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- PDB-5dif: Crystal Structure of CPEB4 NES Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dif
タイトルCrystal Structure of CPEB4 NES Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1
要素
  • Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 4
  • Exportin-1
  • GTP-binding nuclear protein Ran
  • Ran-specific GTPase-activating protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Peptides / HEAT repeat / Nuclear Export Signal / Exportin-1 / Nuclear Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to decreased oxygen levels / tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / translation factor activity, RNA binding ...cellular response to decreased oxygen levels / tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / translation factor activity, RNA binding / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / protein localization to kinetochore / SUMOylation of RNA binding proteins / protein localization to nucleolus / U4 snRNA binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / spindle pole body / Nuclear import of Rev protein / nuclear export / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / RNA export from nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear import signal receptor activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / MAPK6/MAPK4 signaling / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal large subunit export from nucleus / U5 snRNA binding / viral process / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / mRNA export from nucleus / U1 snRNA binding / negative regulation of cytoplasmic translation / cellular response to glucose starvation / ribosomal small subunit export from nucleus / centriole / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / GTPase activator activity / protein export from nucleus / mitotic spindle organization / response to ischemia / mRNA 3'-UTR binding / cellular response to amino acid stimulus / Transcriptional regulation by small RNAs / recycling endosome / small GTPase binding / kinetochore / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / GDP binding / positive regulation of protein binding / nuclear envelope / melanosome / mitotic cell cycle / ribosome binding / G protein activity / growth cone / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / dendritic spine / negative regulation of neuron apoptotic process / neuron projection / postsynaptic density / cadherin binding / protein heterodimerization activity / cell division / GTPase activity / synapse / dendrite / chromatin binding / GTP binding / chromatin / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein, ZZ domain / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein / CEBP, ZZ domain superfamily / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein ZZ domain / RNA recognition motif / Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat ...Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein, ZZ domain / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein / CEBP, ZZ domain superfamily / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein ZZ domain / RNA recognition motif / Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / small GTPase Ran family profile. / Ran GTPase / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Rab subfamily of small GTPases / RNA-binding domain superfamily / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Roll / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Exportin-1 / Ran-specific GTPase-activating protein 1 / GTP-binding nuclear protein Ran / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.092 Å
データ登録者Fung, H.Y. / Chook, Y.M.
資金援助 香港, 米国, 6件
組織認可番号国
Croucher FoundationStudent Scholarship 香港
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM069909 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP120352 米国
University of Texas SouthwesternEndowed Scholars Program 米国
Welch FoundationI-1532 米国
Leukemia & Lymphoma SocietyScholar Award 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Structural determinants of nuclear export signal orientation in binding to exportin CRM1.
著者: Fung, H.Y. / Fu, S.C. / Brautigam, C.A. / Chook, Y.M.
履歴
登録2015年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references / Other
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年4月24日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding nuclear protein Ran
B: Ran-specific GTPase-activating protein 1
C: Exportin-1
D: Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,09614
ポリマ－162,8704
非ポリマー1,22710
水11,890660
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12390 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area57640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.993, 105.993, 304.063
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1255-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 26758.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62826
#2: タンパク質 Ran-specific GTPase-activating protein 1 / Chromosome stability protein 20 / Perinuclear array-localized protein / Ran-binding protein 1 / RANBP1


分子量: 16521.867 Da / 分子数: 1 / Fragment: RanDB1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / プラスミド: pGex4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41920
#3: タンパク質 Exportin-1 / Chromosome region maintenance protein 1 / Karyopherin-124


分子量: 117458.781 Da / 分子数: 1 / Mutation: V441D,D536G,T539C,V540E,K541Q,Y1022C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / プラスミド: pGex4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30822

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質・ペプチド Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 4


分子量: 2130.339 Da / 分子数: 1 / Fragment: Nuclear Export Signal / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPEB4 / プラスミド: pMal / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q17RY0*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 670分子

