.5694-2.6095	0.3117	142	0.2626	2518	2660	100
2.6095-2.6523	0.3132	126	0.2507	2663	2789	100
2.6523-2.698	0.2965	117	0.2474	2590	2707	100
2.698-2.7471	0.3029	149	0.2391	2625	2774	100
2.7471-2.7999	0.2893	140	0.2335	2578	2718	100
2.7999-2.8571	0.2482	128	0.2403	2627	2755	100
2.8571-2.9192	0.2861	135	0.2418	2572	2707	99
2.9192-2.9871	0.3016	165	0.2447	2586	2751	100
2.9871-3.0618	0.267	154	0.2389	2574	2728	99
3.0618-3.1445	0.2877	156	0.2331	2605	2761	99
3.1445-3.237	0.2861	138	0.2311	2596	2734	100
3.237-3.3415	0.2612	143	0.225	2588	2731	100
3.3415-3.4609	0.2628	131	0.2314	2637	2768	100
3.4609-3.5994	0.2636	144	0.2143	2580	2724	100
3.5994-3.7632	0.2589	123	0.2147	2624	2747	100
3.7632-3.9615	0.2088	136	0.1933	2624	2760	100
3.9615-4.2096	0.1921	119	0.1772	2647	2766	100
4.2096-4.5344	0.2105	151	0.1487	2600	2751	100
4.5344-4.9903	0.1866	138	0.1437	2620	2758	100
4.9903-5.7115	0.1858	145	0.1597	2626	2771	100
5.7115-7.1922	0.2297	165	0.1934	2601	2766	100
7.1922-48.9614	0.2017	148	0.1653	2621	2769	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2163	-0.1031	-0.2185	0.7227	-0.0641	0.3025	-0.0359	-0.0869	0.0204	-0.1209	0.1504	0.2219	-0.0961	-0.0455	0.3715	0.2338	-0.0111	0.014	0.241	0.054	0.1793	18.6362	-12.9857	0.1798
2	0.0295	0.0464	-0.0704	0.267	-0.1326	0.1894	-0.0366	-0.0852	-0.1812	-0.2148	0.0663	0.0895	-0.0989	-0.0026	-0.0009	0.2745	0.0057	-0.0256	0.2589	-0.0244	0.2797	33.7023	-19.7376	3.4547
3	0.1499	-0.1372	0.0758	0.2097	-0.1284	0.0873	-0.1972	-0.035	-0.1672	0.0962	-0.0014	-0.0791	0.0377	0.0199	-0.0309	0.1971	-0.0235	0.0294	0.2525	-0.0029	0.2294	48.8919	-21.7827	5.2864
4	0.0937	-0.04	0.1068	0.0361	-0.0003	0.2181	0.114	0.015	-0.1049	-0.0491	0.0451	0.1385	0.0446	-0.0051	0.0295	0.204	-0.0009	0.0694	0.2292	0.0793	0.6602	21.8837	-41.4286	4.1709
5	0.3084	-0.2381	-0.175	0.1703	0.1364	0.1102	-0.1405	-0.18	-0.0523	0.0313	0.0686	0.2391	-0.0199	0.1397	-0.0277	0.2425	-0.012	-0.1294	0.3266	0.1265	1.0589	8.0792	-34.4766	-0.3787
6	0.0275	-0.0119	0.0774	0.0208	0.0201	0.3357	0.1837	-0.0136	-0.5016	-0.2695	0.1983	0.7649	0.0877	0.0388	0.4437	-0.0557	-0.0063	-0.2356	0.2074	0.017	0.692	17.8435	-33.2798	-4.8829
7	0.0637	-0.0732	0.0153	0.0927	-0.0145	0.0158	0.0656	0.0026	-0.0639	0.0514	-0.0307	-0.0293	0.1208	-0.0264	-0.01	0.1079	0.0661	-0.0915	0.3627	0.2892	0.5291	21.6972	-34.8021	3.5852
8	0.0528	0.0957	-0.0022	0.2733	-0.1076	0.3076	0.0132	0.0112	-0.0697	0.0821	-0.0798	0.0564	-0.1926	0.0398	-0.1529	0.1661	0.0411	-0.0643	0.1094	-0.224	0.3703	49.8195	-38.4598	9.1154
9	0.1891	-0.2169	-0.1148	0.5327	0.1382	0.0779	-0.0816	0.043	-0.1751	0.2685	0.0716	0.1629	-0.0936	0.0504	-0.0389	0.2313	-0.0043	-0.0828	0.2358	0.0028	0.2207	48.6358	-32.9088	15.9452
10	0.0025	-0.0125	-0.0083	0.0433	0.0169	0.0104	-0.1052	-0.0497	-0.1047	-0.0176	0.023	0.1848	0.0772	-0.0702	-0	0.2555	-0.0303	-0.021	0.2679	0.0314	0.2349	42.0808	-35.9045	12.6406
11	0.0087	0.0327	-0.0061	0.0241	-0.0172	0.0479	-0.0969	-0.0826	-0.1004	0.2927	0.1346	-0.2052	0.1372	0.0068	-0.0026	0.2698	0.039	-0.0669	0.3079	-0.0266	0.2627	53.5746	-35.2309	20.7894
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55	0.1861	-0.0129	-0.0132	0.0173	-0.0183	0.0681	0.033	0.056	-0.0901	0.0399	0.0698	-0.1094	0.0285	0.0144	0.1352	0.24	0.0674	-0.1831	0.3486	-0.1589	0.5777	6.0787	-56.435	44.2232
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57	0.2184	0.1485	0.0544	0.1796	-0.1476	0.2715	-0.3236	-0.0789	-0.1262	0.1285	-0.1183	0.1236	0.1442	0.0232	-0.5317	0.671	0.1838	0.4528	0.2837	0.1383	0.0904	-24.1472	-65.7824	59.4002
58	0.01	-0.0123	-0.0013	0.0256	-0.0019	0.005	-0.1711	-0.0524	0.0108	0.2886	0.1943	-0.0941	-0.0024	-0.0126	0.0001	0.4386	0.0856	-0.0317	0.3132	-0.0183	0.3331	-15.8399	-50.5195	55.2446
59	0.1885	0.0075	0.1581	0.0151	0.0076	0.1274	0.0408	0.1701	-0.0091	0.1554	0.0317	-0.0191	-0.0267	0.0599	0.0479	0.6876	0.3782	-0.1677	0.4593	0.0318	-0.0099	-16.1976	-56.8578	64.0071
60	0.3388	0.0642	0.1691	0.1534	0.0944	0.1994	-0.5583	-0.038	0.2393	0.7677	0.0977	0.0735	-0.0398	0.1038	-0.7213	0.6705	0.1772	0.2705	0.1933	-0.1447	0.0169	-19.1506	-56.7918	57.3203
61	0.2067	-0.1481	0.1008	0.1297	0.002	0.4152	-0.3699	-0.1264	-0.0327	0.3212	-0.1174	0.0811	0.1036	-0.0976	-0.1679	0.6995	0.1474	0.2666	0.3893	-0.193	0.5593	-25.89	-50.1309	59.2482
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63	0.0011	-0.0005	-0.0052	0	0.0053	0.0544	0.0294	0.0456	-0.0119	0.0135	0.019	0.0033	0.0474	-0.0646	0.0063	0.2396	-0.0348	-0.344	0.3026	0.0363	0.8615	1.5487	-17.9033	-5.3176
64	0.0071	-0.0007	-0.0038	0.0024	0.0006	0.0013	0.0085	0.0132	0.0072	-0.0511	-0.0065	-0.0195	0.0071	0.062	0.0001	0.4114	0.0826	0.1165	0.4564	-0.0328	1.1999	33.1843	-76.369	-5.3464
65	0.0292	-0.01	-0.008	0.0053	0.0052	0.0035	0.0086	0.0589	0.0114	-0.052	0.0062	-0.021	0.0437	0.0902	0.0002	0.3473	0.0646	0.0928	0.4467	-0.0493	0.9078	26.6232	-73.2168	35.506

