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- PDB-5dhf: Crystal Structure of hRio2 NES Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dhf | |||||||||||||||||||||
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Title | Crystal Structure of hRio2 NES Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1 | |||||||||||||||||||||
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![]() | TRANSPORT PROTEIN / Peptides / HEAT repeat / Nuclear Export signal / Exportin-1 / Nuclear Transport | |||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of ribosomal small subunit export from nucleus / positive regulation of mitotic centrosome separation / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / manchette ...positive regulation of ribosomal small subunit export from nucleus / positive regulation of mitotic centrosome separation / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / manchette / positive regulation of rRNA processing / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / SUMOylation of SUMOylation proteins / importin-alpha family protein binding / spindle pole body / protein localization to kinetochore / SUMOylation of RNA binding proteins / protein localization to nucleolus / U4 snRNA binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / nuclear export / Nuclear import of Rev protein / GTP metabolic process / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / nuclear import signal receptor activity / preribosome, small subunit precursor / DNA metabolic process / dynein intermediate chain binding / NLS-bearing protein import into nucleus / MAPK6/MAPK4 signaling / mitotic sister chromatid segregation / spermatid development / ribosomal large subunit export from nucleus / sperm flagellum / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / U5 snRNA binding / ribosomal small subunit export from nucleus / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / mRNA export from nucleus / ribosomal subunit export from nucleus / nuclear pore / U1 snRNA binding / centriole / protein export from nucleus / viral process / GTPase activator activity / mitotic spindle organization / G protein activity / male germ cell nucleus / maturation of SSU-rRNA / hippocampus development / Transcriptional regulation by small RNAs / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / recycling endosome / kinetochore / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / G1/S transition of mitotic cell cycle / protein import into nucleus / GDP binding / melanosome / positive regulation of protein binding / nuclear envelope / ribosomal small subunit biogenesis / mitotic cell cycle / midbody / actin cytoskeleton organization / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cadherin binding / cell cycle / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / nucleolus / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Fung, H.Y. / Chook, Y.M. | |||||||||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural determinants of nuclear export signal orientation in binding to exportin CRM1. Authors: Fung, H.Y. / Fu, S.C. / Brautigam, C.A. / Chook, Y.M. | |||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
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Data in CIF | ![]() | 66.3 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5dh9C ![]() 5dhaC ![]() 5di9C ![]() 5difC ![]() 4hb2S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 26758.564 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 16521.867 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: RanDB1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / Plasmid: pGex4T3 / Production host: ![]() ![]() |
#3: Protein | Mass: 117458.781 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: V441D,D536G,T539C,V540E,K541Q,Y1022C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / Plasmid: pGex4T3 / Production host: ![]() ![]() |
-Protein/peptide , 1 types, 1 molecules D
#4: Protein/peptide | Mass: 2256.264 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Nuclear Export Signal Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 280 molecules ![](data/chem/img/GNP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ChemComp-GNP / | ||||||
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#6: Chemical | ChemComp-MG / | ||||||
#7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-ZN / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.4 Details: 17% PEG3350, 100mM Bis-Tris pH6.4, 200mM NH4NO3, 10mM Spermine HCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 20, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.28→50 Å / Num. obs: 79060 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 28.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.889 / Net I/av σ(I): 24.316 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 552057 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4HB2 Resolution: 2.285→45.718 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.32 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 137.67 Å2 / Biso mean: 42.3238 Å2 / Biso min: 13.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.285→45.718 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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