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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jlj | |||||||||||||||||||||
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Title | Crystal Structure of KPT8602 in complex with CRM1-Ran-RanBP1 | |||||||||||||||||||||
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / HEAT repeat / Exportin-1 / Nuclear Transport / Transport receptor-Inhibitor complex | |||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of mitotic centrosome separation / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / manchette / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) ...positive regulation of mitotic centrosome separation / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / manchette / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / SUMOylation of SUMOylation proteins / importin-alpha family protein binding / spindle pole body / protein localization to kinetochore / SUMOylation of RNA binding proteins / protein localization to nucleolus / U4 snRNA binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / nuclear export / Nuclear import of Rev protein / GTP metabolic process / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / nuclear import signal receptor activity / DNA metabolic process / dynein intermediate chain binding / NLS-bearing protein import into nucleus / MAPK6/MAPK4 signaling / mitotic sister chromatid segregation / spermatid development / ribosomal large subunit export from nucleus / sperm flagellum / U5 snRNA binding / ribosomal small subunit export from nucleus / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / mRNA export from nucleus / ribosomal subunit export from nucleus / nuclear pore / U1 snRNA binding / centriole / protein export from nucleus / viral process / GTPase activator activity / mitotic spindle organization / G protein activity / male germ cell nucleus / hippocampus development / Transcriptional regulation by small RNAs / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / recycling endosome / kinetochore / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / G1/S transition of mitotic cell cycle / protein import into nucleus / GDP binding / melanosome / positive regulation of protein binding / nuclear envelope / mitotic cell cycle / midbody / actin cytoskeleton organization / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / nucleolus / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Fung, H.Y. / Chook, Y.M. | |||||||||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Next-generation XPO1 inhibitor shows improved efficacy and in vivo tolerability in hematological malignancies. Authors: Hing, Z.A. / Fung, H.Y. / Ranganathan, P. / Mitchell, S. / El-Gamal, D. / Woyach, J.A. / Williams, K. / Goettl, V.M. / Smith, J. / Yu, X. / Meng, X. / Sun, Q. / Cagatay, T. / Lehman, A.M. / ...Authors: Hing, Z.A. / Fung, H.Y. / Ranganathan, P. / Mitchell, S. / El-Gamal, D. / Woyach, J.A. / Williams, K. / Goettl, V.M. / Smith, J. / Yu, X. / Meng, X. / Sun, Q. / Cagatay, T. / Lehman, A.M. / Lucas, D.M. / Baloglu, E. / Shacham, S. / Kauffman, M.G. / Byrd, J.C. / Chook, Y.M. / Garzon, R. / Lapalombella, R. | |||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 46.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 66 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4hb2S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 26758.564 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 16521.867 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: RanDB1, unp residues 62-201 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / Plasmid: pGex4T3 / Production host: ![]() ![]() |
#3: Protein | Mass: 117471.922 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: T539C,Y1022C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / Plasmid: pGex4T3 / Production host: ![]() ![]() |
-Non-polymers , 6 types, 194 molecules ![](data/chem/img/GNP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/6L8.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/6L8.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-GNP / | ||||||
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#5: Chemical | ChemComp-MG / | ||||||
#6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | ChemComp-CL / | #8: Chemical | ChemComp-6L8 / ( | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.6 Details: 17% PEG3350, 100mM Bis-Tris pH6.6, 200mM Ammounium Nitrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 21, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: ROSENBAUM-ROCK HIGH-RESOLUTION DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 60851 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 36.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 0.903 / Net I/av σ(I): 20.457 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 388048 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4HB2 Resolution: 2.5→50 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / Phase error: 24.61
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 118.52 Å2 / Biso mean: 46.6406 Å2 / Biso min: 17.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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