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 98 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 99 through 134 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 135 through 210 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 4 through 17 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 18 through 32 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 33 through 95B)	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 96 through 107 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 108 through 121 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 122 through 149 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 150 through 173 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 174 through 211 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 2 through 17 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 18 through 59 )	C
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 60 through 74 )	C
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 75 through 98 )	C
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 99 through 109 )	C
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 110 through 145 )	C
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 146 through 185 )	C
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 186 through 209 )	C
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 4 through 32 )	D
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 33 through 48 )	D
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 49 through 69 )	D
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 70 through 95B)	D
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 96 through 107 )	D
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 108 through 187 )	D
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 188 through 211 )	D
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 2 through 17 )	E
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 18 through 74 )	E
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 75 through 87 )	E
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 88 through 109 )	E
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 110 through 134 )	E
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 135 through 211 )	E
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 5 through 32 )	F
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 33 through 75 )	F
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 76 through 95B)	F
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 96 through 107 )	F
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 108 through 121 )	F
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 122 through 149 )	F
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 150 through 173 )	F
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 174 through 211 )	F
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 2 through 17 )	H
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 18 through 74 )	H
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 75 through 87 )	H
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 88 through 98 )	H
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 99 through 109 )	H
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 110 through 135 )	H
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'H' and (resid 136 through 175 )	H
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'H' and (resid 176 through 190 )	H
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'H' and (resid 191 through 210 )	H
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'L' and (resid 4 through 24 )	L
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'L' and (resid 25 through 48 )	L
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'L' and (resid 49 through 61 )	L
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'L' and (resid 62 through 75 )	L
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'L' and (resid 76 through 95B)	L
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'L' and (resid 96 through 107 )	L
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'L' and (resid 108 through 121 )	L
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'L' and (resid 122 through 137 )	L
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'L' and (resid 138 through 149 )	L
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'L' and (resid 150 through 162 )	L
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'L' and (resid 163 through 197 )	L
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'L' and (resid 198 through 208 )	L
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'P' and (resid 3 through 7 )	P
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'Q' and (resid 3 through 7 )	Q
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'M' and (resid 3 through 7 )	M
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'N' and (resid 3 through 7 )	N

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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