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- PDB-5uwi: Crystal Structure of HDAC5 NES Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5uwi | ||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal Structure of HDAC5 NES Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1 | ||||||||||||||||||||||||
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / HEAT repeat / NES / nuclear export / Karyopherin | ||||||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() regulation of myotube differentiation / DNA-binding transcription factor binding => GO:0140297 / NAD-dependent histone H3K14 deacetylase activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / : / heterochromatin formation => GO:0031507 / positive regulation of mitotic centrosome separation / negative regulation of myotube differentiation / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / RNA nuclear export complex ...regulation of myotube differentiation / DNA-binding transcription factor binding => GO:0140297 / NAD-dependent histone H3K14 deacetylase activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / : / heterochromatin formation => GO:0031507 / positive regulation of mitotic centrosome separation / negative regulation of myotube differentiation / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / manchette / regulation of protein binding / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / SUMOylation of SUMOylation proteins / importin-alpha family protein binding / protein deacetylation / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / spindle pole body / protein localization to kinetochore / SUMOylation of RNA binding proteins / histone deacetylase / protein localization to nucleolus / U4 snRNA binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / nuclear export / Nuclear import of Rev protein / protein lysine deacetylase activity / GTP metabolic process / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / nuclear import signal receptor activity / DNA metabolic process / dynein intermediate chain binding / histone deacetylase activity / NLS-bearing protein import into nucleus / B cell activation / Notch-HLH transcription pathway / MAPK6/MAPK4 signaling / mitotic sister chromatid segregation / transcription factor binding / histone deacetylase complex / spermatid development / ribosomal large subunit export from nucleus / sperm flagellum / U5 snRNA binding / ribosomal small subunit export from nucleus / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / mRNA export from nucleus / ribosomal subunit export from nucleus / nuclear pore / epigenetic regulation of gene expression / U1 snRNA binding / centriole / protein export from nucleus / viral process / B cell differentiation / GTPase activator activity / mitotic spindle organization / G protein activity / response to cocaine / response to activity / Regulation of PTEN gene transcription / male germ cell nucleus / hippocampus development / protein kinase C binding / Transcriptional regulation by small RNAs / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / neuron differentiation / recycling endosome / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / kinetochore / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / small GTPase binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / histone deacetylase binding / positive regulation of protein import into nucleus / G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to insulin stimulus / protein import into nucleus / GDP binding / melanosome / positive regulation of protein binding / chromatin organization / nuclear envelope / mitotic cell cycle / midbody / actin cytoskeleton organization / ubiquitin-dependent protein catabolic process Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Fung, H.Y.J. / Chook, Y.M. | ||||||||||||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Nuclear export receptor CRM1 recognizes diverse conformations in nuclear export signals. Authors: Fung, H.Y. / Fu, S.C. / Chook, Y.M. | ||||||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5uwhC ![]() 5uwjC ![]() 5uwoC ![]() 5uwpC ![]() 5uwqC ![]() 5uwrC ![]() 5uwsC ![]() 5uwtC ![]() 5uwuC ![]() 5uwwC ![]() 4hb2S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 26758.564 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 16521.867 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / Plasmid: pGEX-4T3-TEV / Production host: ![]() ![]() |
#3: Protein | Mass: 117458.781 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / Plasmid: pGEX-4T3-TEV / Production host: ![]() ![]() |
-Protein/peptide , 1 types, 1 molecules D
#4: Protein/peptide | Mass: 1741.916 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 4 types, 741 molecules ![](data/chem/img/GNP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ChemComp-GNP / | ||
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#6: Chemical | ChemComp-MG / | ||
#7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.4 Details: 17% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.4, 200 mM ammonium nitrate, 10 mM spermine-HCl, 16 mM HCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 16, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.14→50 Å / Num. obs: 95683 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 25.310682049 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 26.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.14→2.18 Å / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.956 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4777 / CC1/2: 0.679 / Rpim(I) all: 0.4 / % possible all: 99.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 4HB2 Resolution: 2.143→40.29 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.11
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.143→40.29 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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