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- PDB-6x2y: Crystal Structure of mDia2NES peptide bound to CRM1(E571K) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x2y
タイトルCrystal Structure of mDia2NES peptide bound to CRM1(E571K)
要素
  • Exportin-1
  • GTP-binding nuclear protein Ran
  • Protein diaphanous homolog 3
  • Ran-specific GTPase-activating protein 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Nuclear export / CRM1 / XPO1 / Exportin-1
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-containing complex remodeling / stereocilia tip-link density / ESCRT I complex / inner ear receptor cell differentiation / actin nucleation / head development / erythrocyte enucleation / podosome assembly / autophagosome-lysosome fusion / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein ...protein-containing complex remodeling / stereocilia tip-link density / ESCRT I complex / inner ear receptor cell differentiation / actin nucleation / head development / erythrocyte enucleation / podosome assembly / autophagosome-lysosome fusion / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / RNA nuclear export complex / actin crosslink formation / tRNA re-export from nucleus / : / pre-miRNA export from nucleus / ribbon synapse / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / cellular response to mineralocorticoid stimulus / manchette / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / negative regulation of microtubule depolymerization / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / tRNA export from nucleus / protein localization to kinetochore / importin-alpha family protein binding / SUMOylation of SUMOylation proteins / spindle pole body / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / RHOD GTPase cycle / nuclear export / Nuclear import of Rev protein / protein localization to nucleolus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / SUMOylation of RNA binding proteins / RNA export from nucleus / U4 snRNA binding / RHOF GTPase cycle / tRNA processing in the nucleus / GTP metabolic process / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / cell projection organization / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear import signal receptor activity / protein-containing complex localization / MicroRNA (miRNA) biogenesis / endosomal transport / RHOB GTPase cycle / DNA metabolic process / RHOC GTPase cycle / MAPK6/MAPK4 signaling / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / establishment of cell polarity / actin filament bundle / filamentous actin / dynein intermediate chain binding / cleavage furrow / microtubule polymerization / CDC42 GTPase cycle / mitotic sister chromatid segregation / microtubule organizing center / macrophage differentiation / viral process / actin filament bundle assembly / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / U5 snRNA binding / RAC3 GTPase cycle / spermatid development / ribosomal large subunit export from nucleus / U6 snRNA binding / U2 snRNA binding / nuclear pore / sperm flagellum / U1 snRNA binding / ribosomal subunit export from nucleus / mRNA export from nucleus / RAC1 GTPase cycle / actin filament polymerization / ribosomal small subunit export from nucleus / cytoskeleton organization / protein export from nucleus / mitotic spindle organization / GTPase activator activity / integrin-mediated signaling pathway / male germ cell nucleus / hippocampus development / actin filament / chromosome segregation / centriole / Transcriptional regulation by small RNAs / sensory perception of sound / G1/S transition of mitotic cell cycle / RHO GTPases Activate Formins / positive regulation of protein import into nucleus / recycling endosome / kinetochore
類似検索 - 分子機能
Diaphanous, GTPase-binding domain superfamily / : / Diaphanous autoregulatory (DAD) domain / Diaphanous autoregulatory domain (DAD) profile. / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain ...Diaphanous, GTPase-binding domain superfamily / : / Diaphanous autoregulatory (DAD) domain / Diaphanous autoregulatory domain (DAD) profile. / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain profile. / Formin, FH2 domain / Formin, FH2 domain superfamily / Formin Homology 2 Domain / Formin homology-2 (FH2) domain profile. / Formin Homology 2 Domain / Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Exportin-1 / Ran-specific GTPase-activating protein 1 / GTP-binding nuclear protein Ran / Protein diaphanous homolog 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.304 Å
データ登録者Baumhardt, J.M.
資金援助2件
組織認可番号国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)
Welch Foundation
引用ジャーナル: Mol.Biol.Cell / 年: 2020
タイトル: Recognition of nuclear export signals by CRM1 carrying the oncogenic E571K mutation.
著者: Baumhardt, J.M. / Walker, J.S. / Lee, Y. / Shakya, B. / Brautigam, C.A. / Lapalombella, R. / Grishin, N. / Chook, Y.M.
履歴
登録2020年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding nuclear protein Ran
B: Ran-specific GTPase-activating protein 1
C: Exportin-1
D: Protein diaphanous homolog 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,33110
ポリマ－159,4464
非ポリマー8856
水8,395466
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11060 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area56610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.666, 106.666, 304.022
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 24456.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62826
#2: タンパク質 Ran-specific GTPase-activating protein 1 / Chromosome stability protein 20 / Perinuclear array-localized protein / Ran-binding protein 1 / RANBP1


