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Yorodumi- PDB-5dif: Crystal Structure of CPEB4 NES Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1 -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5dif | |||||||||||||||||||||
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| Title | Crystal Structure of CPEB4 NES Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1 | |||||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Peptides / HEAT repeat / Nuclear Export Signal / Exportin-1 / Nuclear Transport | |||||||||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationcellular response to decreased oxygen levels / tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / manchette ...cellular response to decreased oxygen levels / tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / manchette / cellular response to mineralocorticoid stimulus / translation factor activity, RNA binding / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / tRNA export from nucleus / importin-alpha family protein binding / SUMOylation of SUMOylation proteins / protein localization to kinetochore / spindle pole body / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / U4 snRNA binding / nuclear export / SUMOylation of RNA binding proteins / protein localization to nucleolus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / RNA export from nucleus / tRNA processing in the nucleus / GTP metabolic process / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear import signal receptor activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / MAPK6/MAPK4 signaling / dynein intermediate chain binding / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal large subunit export from nucleus / U5 snRNA binding / spermatid development / viral process / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / positive regulation of protein binding / sperm flagellum / nuclear pore / mRNA export from nucleus / U1 snRNA binding / ribosomal subunit export from nucleus / cellular response to glucose starvation / negative regulation of cytoplasmic translation / ribosomal small subunit export from nucleus / centriole / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / protein export from nucleus / GTPase activator activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to ischemia / mRNA 3'-UTR binding / mitotic spindle organization / male germ cell nucleus / hippocampus development / cellular response to amino acid stimulus / Transcriptional regulation by small RNAs / G1/S transition of mitotic cell cycle / recycling endosome / kinetochore / positive regulation of protein import into nucleus / small GTPase binding / protein import into nucleus / GDP binding / nuclear envelope / melanosome / mitotic cell cycle / ribosome binding / G protein activity / growth cone / actin cytoskeleton organization / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / dendritic spine / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / negative regulation of neuron apoptotic process / neuron projection / postsynaptic density / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / synapse / dendrite / chromatin binding / chromatin / GTP binding / protein-containing complex binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)![]() | |||||||||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.092 Å | |||||||||||||||||||||
Authors | Fung, H.Y. / Chook, Y.M. | |||||||||||||||||||||
| Funding support | Hong Kong, United States, 6items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2015Title: Structural determinants of nuclear export signal orientation in binding to exportin CRM1. Authors: Fung, H.Y. / Fu, S.C. / Brautigam, C.A. / Chook, Y.M. | |||||||||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5dif.cif.gz | 598.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5dif.ent.gz | 483.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5dif.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5dif_validation.pdf.gz | 800.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5dif_full_validation.pdf.gz | 808.4 KB | Display | |
| Data in XML | 5dif_validation.xml.gz | 52.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 5dif_validation.cif.gz | 76.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/5dif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/5dif | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABC
| #1: Protein | Mass: 26758.564 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / Plasmid: pET15 / Production host: ![]() |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 16521.867 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: RanDB1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / Plasmid: pGex4T3 / Production host: ![]() |
| #3: Protein | Mass: 117458.781 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: V441D,D536G,T539C,V540E,K541Q,Y1022C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / Plasmid: pGex4T3 / Production host: ![]() |
-Protein/peptide , 1 types, 1 molecules D
| #4: Protein/peptide | Mass: 2130.339 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Nuclear Export Signal Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CPEB4 / Plasmid: pMal / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 670 molecules 








| #5: Chemical | ChemComp-GNP / | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| #6: Chemical | ChemComp-MG / | ||||
| #7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Chemical | ChemComp-CL / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.08 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.4 Details: 17% PEG3350, 100mM Bis-Tris pH6.4, 200mM NH4NO3, 10mM Spermine HCl |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 93 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 24, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 102512 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 25.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.886 / Net I/av σ(I): 19.494 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 619523 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
| Software |
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| Refinement | Resolution: 2.092→40.193 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / Phase error: 20.69 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 183.11 Å2 / Biso mean: 39.751 Å2 / Biso min: 10.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.092→40.193 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Hong Kong,
United States, 6items
Citation




















PDBj













