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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5jlj | |||||||||||||||||||||
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| Title | Crystal Structure of KPT8602 in complex with CRM1-Ran-RanBP1 | |||||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN TRANSPORT / HEAT repeat / Exportin-1 / Nuclear Transport / Transport receptor-Inhibitor complex | |||||||||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationtRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / manchette / nuclear export signal receptor activity / cellular response to mineralocorticoid stimulus ...tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / manchette / nuclear export signal receptor activity / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / tRNA export from nucleus / importin-alpha family protein binding / SUMOylation of SUMOylation proteins / protein localization to kinetochore / spindle pole body / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / U4 snRNA binding / nuclear export / SUMOylation of RNA binding proteins / protein localization to nucleolus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / RNA export from nucleus / tRNA processing in the nucleus / GTP metabolic process / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear import signal receptor activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / MAPK6/MAPK4 signaling / dynein intermediate chain binding / mitotic sister chromatid segregation / U5 snRNA binding / viral process / spermatid development / ribosomal large subunit export from nucleus / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / positive regulation of protein binding / sperm flagellum / nuclear pore / mRNA export from nucleus / U1 snRNA binding / ribosomal subunit export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / centriole / GTPase activator activity / protein export from nucleus / mitotic spindle organization / male germ cell nucleus / hippocampus development / Transcriptional regulation by small RNAs / G1/S transition of mitotic cell cycle / recycling endosome / kinetochore / positive regulation of protein import into nucleus / small GTPase binding / protein import into nucleus / GDP binding / melanosome / nuclear envelope / mitotic cell cycle / G protein activity / actin cytoskeleton organization / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / GTP binding / protein-containing complex binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)![]() | |||||||||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.5 Å | |||||||||||||||||||||
Authors | Fung, H.Y. / Chook, Y.M. | |||||||||||||||||||||
| Funding support | Hong Kong, United States, 6items
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Citation | Journal: Leukemia / Year: 2016Title: Next-generation XPO1 inhibitor shows improved efficacy and in vivo tolerability in hematological malignancies. Authors: Hing, Z.A. / Fung, H.Y. / Ranganathan, P. / Mitchell, S. / El-Gamal, D. / Woyach, J.A. / Williams, K. / Goettl, V.M. / Smith, J. / Yu, X. / Meng, X. / Sun, Q. / Cagatay, T. / Lehman, A.M. / ...Authors: Hing, Z.A. / Fung, H.Y. / Ranganathan, P. / Mitchell, S. / El-Gamal, D. / Woyach, J.A. / Williams, K. / Goettl, V.M. / Smith, J. / Yu, X. / Meng, X. / Sun, Q. / Cagatay, T. / Lehman, A.M. / Lucas, D.M. / Baloglu, E. / Shacham, S. / Kauffman, M.G. / Byrd, J.C. / Chook, Y.M. / Garzon, R. / Lapalombella, R. | |||||||||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5jlj.cif.gz | 570.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5jlj.ent.gz | 463.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5jlj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5jlj_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5jlj_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
| Data in XML | 5jlj_validation.xml.gz | 46.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 5jlj_validation.cif.gz | 66 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/5jlj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/5jlj | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4hb2S S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABC
| #1: Protein | Mass: 26758.564 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / Plasmid: pET15 / Production host: ![]() |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 16521.867 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: RanDB1, unp residues 62-201 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / Plasmid: pGex4T3 / Production host: ![]() |
| #3: Protein | Mass: 117471.922 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: T539C,Y1022C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / Plasmid: pGex4T3 / Production host: ![]() |
-Non-polymers , 6 types, 194 molecules 










| #4: Chemical | ChemComp-GNP / | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| #5: Chemical | ChemComp-MG / | ||||||
| #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | ChemComp-CL / | #8: Chemical | ChemComp-6L8 / ( | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.8 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.6 Details: 17% PEG3350, 100mM Bis-Tris pH6.6, 200mM Ammounium Nitrate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 93 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 21, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: ROSENBAUM-ROCK HIGH-RESOLUTION DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 60851 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 36.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 0.903 / Net I/av σ(I): 20.457 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 388048 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
|
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESISStarting model: 4HB2 Resolution: 2.5→50 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / Phase error: 24.61
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 118.52 Å2 / Biso mean: 46.6406 Å2 / Biso min: 17.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→50 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
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Controller
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Hong Kong,
United States, 6items
Citation










PDBj