分子量: 16320.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P41920
#3: タンパク質 Exportin-1 / Chromosome region maintenance protein 1 / Karyopherin-124


分子量: 117442.875 Da / 分子数: 1 / Mutation: E582K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P30822

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質・ペプチド Protein diaphanous homolog 3 / Diaphanous-related formin-3 / DRF3 / MDia2


分子量: 1226.512 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1183-1193 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DIAPH3, DIAP3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NSV4

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非ポリマー , 5種, 472分子

#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 17% (weight/vol) PEG3350, 100 mM Bis-Tris (pH 6.4), 200 mM ammonium nitrate, and 10 mM Spermine HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 113739 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.6 % / Rmerge(I) obs: 0.319 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.327 / Χ2: 0.975 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.34193.71338590.5610.8613.8130.912100
2.34-2.3819.53.23338670.4480.7393.3180.91100
2.38-2.4319.62.91238650.7180.6642.9880.912100
2.43-2.4819.72.49238690.7680.5682.5570.911100
2.48-2.5319.72.16338670.8140.4922.2190.925100
2.53-2.5919.72.03738670.8730.4632.0890.921100
2.59-2.6619.71.88638410.8970.431.9350.915100
2.66-2.7319.61.6738880.9150.3831.7140.936100
2.73-2.8118.41.52538740.9360.3651.5690.943100
2.81-2.9221.41638940.9690.3041.4490.945100
2.9-322.51.21338760.9770.2571.240.958100
3-3.1222.40.96339020.9860.2050.9850.972100
3.12-3.2622.20.73339110.9910.1570.750.995100
3.26-3.4421.90.52539390.9940.1130.5371.01599.9
3.44-3.6519.80.36439120.9950.0840.3741.066100
3.65-3.9322.50.26739460.9970.0570.2731.12100
3.93-4.3322.60.18339530.9980.0390.1871.127100
4.33-4.9521.70.13240100.9980.0290.1351.093100
4.95-6.2420.40.12840780.9980.0290.1310.931100
6.24-50200.06443110.9990.0150.0660.92899.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HB2

4hb2


解像度: 2.304→45.769 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2563 3040 2.67 %
Rwork0.204 110699 -
obs0.2054 113739 76.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 128.39 Å2 / Biso mean: 38.671 Å2 / Biso min: 8.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.304→45.769 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10757 0 4 466 11227
Biso mean--40.58 36.81 -
残基数----1333
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311112
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51915048
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031909
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9396751
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.304-2.340.4657390.334140421
2.34-2.37840.3736640.3158234636
2.3784-2.41940.3319840.2912304946
2.4194-2.46340.3121910.2851331551
2.4634-2.51070.3698930.284338452
2.5107-2.5620.2901980.274347053
2.562-2.61770.2992990.2642356255
2.6177-2.67860.28821120.2529381958
2.6786-2.74560.30381130.2494417263
2.7456-2.81980.27211180.2452450169
2.8198-2.90270.22711530.2468578288
2.9027-2.99640.31771730.244640898
2.9964-3.10350.28731810.2326548100
3.1035-3.22770.25441820.22366574100
3.2277-3.37460.28471730.21496515100
3.3746-3.55240.311780.20846587100
3.5524-3.77490.23071820.18826538100
3.7749-4.06620.22111820.17426573100
4.0662-4.47510.22941830.16366537100
4.4751-5.12190.22621780.15946534100
5.1219-6.45020.27341810.19056555100
6.4502-45.7690.19361830.1683652699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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