PDB-5dd5: Crystal structures in an anti-HIV antibody lineage from immunizat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dd5

タイトル

Crystal structures in an anti-HIV antibody lineage from immunization of Rhesus macaques

要素

(ANTI-HIV ANTIBODY DH570.9 FAB HEAVY CHAIN) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HIV HIV-1 gp41 MPER antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Macaca mulatta (アカゲザル)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Nicely, N.I. / Pemble IV, C.W. / Haynes, B.F.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2016
タイトル: Initiation of immune tolerance-controlled HIV gp41 neutralizing B cell lineages.
著者: Zhang, R. / Verkoczy, L. / Wiehe, K. / Munir Alam, S. / Nicely, N.I. / Santra, S. / Bradley, T. / Pemble, C.W. / Zhang, J. / Gao, F. / Montefiori, D.C. / Bouton-Verville, H. / Kelsoe, G. / ...

履歴

登録	2015年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月18日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dd5.cif.gz	189.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dd5.ent.gz	149.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dd5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/5dd5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/5dd5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dd0SC 5dd1C 5dd3C 5dd6C 5dqd 5dqj S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mlr-d 3nac-d 6b5s-d 6umi-d 1f58-d 7c94-2 5muq-2 7kfg-d 6wn4-2 4n8c-1 5jny-2 3o6l-d 3mlv-2 6f7t-1 4iml-2 4eow-d 1mpa-2 3mlu-d 4oaw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: ANTI-HIV ANTIBODY DH570.9 FAB HEAVY CHAIN

L: ANTI-HIV ANTIBODY DH570.9 FAB HEAVY CHAIN

48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.350, 77.430, 138.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	ANTI-HIV ANTIBODY DH570.9 FAB HEAVY CHAIN 分子量: 24829.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293, Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	ANTI-HIV ANTIBODY DH570.9 FAB HEAVY CHAIN 分子量: 23212.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293, Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 20% PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→17.7 Å / Num. obs: 33258 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.2 % / R_sym value: 0.219 / Net I/σ(I): 5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
MOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DD0

5dd0

解像度: 1.9→17.7 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2605	2000	6.03 %
R_work	0.1981	-	-
obs	0.2018	33163	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→17.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3324	0	0	413	3737

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3425
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.11	4671
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.318	1200
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	539
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	590

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9475	0.4301	138	0.388	2152	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9475-2.0001	0.3095	140	0.2648	2164	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0001-2.0588	0.2742	139	0.2184	2179	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0588-2.1252	0.2814	141	0.2265	2199	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1252-2.201	0.2893	141	0.2094	2199	X-RAY DIFFRACTION	99
2.201-2.289	0.4857	138	0.3241	2151	X-RAY DIFFRACTION	98
2.289-2.3929	0.297	144	0.2158	2232	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3929-2.5187	0.3068	141	0.2174	2213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5187-2.676	0.2645	143	0.2071	2220	X-RAY DIFFRACTION	100
2.676-2.8818	0.2798	144	0.1913	2246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8818-3.1703	0.2495	144	0.1942	2238	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1703-3.6257	0.2373	145	0.1664	2268	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6257-4.5551	0.1969	147	0.152	2289	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5551-17.7075	0.1768	155	0.1473	2413	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4418	-0.4954	1.0532	1.8651	-0.8889	3.9822	0.0276	-0.0899	-0.0372	-0.0722	0.0773	0.2591	0.0054	-0.1821	-0.1237	0.117	-0.016	-0.0421	0.128	0.0208	0.2097	4.8924	7.1135	-1.9539
2	3.1176	-0.4893	-1.4453	3.3386	2.3565	8.4602	-0.0047	-0.1068	0.1454	0.084	0.0454	-0.2694	-0.369	0.3169	-0.198	0.1343	-0.0045	-0.0521	0.1138	0.0306	0.194	14.8338	8.9158	0.2178
3	0.6852	-0.2337	-0.0595	0.108	0.112	0.7609	-0.0686	-0.1036	-0.0073	0.0438	0.064	-0.0092	-0.1294	0.0064	0.0418	0.1308	-0.0121	-0.0391	0.137	0.0139	0.1955	9.1022	8.1501	-5.9702
4	1.2649	-0.4972	-0.1304	3.773	1.58	2.0705	0.1402	0.1491	-0.1148	0.4152	-0.5459	0.4515	0.3794	-0.6573	0.2909	0.204	-0.1193	0.0446	0.3377	-0.0874	0.1988	-11.6983	-2.4713	-32.3131
5	2.2148	1.96	1.5411	2.832	1.7429	0.9027	-0.2221	0.1875	0.154	-0.8457	0.2175	0.0699	-0.2659	0.1465	0.0076	0.3195	-0.0342	-0.0508	0.1875	0.0191	0.1585	21.5411	-10.2529	-15.7326
6	1.2091	1.2304	0.6811	2.6788	0.7335	1.8656	-0.0196	-0.1522	0.0395	-0.0816	-0.0213	0.1543	0.1886	0.0281	0.0473	0.1616	0.0205	-0.0518	0.1629	0.0165	0.1534	17.8118	-9.7824	-7.5795
7	0.4089	-0.2886	0.8204	2.1143	-0.6312	1.6532	0.0022	-0.0221	-0.1076	0.1395	0.0192	-0.0095	0.0568	-0.0522	-0.0083	0.1416	-0.0214	-0.021	0.1353	-0.0057	0.1092	0.9512	-4.1486	-40.3602
8	0.6153	-0.5283	0.9879	2.7656	-1.2794	2.4089	0.0316	0.0707	-0.0725	0.0992	-0.027	-0.2049	-0.013	0.079	0.0064	0.1036	-0.0141	-0.0008	0.1412	-0.0036	0.163	2.2103	-2.9474	-41.4682

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain H and resid 1:42)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain H and resid 43:58)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain H and resid 59:125)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain H and resid 126:214)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain L and resid 1:26)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain L and resid 27:106)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain L and resid 107:154)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain L and resid 155:213)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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