[日本語] English
万見
- PDB-5dh9: Crystal Structure of PKI NES Flip Mutant Peptide in complex with ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dh9
タイトルCrystal Structure of PKI NES Flip Mutant Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1
要素
  • Engineered Nuclear Export Signal Peptide (PKINES-Flip3 mutant)
  • Exportin-1
  • GTP-binding nuclear protein Ran
  • Ran-specific GTPase-activating protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Peptides / HEAT repeat / Nuclear Export signal / Exportin-1 / Nuclear Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / tRNA re-export from nucleus / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response ...Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / tRNA re-export from nucleus / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / manchette / cellular response to mineralocorticoid stimulus / tRNA export from nucleus / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / SUMOylation of SUMOylation proteins / importin-alpha family protein binding / protein localization to kinetochore / SUMOylation of RNA binding proteins / protein localization to nucleolus / U4 snRNA binding / SUMOylation of chromatin organization proteins / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / nuclear export / RNA export from nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / spindle pole body / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / nuclear import signal receptor activity / DNA metabolic process / negative regulation of protein import into nucleus / dynein intermediate chain binding / NLS-bearing protein import into nucleus / MAPK6/MAPK4 signaling / protein kinase A catalytic subunit binding / mitotic sister chromatid segregation / spermatid development / ribosomal large subunit export from nucleus / sperm flagellum / U5 snRNA binding / viral process / mRNA export from nucleus / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / ribosomal subunit export from nucleus / nuclear pore / ribosomal small subunit export from nucleus / U1 snRNA binding / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein export from nucleus / centriole / GTPase activator activity / mitotic spindle organization / male germ cell nucleus / hippocampus development / Transcriptional regulation by small RNAs / recycling endosome / G protein activity / kinetochore / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / G1/S transition of mitotic cell cycle / GDP binding / melanosome / positive regulation of protein binding / nuclear envelope / mitotic cell cycle / midbody / actin cytoskeleton organization / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / GTP binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal ...Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran binding domain / Ran binding protein RanBP1-like / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / small GTPase Ran family profile. / Ran GTPase / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Exportin-1 / Ran-specific GTPase-activating protein 1 / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / GTP-binding nuclear protein Ran
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Fung, H.Y. / Chook, Y.M.
資金援助 香港, 米国, 6件
組織認可番号国
Croucher FoundationStudent Scholarship 香港
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM069909 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP120352 米国
University of Texas SouthwesternEndowed Scholars Program 米国
Welch FoundationI-1532 米国
Leukemia & Lymphoma SocietyScholar Award 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Structural determinants of nuclear export signal orientation in binding to exportin CRM1.
著者: Fung, H.Y. / Fu, S.C. / Brautigam, C.A. / Chook, Y.M.
履歴
登録2015年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年4月24日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GTP-binding nuclear protein Ran
B: Ran-specific GTPase-activating protein 1
C: Exportin-1
D: Engineered Nuclear Export Signal Peptide (PKINES-Flip3 mutant)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,7219
ポリマ－162,8994
非ポリマー8235
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11130 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area57390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.118, 106.118, 304.127
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 26758.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL219(DE3) / 参照: UniProt: P62826
#2: タンパク質 Ran-specific GTPase-activating protein 1 / Chromosome stability protein 20 / Perinuclear array-localized protein / Ran-binding protein 1 / RANBP1


分子量: 16521.867 Da / 分子数: 1 / Fragment: RanDB1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / プラスミド: pGex4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL219(DE3) / 参照: UniProt: P41920
#3: タンパク質 Exportin-1 / Chromosome region maintenance protein 1 / Karyopherin-124


分子量: 117458.781 Da / 分子数: 1 / Mutation: V441D,D536G,T539C,V540E,K541Q,Y1022C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / プラスミド: pGex4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL219(DE3) / 参照: UniProt: P30822

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質・ペプチド Engineered Nuclear Export Signal Peptide (PKINES-Flip3 mutant)


分子量: 2159.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKIA / プラスミド: pMal / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61925*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 258分子

#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 17% PEG3350, 100mM Bis-Tris pH6.4, 200mM NH4NO3, 10mM Spermine HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月17日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 58218 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 34.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.918 / Net I/av σ(I): 18.989 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 320312
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
2.55-2.595.50.98728800.6690.4650.888100
2.59-2.645.50.90628450.7010.4240.909100
2.64-2.695.60.8128760.7180.3790.9251000.896
2.69-2.755.60.67528770.80.3140.9541000.746
2.75-2.815.60.58628730.8370.2720.9411000.648
2.81-2.875.60.47328510.90.2190.98299.90.523
2.87-2.945.60.41228690.9150.1920.96699.90.456
2.94-3.025.60.33928860.9320.1570.97299.90.375
3.02-3.115.60.26428700.9490.1230.9581000.292
3.11-3.215.60.21129110.9660.0990.961000.234
3.21-3.335.60.1628800.9770.0740.94399.90.177
3.33-3.465.60.12529000.9860.0590.94799.90.139
3.46-3.625.50.09828970.9890.0460.93399.90.108
3.62-3.815.50.07829240.9930.0360.92199.90.086
3.81-4.055.50.06229200.9950.0280.87399.80.068
4.05-4.365.50.05329160.9960.0240.89699.60.058
4.36-4.85.50.0529380.9950.0231.08299.30.055
4.8-5.495.40.04929650.9950.0221.0399.20.054
5.49-6.925.20.0429990.9970.0180.66998.70.044
6.92-5050.02531410.9980.0120.58796.70.028