#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 17% PEG3350, 100mM Bis-Tris pH6.4, 200mM NH4NO3, 10mM Spermine HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月24日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 102512 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 25.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.886 / Net I/av σ(I): 19.494 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 619523
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
2.1-2.146.10.98750570.6320.4340.874100
2.14-2.186.10.86550840.6750.3790.8861000.947
2.18-2.226.10.75450870.7370.3320.91000.827
2.22-2.266.10.61350600.8070.270.9391000.672
2.26-2.316.10.51650820.8620.2270.9111000.566
2.31-2.376.10.42850690.8960.1880.8991000.47
2.37-2.426.10.36150890.9230.1580.9071000.396
2.42-2.496.10.30550590.9340.1340.9091000.334
2.49-2.566.10.24751030.9540.1080.89899.90.271
2.56-2.656.10.20751240.9680.090.8781000.227
2.65-2.746.10.16751240.9740.0730.8621000.183
2.74-2.856.10.13250780.9840.0570.83899.90.145
2.85-2.986.10.10151280.9890.0430.80699.90.11
2.98-3.146.10.07951450.9920.0340.81699.70.087
3.14-3.336.10.06251440.9940.0260.84999.70.068
3.33-3.5960.05251370.9960.0220.94399.40.057
3.59-3.9560.0551920.9960.0211.18499.30.054
3.95-4.5260.04251590.9950.0181.1498.90.046
4.52-5.75.80.03252240.9970.0140.768980.035
5.7-505.70.02253670.9980.010.51795.40.024

