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Yorodumi- PDB-5dhf: Crystal Structure of hRio2 NES Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dhf | |||||||||||||||||||||
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Title | Crystal Structure of hRio2 NES Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1 | |||||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Peptides / HEAT repeat / Nuclear Export signal / Exportin-1 / Nuclear Transport | |||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of ribosomal small subunit export from nucleus / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / tRNA re-export from nucleus / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response ...positive regulation of ribosomal small subunit export from nucleus / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / tRNA re-export from nucleus / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / manchette / positive regulation of rRNA processing / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / SUMOylation of SUMOylation proteins / importin-alpha family protein binding / tRNA export from nucleus / protein localization to kinetochore / SUMOylation of RNA binding proteins / protein localization to nucleolus / U4 snRNA binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / nuclear export / GTP metabolic process / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / RNA export from nucleus / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / spindle pole body / nuclear import signal receptor activity / DNA metabolic process / preribosome, small subunit precursor / dynein intermediate chain binding / NLS-bearing protein import into nucleus / MAPK6/MAPK4 signaling / mitotic sister chromatid segregation / spermatid development / ribosomal large subunit export from nucleus / sperm flagellum / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / U5 snRNA binding / male germ cell nucleus / ribosomal subunit export from nucleus / U2 snRNA binding / mRNA export from nucleus / U6 snRNA binding / nuclear pore / ribosomal small subunit export from nucleus / U1 snRNA binding / centriole / viral process / protein export from nucleus / GTPase activator activity / mitotic spindle organization / G protein activity / maturation of SSU-rRNA / hippocampus development / Transcriptional regulation by small RNAs / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / G1/S transition of mitotic cell cycle / recycling endosome / kinetochore / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / nuclear envelope / GDP binding / melanosome / positive regulation of protein binding / mitotic cell cycle / ribosomal small subunit biogenesis / midbody / actin cytoskeleton organization / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cadherin binding / protein domain specific binding / protein heterodimerization activity / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / GTPase activity / chromatin / nucleolus / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | |||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.285 Å | |||||||||||||||||||||
Authors | Fung, H.Y. / Chook, Y.M. | |||||||||||||||||||||
Funding support | Hong Kong, United States, 6items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2015 Title: Structural determinants of nuclear export signal orientation in binding to exportin CRM1. Authors: Fung, H.Y. / Fu, S.C. / Brautigam, C.A. / Chook, Y.M. | |||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5dhf.cif.gz | 568.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5dhf.ent.gz | 458.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5dhf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5dhf_validation.pdf.gz | 789.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5dhf_full_validation.pdf.gz | 793.5 KB | Display | |
Data in XML | 5dhf_validation.xml.gz | 46.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5dhf_validation.cif.gz | 66.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/5dhf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/5dhf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5dh9C 5dhaC 5di9C 5difC 4hb2S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 26758.564 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / Plasmid: pET15 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P62826 |
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#2: Protein | Mass: 16521.867 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: RanDB1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / Plasmid: pGex4T3 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P41920 |
#3: Protein | Mass: 117458.781 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: V441D,D536G,T539C,V540E,K541Q,Y1022C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / Plasmid: pGex4T3 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P30822 |
-Protein/peptide , 1 types, 1 molecules D
#4: Protein/peptide | Mass: 2256.264 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Nuclear Export Signal Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RIOK2 / Plasmid: pMal / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9BVS4*PLUS |
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-Non-polymers , 6 types, 280 molecules
#5: Chemical | ChemComp-GNP / | ||||||
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#6: Chemical | ChemComp-MG / | ||||||
#7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-ZN / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.4 Details: 17% PEG3350, 100mM Bis-Tris pH6.4, 200mM NH4NO3, 10mM Spermine HCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 20, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.28→50 Å / Num. obs: 79060 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 28.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.889 / Net I/av σ(I): 24.316 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 552057 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4HB2 Resolution: 2.285→45.718 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.32 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 137.67 Å2 / Biso mean: 42.3238 Å2 / Biso min: 13.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.285→45.718 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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