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HB2

4hb2


解像度: 2.55→47.457 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 22.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2263 1998 3.51 %Random selection
Rwork0.1862 54864 --
obs0.1876 56862 97.31 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.83 Å2 / Biso mean: 46.7496 Å2 / Biso min: 12.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→47.457 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10820 0 51 253 11124
Biso mean--40.27 35.29 -
残基数----1341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411181
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67315134
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261723
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031921
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4694181
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5387-2.60210.30561220.24993361348385
2.6021-2.67250.27581380.23983766390496
2.6725-2.75110.3221370.23763779391696
2.7511-2.83990.28471380.23613789392796
2.8399-2.94140.26721420.22883873401597
2.9414-3.05920.28161430.23073919406299
3.0592-3.19830.29411440.224339564100100
3.1983-3.36690.25411440.205839764120100
3.3669-3.57780.21681470.198640254172100
3.5778-3.85390.20581460.17440054151100
3.8539-4.24160.19441480.15940464194100
4.2416-4.85480.19091470.13744043419099
4.8548-6.11450.19461490.16554084423399
6.1145-47.46570.18061530.15484242439597
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3456-0.5620.81330.4121-1.21063.92210.03870.1727-0.4477-0.32760.2715-0.8236-0.26760.4876-0.27660.2011-0.05850.03820.2613-0.07410.4357.795344.296337.8828
22.0581-1.0458-0.79221.90410.74442.830.08430.2945-0.0387-0.27990.308-0.5901-0.65770.5425-0.33090.235-0.1250.10230.3883-0.13170.51229.373449.592931.6815
32.6208-0.8423-0.53921.0894-0.20481.53810.01330.042-0.31330.11380.0883-0.46910.19990.21-0.06610.18510.009-0.0410.3375-0.09810.53757.942237.030437.2284
42.4647-0.3726-0.75584.7388-1.46243.47320.10540.2452-0.2234-0.289-0.0039-0.13480.45020.0983-0.05610.09780.02270.03960.2107-0.07110.2839-3.447638.354336.8135
52.09370.7607-1.49214.2717-2.94676.9419-0.0155-0.05230.1571-0.27220.0517-0.0643-0.1112-0.2049-0.16050.20530.0543-0.02390.2504-0.08020.2775-7.076746.370337.6451
65.24580.7974-0.11426.64890.90044.36360.0718-0.25690.2565-0.05670.0498-0.1217-0.92980.201-0.13310.3561-0.0203-0.01210.2566-0.06380.26121.81654.190343.77
71.39832.3668-1.86773.9596-3.55545.08060.58150.10430.56360.71350.0570.3832-1.70960.532-0.75030.6606-0.1585-0.01890.5743-0.01970.5329.422967.637234.6346
80.1635-0.06720.16120.6627-0.55280.53340.3268-0.41870.0754-0.83610.2184-0.902-0.31860.5679-0.50170.6408-0.22020.24130.9773-0.35770.720218.540762.27384.6863
95.2887-1.52661.20375.01493.35978.3049-0.1268-0.1296-0.37310.62710.10990.53520.8108-0.72690.15540.4104-0.10690.09570.4337-0.03940.6637-1.6455.992612.02
101.2937-0.1998-1.11920.53840.30572.50780.7098-0.51680.1823-0.04470.0314-0.4176-1.61580.5303-0.68281.0767-0.33890.01420.61410.01730.78352.526482.006248.8098
115.1611-0.64650.46315.84070.19263.2360.0519-0.0072-0.44480.4288-0.0950.6058-0.24310.5114-0.01440.4242-0.17370.15930.43910.01720.42497.002862.689717.2923
120.6904-0.0442-0.2862.8834-1.62481.073-0.286-0.14450.05440.10160.06730.0837-0.85190.52040.21250.7904-0.3110.17820.521-0.01480.55567.236272.397924.5285
132.07742.1375-0.03614.43131.37470.9139-0.22180.0660.1037-0.57940.12380.0613-0.92070.51280.14920.6958-0.2660.11350.4951-0.00220.47237.491670.387712.2252
141.6864-0.433-0.12392.00480.54221.4814-0.0561-0.23480.03070.59550.2244-0.70830.37410.3941-0.01020.24680.1091-0.20460.3578-0.06060.56697.965725.543153.6463
151.9486-0.7740.68742.2777-0.56683.74750.03420.0471-0.03040.10470.07020.0338-0.1036-0.2535-0.10470.19220.00180.00170.2567-0.07850.1805-24.082748.598254.1365
160.81760.09930.65010.93760.02723.60170.2608-0.10720.2717-0.27670.0381-0.0458-1.8942-1.0851-0.03910.72220.42330.13590.60980.1160.3284-33.312864.02319.0638
171.3849-1.39330.30312.5851-0.23011.510.01530.1589-0.0975-0.04170.1350.0601-0.1334-0.0481-0.15710.21780.00350.05430.3252-0.02260.2105-15.829139.25640.8685
181.4393-0.7971.52721.613-1.16643.87250.19250.0083-0.4049-0.15770.08640.29670.321-0.1171-0.2340.1777-0.00630.01010.2583-0.04560.4168-7.06510.239420.582
195.5681-0.93372.12964.09981.61461.8053-0.29420.17530.9324-0.50.22330.1509-1.009-0.57260.09921.7020.709-0.07530.9718-0.02670.5622-39.570375.326327.5861
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 22 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 66 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 67 through 91 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 92 through 132 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 133 through 158 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 159 through 169 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 170 through 190 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 191 through 206 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 207 through 216 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 64 through 82 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 83 through 106 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 107 through 139 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 140 through 200 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 0 through 268 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 269 through 495 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 496 through 692 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 693 through 897 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 898 through 1052 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 6 through 19 )D0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る