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万見
- PDB-6x2x: Crystal Structure of Mek1NES peptide bound to CRM1(E571K) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x2x
タイトルCrystal Structure of Mek1NES peptide bound to CRM1(E571K)
要素
  • Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
  • Exportin-1
  • GTP-binding nuclear protein Ran
  • Ran-specific GTPase-activating protein 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Nuclear export / CRM1 / XPO1 / Exportin-1
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / positive regulation of endodermal cell differentiation / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / : / RNA nuclear export complex / tRNA re-export from nucleus / pre-miRNA export from nucleus ...epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / positive regulation of endodermal cell differentiation / negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / : / RNA nuclear export complex / tRNA re-export from nucleus / pre-miRNA export from nucleus / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / regulation of axon regeneration / cellular response to mineralocorticoid stimulus / mitogen-activated protein kinase kinase / manchette / positive regulation of muscle contraction / placenta blood vessel development / Golgi inheritance / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / MAP kinase scaffold activity / cerebellar cortex formation / labyrinthine layer development / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / tRNA export from nucleus / protein localization to kinetochore / importin-alpha family protein binding / melanosome transport / SUMOylation of SUMOylation proteins / Signaling by MAP2K mutants / spindle pole body / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / nuclear export / type B pancreatic cell proliferation / Nuclear import of Rev protein / central nervous system neuron differentiation / protein localization to nucleolus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / vesicle transport along microtubule / SUMOylation of RNA binding proteins / positive regulation of Ras protein signal transduction / RNA export from nucleus / regulation of Golgi inheritance / tRNA processing in the nucleus / GTP metabolic process / U4 snRNA binding / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear import signal receptor activity / positive regulation of axonogenesis / protein-containing complex localization / trachea formation / triglyceride homeostasis / regulation of early endosome to late endosome transport / Negative feedback regulation of MAPK pathway / MicroRNA (miRNA) biogenesis / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / DNA metabolic process / MAPK3 (ERK1) activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / MAPK6/MAPK4 signaling / face development / MAP kinase kinase activity / dynein intermediate chain binding / endodermal cell differentiation / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / thyroid gland development / positive regulation of ATP biosynthetic process / mitotic sister chromatid segregation / viral process / Uptake and function of anthrax toxins / U5 snRNA binding / spermatid development / ribosomal large subunit export from nucleus / protein kinase activator activity / U2 snRNA binding / response to axon injury / U6 snRNA binding / nuclear pore / Schwann cell development / U1 snRNA binding / sperm flagellum / ribosomal subunit export from nucleus / mRNA export from nucleus / keratinocyte differentiation / ERK1 and ERK2 cascade / neuron projection morphogenesis / myelination / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / ribosomal small subunit export from nucleus / protein export from nucleus / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of autophagy / dendrite cytoplasm / response to glucocorticoid
類似検索 - 分子機能
Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal ...Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / : / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Exportin-1 / Ran-specific GTPase-activating protein 1 / GTP-binding nuclear protein Ran / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.458 Å
データ登録者Baumhardt, J.M.
資金援助2件
組織認可番号国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)
Welch Foundation
引用ジャーナル: Mol.Biol.Cell / 年: 2020
タイトル: Recognition of nuclear export signals by CRM1 carrying the oncogenic E571K mutation.
著者: Baumhardt, J.M. / Walker, J.S. / Lee, Y. / Shakya, B. / Brautigam, C.A. / Lapalombella, R. / Grishin, N. / Chook, Y.M.
履歴
登録2020年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding nuclear protein Ran
B: Ran-specific GTPase-activating protein 1
C: Exportin-1
D: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,9169
ポリマ－160,0934
非ポリマー8235
水8,575476
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11030 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area57310 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)106.749, 106.749, 303.824
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1101-

GOL

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 24456.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62826
#2: タンパク質 Ran-specific GTPase-activating protein 1 / Chromosome stability protein 20 / Perinuclear array-localized protein / Ran-binding protein 1 / RANBP1


分子量: 16320.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P41920
#3: タンパク質 Exportin-1 / Chromosome region maintenance protein 1 / Karyopherin-124


分子量: 117442.875 Da / 分子数: 1 / Mutation: E582K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P30822

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質・ペプチド Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 / MKK1 / ERK activator kinase 1 / MAPK/ERK kinase 1 / MEK 1


分子量: 1873.105 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 29-44 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K1, MEK1, PRKMK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q02750, mitogen-activated protein kinase kinase

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非ポリマー , 4種, 481分子

#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.48 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 17% (weight/vol) PEG3350, 100 mM Bis-Tris (pH 6.4), 200 mM ammonium nitrate, and 10 mM Spermine HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 65125 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 34.5 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 2248198
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.45-2.4929.827960.7270.3020.93186.4
2.49-2.5433.732170.8810.2490.929100
2.54-2.5934.531750.9080.2230.936100
2.59-2.6434.432440.9380.1840.946100
2.64-2.734.432250.9550.160.9741000.9520.966
2.7-2.7634.232140.9630.1350.951000.8010.813
2.76-2.8333.432310.9760.1090.9591000.640.65
2.83-2.931.232450.9830.0920.96799.70.5170.525
2.9-2.9935.432290.990.070.9541000.4190.425
2.99-3.0935.832420.9930.0550.9671000.3330.338
3.09-3.235.532560.9960.0430.9741000.2550.258
3.2-3.323532520.9970.0330.9741000.1950.198
3.32-3.4834.432580.9980.0251.0481000.1490.151
3.48-3.6633.632770.9980.020.99199.80.1140.116
3.66-3.8937.432730.9990.0151.0071000.0940.095
3.89-4.1937.133160.9990.0131.0041000.0760.077
4.19-4.6135.433010.9990.010.9611000.060.061
4.61-5.2836.233530.9990.0090.87499.90.0530.054
5.28-6.6535.734020.9990.0090.9161000.0550.056
6.65-5032.736190.9980.0081.63399.80.0420.042

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HB2

4hb2


解像度: 2.458→40.207 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 1999 3.1 %
Rwork0.2 62466 -
obs0.2016 64465 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.73 Å2 / Biso mean: 41.8216 Å2 / Biso min: 9.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.458→40.207 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10845 0 0 476 11321
Biso mean---38.62 -
残基数----1343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00511199
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69415165
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451727
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051925
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.049443
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4584-2.51990.29871310.2372408693
2.5199-2.5880.30451390.2451433999
2.588-2.66410.33861420.24374435100
2.6641-2.75010.33581410.23344425100
2.7501-2.84840.31751420.2344422100
2.8484-2.96240.32851420.22784443100
2.9624-3.09710.27431410.23214423100
3.0971-3.26040.28781440.21194456100
3.2604-3.46450.24211430.20724484100
3.4645-3.73190.20361420.19544469100
3.7319-4.10710.22751460.17734520100
4.1071-4.70060.20031440.16254536100
4.7006-5.91920.23241480.18214608100
5.9192-40.2070.21741540.1841482099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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