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.092→40.193 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 20.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2084 4920 4.99 %Random selection
Rwork0.1697 93739 --
obs0.1716 98659 95.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 183.11 Å2 / Biso mean: 39.751 Å2 / Biso min: 10.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.092→40.193 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10905 0 76 660 11641
Biso mean--50.33 36.52 -
残基数----1351
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311565
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68915688
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0281780
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032003
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8524347
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.092-2.11580.2703820.23811793187555
2.1158-2.14070.30651430.23262172231569
2.1407-2.16680.26231180.22962608272680
2.1668-2.19420.26521410.23132903304491
2.1942-2.22310.28781430.2183122326596
2.2231-2.25350.24621690.21123173334298
2.2535-2.28570.25621660.20443136330299
2.2857-2.31980.22971670.195732343401100
2.3198-2.35610.23571510.201332433394100
2.3561-2.39470.22571660.194332133379100
2.3947-2.4360.25051380.192432213359100
2.436-2.48030.25681800.185632073387100
2.4803-2.5280.22821620.183632553417100
2.528-2.57950.23211610.179432353396100
2.5795-2.63560.23841840.181332133397100
2.6356-2.69690.23111800.181132253405100
2.6969-2.76440.2131680.179832313399100
2.7644-2.83910.22121480.188632713419100
2.8391-2.92260.22141840.190232343418100
2.9226-3.01690.24091780.189132453423100
3.0169-3.12470.22681800.189732503430100
3.1247-3.24970.23881630.179532633426100
3.2497-3.39760.22551890.173832323421100
3.3976-3.57660.20441730.16423266343999
3.5766-3.80050.17681980.1533250344899
3.8005-4.09370.1721900.13783259344999
4.0937-4.50520.17751690.12353276344599
4.5052-5.15590.14841880.12083279346798
5.1559-6.49150.16621760.15693310348697
6.4915-40.20070.17841650.15073420358594
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2219-0.73841.65032.23531.06994.15510.0178-0.1090.2098-0.06230.0867-0.4366-0.37040.53660.07750.1093-0.1090.02060.2796-0.09570.28468.753145.658938.0989
21.338-0.31790.17681.95130.37061.13650.03420.22350.0289-0.30460.1722-0.4319-0.45110.4411-0.17280.2073-0.11060.08270.2752-0.05080.29449.466649.738231.4023
31.7964-0.5853-0.00490.8846-0.28010.98870.05580.0491-0.17860.09140.0536-0.47050.0740.3109-0.12070.0877-0.0232-0.01070.2259-0.06230.37957.944837.05536.5281
41.8241-1.19560.83313.037-1.40645.40840.02870.1547-0.4055-0.24910.0772-0.08740.5020.0526-0.10130.1101-0.00990.01690.1461-0.05340.2617-2.629334.241537.3382
51.2045-0.154-1.36992.3422-0.34761.7930.04640.0395-0.0735-0.10860.01660.1390.0233-0.3152-0.04130.11530.0018-0.0190.172-0.04090.2314-6.288342.368438.3493
61.71770.45280.47332.21520.16551.82650.06420.02370.4001-0.03350.03250.0285-0.68170.1493-0.11710.2753-0.03770.03940.1757-0.01810.27560.453956.559838.6589
71.5354-1.5979-2.14552.40362.29913.37990.0440.4681-0.0015-0.31940.0992-0.6855-0.13550.0214-0.11340.6798-0.49450.10620.9728-0.10570.49720.830172.80517.4106
84.04755.1599-1.72587.2392-1.42761.69740.20910.18620.5422-0.21120.4266-0.8702-0.14730.7258-0.49860.5465-0.2160.15710.8321-0.21840.616917.38361.98254.171
92.3292-0.88020.32615.50851.31764.3183-0.33920.0986-0.29110.37950.13480.62290.0499-0.20990.1790.3229-0.08430.06190.3851-0.08360.5907-0.928656.238911.0339
100.5142-0.2742-1.53940.20680.94344.82430.0099-0.0882-0.05220.01750.01630.0098-0.31520.2023-0.0880.8554-0.18740.14040.52450.02460.71311.83882.383750.8635
112.16610.68920.59192.63630.01121.44330.0074-0.02580.08940.2945-0.05220.2493-0.48790.45490.0660.4343-0.16470.10220.3125-0.00410.34396.927567.930620.9519
121.85441.41050.272.79331.18550.6032-0.10390.18750.0608-0.45980.11130.087-0.9560.45520.0460.5372-0.28870.06940.3509-0.00040.36177.244670.588612.0675
131.02390.2108-0.01631.32330.14140.8858-0.0603-0.105-0.00580.42480.3052-0.66730.37720.6940.05720.06960.1257-0.15950.4577-0.13610.56317.579425.121348.7188
141.4099-0.665-0.22982.90971.51951.885-0.1103-0.2207-0.03080.39890.02640.1060.1843-0.03090.07050.25030.0337-0.00650.20470.02080.2271-7.692426.427760.7317
151.9865-0.46390.66961.6766-0.37242.82870.04250.0855-0.07470.03560.0582-0.00490.0517-0.1001-0.07880.09230.0010.00620.1229-0.05020.139-22.645646.988554.3974
160.901-0.06960.03640.7292-0.24143.63340.4066-0.03270.366-0.15370.1322-0.0285-2.0274-0.98950.23980.52280.45070.10670.33860.14770.2418-33.590163.780821.3721
171.0826-0.83370.26311.8051-0.37491.27340.00960.0955-0.0406-0.04230.09670.018-0.0473-0.0493-0.09420.0980.00470.0180.2417-0.02220.1347-15.888539.38950.5944
181.3968-0.7870.90891.4791-0.89372.72480.12320.0139-0.3034-0.21570.05560.23850.2374-0.0891-0.12370.1409-0.0007-0.01630.1825-0.03990.2882-6.975210.199120.4419
192.44190.1615-0.9264.0530.44450.97550.1348-0.01110.49220.06890.20290.0322-0.3529-0.2141-0.14541.18870.67160.15910.6419-0.02550.5344-39.237675.69827.3951
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 22 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 66 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 67 through 91 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 92 through 109 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 110 through 148 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 149 through 179 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 180 through 193 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 194 through 205 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 206 through 216 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 63 through 82 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 83 through 139 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 140 through 200 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid -1 through 167 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 168 through 268 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 269 through 478 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 479 through 692 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 693 through 897 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 898 through 1053 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 379 through 393 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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