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- PDB-5dd1: Crystal structures in an anti-HIV antibody lineage from immunizat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dd1
タイトルCrystal structures in an anti-HIV antibody lineage from immunization of Rhesus macaques
要素
  • ANTI-HIV ANTIBODY DH570 FAB HEAVY CHAIN
  • ANTI-HIV ANTIBODY DH570 FAB LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV HIV-1 gp41 MPER antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.597 Å
データ登録者Zhang, R. / Verkoczy, L. / Wiehe, K. / Alam, S.M. / Nicely, N.I. / Santra, S. / Bradley, T. / Pemble, C. / Gao, F. / Montefiori, D.C. ...Zhang, R. / Verkoczy, L. / Wiehe, K. / Alam, S.M. / Nicely, N.I. / Santra, S. / Bradley, T. / Pemble, C. / Gao, F. / Montefiori, D.C. / Bouton-Verville, H. / Kelsoe, G. / Parks, R. / Foulger, A. / Tomaras, G. / Keple, T.B. / Moody, M.A. / Liao, H.-X. / Haynes, B.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1-AI100645-02 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2016
タイトル: Initiation of immune tolerance-controlled HIV gp41 neutralizing B cell lineages.
著者: Zhang, R. / Verkoczy, L. / Wiehe, K. / Munir Alam, S. / Nicely, N.I. / Santra, S. / Bradley, T. / Pemble, C.W. / Zhang, J. / Gao, F. / Montefiori, D.C. / Bouton-Verville, H. / Kelsoe, G. / ...著者: Zhang, R. / Verkoczy, L. / Wiehe, K. / Munir Alam, S. / Nicely, N.I. / Santra, S. / Bradley, T. / Pemble, C.W. / Zhang, J. / Gao, F. / Montefiori, D.C. / Bouton-Verville, H. / Kelsoe, G. / Larimore, K. / Greenberg, P.D. / Parks, R. / Foulger, A. / Peel, J.N. / Luo, K. / Lu, X. / Trama, A.M. / Vandergrift, N. / Tomaras, G.D. / Kepler, T.B. / Moody, M.A. / Liao, H.X. / Haynes, B.F.
履歴
登録2015年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Structure summary
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: ANTI-HIV ANTIBODY DH570 FAB HEAVY CHAIN
L: ANTI-HIV ANTIBODY DH570 FAB LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8592
ポリマ－47,8592
非ポリマー00
水5,567309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.115, 49.168, 54.653
Angle α, β, γ (deg.)90.52, 104.58, 96.57
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 ANTI-HIV ANTIBODY DH570 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 24783.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293, Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 ANTI-HIV ANTIBODY DH570 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 23075.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 MES, 14% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 46323 / % possible obs: 81.3 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.6 % / Num. unique all: 2375 / Rsym value: 0.622 / % possible all: 84.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DD0

5dd0


解像度: 1.597→21.832 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 26.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2283 1842 4.3 %
Rwork0.1846 --
obs0.1865 42808 74.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.597→21.832 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3282 0 0 309 3591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073462
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1394745
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5741219
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041554
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005603
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5968-1.640.31951200.2632865X-RAY DIFFRACTION68
1.64-1.68820.29511420.24213236X-RAY DIFFRACTION77
1.6882-1.74270.27181530.23163265X-RAY DIFFRACTION78
1.7427-1.8050.25031580.20463466X-RAY DIFFRACTION82
1.805-1.87720.28341500.22513352X-RAY DIFFRACTION79
1.8772-1.96260.306760.2551724X-RAY DIFFRACTION41
1.9626-2.0660.28921530.23253385X-RAY DIFFRACTION81
2.066-2.19530.29641660.22113656X-RAY DIFFRACTION87
2.1953-2.36460.2733910.21182051X-RAY DIFFRACTION49
2.3646-2.60220.23161780.1923922X-RAY DIFFRACTION93
2.6022-2.9780.2361810.19113982X-RAY DIFFRACTION95
2.978-3.74880.2321270.18392792X-RAY DIFFRACTION69
3.7488-21.83380.16051470.13463270X-RAY DIFFRACTION82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.27790.9567-1.04061.44130.88292.4727-0.41980.67830.86980.09160.31790.324-1.1607-0.58150.02290.9770.0862-0.21950.4920.25140.731431.406112.855749.9098
25.54770.90490.79273.77270.36665.7656-0.33430.37560.3067-0.19190.07240.1427-0.66670.05970.19210.4358-0.0806-0.05520.36480.11390.371137.62274.963153.458
31.673-3.3788-1.37917.95511.71813.7157-0.03420.31740.871-0.01590.6241-0.2413-1.11550.4774-0.39020.7805-0.3663-0.04230.62560.26460.704444.140312.050751.9318
41.2530.33051.71760.62640.80692.8189-0.44140.43740.2789-0.20250.09560.0173-1.20460.63430.26580.4774-0.1206-0.06240.38780.1010.385936.57025.465552.2121
54.8895-0.5259-1.33670.23890.60424.3307-0.10660.1645-0.9148-0.11570.1047-0.14980.9418-0.790.03760.4013-0.1503-0.05530.39320.00030.362610.5545-22.566429.4777
62.83551.3188-0.45783.5072-0.97872.587-0.0151-0.1860.01370.15230.00220.162-0.1845-0.1027-0.00260.24560.02160.01510.2998-0.04190.20413.3718-11.353233.5737
72.65842.3938-0.20712.7327-0.45196.7182-0.35080.45840.0216-0.68540.35530.73330.2644-0.10750.07450.32250.0619-0.00410.226-0.03490.35768.8577-10.837624.8938
83.50532.39340.2382.453-0.50032.3378-0.0638-0.01310.1268-0.04120.01230.0267-0.16090.02490.05230.22320.03860.00890.1996-0.00130.240332.3258-7.973465.3
93.68433.97823.48214.3343.73343.29270.1473-0.18380.27130.1534-0.3250.11920.2012-0.17330.15320.2666-0.05890.02190.37110.01260.262219.3322-21.541555.4192
101.7411-0.1787-1.2430.84930.38165.9127-0.0105-0.1307-0.04030.155-0.0109-0.02080.23770.06720.01320.2032-0.0267-0.0030.198-0.00480.217722.0554-24.733534.4461
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 1:32 )H1 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 33:52 )H33 - 52
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 53:77 )H53 - 77
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 78:119 )H78 - 119
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN H AND RESID 120:134 )H120 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN H AND RESID 135:203 )H135 - 203
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN H AND RESID 204:214 )H204 - 214
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN L AND RESID 1:101 )L1 - 101
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN L AND RESID 102:113 )L102 - 113
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN L AND RESID 114:213 )L114 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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