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- PDB-1f58: IGG1 FAB FRAGMENT (58.2) COMPLEX WITH 24-RESIDUE PEPTIDE (RESIDUE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f58
タイトルIGG1 FAB FRAGMENT (58.2) COMPLEX WITH 24-RESIDUE PEPTIDE (RESIDUES 308-333 OF HIV-1 GP120 (MN ISOLATE) WITH ALA TO AIB SUBSTITUTION AT POSITION 323
要素
  • Envelope glycoprotein gp120
  • PROTEIN (IGG1 ANTIBODY 58.2 (HEAVY CHAIN))
  • PROTEIN (IGG1 ANTIBODY 58.2 (LIGHT CHAIN))
キーワードViral protein/Immune system / IMMUNOGLOBULIN / FAB / HIV-1 / GP120 / V3 / Viral protein-Immune system COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / viral protein processing / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...immunoglobulin complex / Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / viral protein processing / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain ...: / Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig kappa chain V-III region PC 7183 / Envelope glycoprotein gp160 / Igh protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Stanfield, R.L. / Cabezas, E. / Satterthwait, A.C. / Stura, E.A. / Profy, A.T. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Dual conformations for the HIV-1 gp120 V3 loop in complexes with different neutralizing fabs.
著者: Stanfield, R. / Cabezas, E. / Satterthwait, A. / Stura, E. / Profy, A. / Wilson, I.
履歴
登録1998年10月21日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年8月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_nat / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_mod_residue / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation / _entity_name_com.name / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_mod_residue.details / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: PROTEIN (IGG1 ANTIBODY 58.2 (LIGHT CHAIN))
H: PROTEIN (IGG1 ANTIBODY 58.2 (HEAVY CHAIN))
P: Envelope glycoprotein gp120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1633
ポリマ－51,1633
非ポリマー00
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.890, 71.910, 88.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.31, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 PROTEIN (IGG1 ANTIBODY 58.2 (LIGHT CHAIN)) / FAB 58.2


分子量: 23573.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB-C / 参照: UniProt: P01666*PLUS
#2: 抗体 PROTEIN (IGG1 ANTIBODY 58.2 (HEAVY CHAIN)) / FAB 58.2


分子量: 24864.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB-C / 参照: UniProt: Q99LC4*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein gp120 / Env polyprotein


分子量: 2725.223 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 308-332 FROM HIV-1 GP120 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE MOLECULE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED
由来: (合成) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P05877
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FAB FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION OF E. KABAT (E.A. KABAT, T.T. WU, M. REID-MILLER, H. ...THE FAB FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION OF E. KABAT (E.A. KABAT, T.T. WU, M. REID-MILLER, H.M. PERRY, K.S. GOTTESMAN, SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 4TH ED., (1987), NATIONAL INSTITUTE OF HEALTH, BETHESDA, MD.) THE PEPTIDE IS NUMBERED ACCORDING TO THE BH10 ISOLATE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 6.3 / 詳細: pH 6.3
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 22.5 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
116 %PEG100001reservoir
20.2 Mimidazole malate1reservoir
315 mg/mlFab1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年11月15日 / 詳細: SUPER LONG MIRRORS (SIEMENS)
放射モノクロメーター: GRAPHITE(RIGAKU), SUPPER LONG MIRRORS (SIEMENS)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.6 Å / Num. obs: 30460 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 29.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.547 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 98.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 183103
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.5 % / Num. unique obs: 2014 / Num. measured obs: 9505

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MERLOT位相決定
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FAB 58.2 PORTION OF FAB 58.2/SER-LOOP PEPTIDE COMPLEX

解像度: 2→44 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 3024 9.9 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.196 30460 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3497 0 0 120 3617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.57
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.741.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.812
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.172
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.442.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 203 10.1 %
Rwork0.318 1811 -
obs--98.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.WATTOPH11.WAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 23.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.57
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.382 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rwork: 0.318 / Rfactor obs: 0.318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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