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- PDB-5dd0: Crystal structures in an anti-HIV antibody lineage from immunizat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dd0
タイトルCrystal structures in an anti-HIV antibody lineage from immunization of Rhesus macaques
要素
  • ANTI-HIV ANTIBODY DH570 FAB HEAVY CHAIN
  • ANTI-HIV ANTIBODY DH570 FAB HEAVY LIGHT
  • oligo peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV HIV-1 gp41 MPER antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.488 Å
データ登録者Zhang, R. / Verkoczy, L. / Wiehe, K. / Alam, S.M. / Nicely, N.I. / Santra, S. / Bradley, T. / Pemble, C. / Gao, F. / Montefiori, D.C. ...Zhang, R. / Verkoczy, L. / Wiehe, K. / Alam, S.M. / Nicely, N.I. / Santra, S. / Bradley, T. / Pemble, C. / Gao, F. / Montefiori, D.C. / Bouton-Verville, H. / Kelsoe, G. / Parks, R. / Foulger, A. / Tomaras, G. / Keple, T.B. / Moody, M.A. / Liao, H.-X. / Haynes, B.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1-AI100645-02 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2016
タイトル: Initiation of immune tolerance-controlled HIV gp41 neutralizing B cell lineages.
著者: Zhang, R. / Verkoczy, L. / Wiehe, K. / Munir Alam, S. / Nicely, N.I. / Santra, S. / Bradley, T. / Pemble, C.W. / Zhang, J. / Gao, F. / Montefiori, D.C. / Bouton-Verville, H. / Kelsoe, G. / ...著者: Zhang, R. / Verkoczy, L. / Wiehe, K. / Munir Alam, S. / Nicely, N.I. / Santra, S. / Bradley, T. / Pemble, C.W. / Zhang, J. / Gao, F. / Montefiori, D.C. / Bouton-Verville, H. / Kelsoe, G. / Larimore, K. / Greenberg, P.D. / Parks, R. / Foulger, A. / Peel, J.N. / Luo, K. / Lu, X. / Trama, A.M. / Vandergrift, N. / Tomaras, G.D. / Kepler, T.B. / Moody, M.A. / Liao, H.X. / Haynes, B.F.
履歴
登録2015年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Structure summary
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: ANTI-HIV ANTIBODY DH570 FAB HEAVY CHAIN
L: ANTI-HIV ANTIBODY DH570 FAB HEAVY LIGHT
P: oligo peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2583
ポリマ－49,2583
非ポリマー00
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.332, 80.406, 37.861
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 ANTI-HIV ANTIBODY DH570 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 24783.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293, Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 ANTI-HIV ANTIBODY DH570 FAB HEAVY LIGHT


分子量: 23075.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293, Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド oligo peptide


分子量: 1398.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293, Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04578*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24% PEG 1500, 20% glycerol, with seeding

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 15105 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.6 % / Net I/σ(I): 6.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q6G, 2QQN

3q6g

2qqn


解像度: 2.488→24.373 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2744 1515 10.03 %
Rwork0.2273 --
obs0.2322 15105 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.488→24.373 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3369 0 0 68 3437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033477
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7184746
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4181217
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003596
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4884-2.56860.35921350.32331138X-RAY DIFFRACTION93
2.5686-2.66030.37281320.30531257X-RAY DIFFRACTION100
2.6603-2.76670.34451370.28061230X-RAY DIFFRACTION100
2.7667-2.89240.32771390.27231259X-RAY DIFFRACTION100
2.8924-3.04470.33281400.25741198X-RAY DIFFRACTION100
3.0447-3.2350.31061370.25551256X-RAY DIFFRACTION100
3.235-3.48410.29271410.231240X-RAY DIFFRACTION100
3.4841-3.83360.32721340.24691257X-RAY DIFFRACTION100
3.8336-4.38550.20181430.19711221X-RAY DIFFRACTION100
4.3855-5.51470.17341420.15671255X-RAY DIFFRACTION100
5.5147-24.37410.22381350.16751279X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.90060.36440.42710.4318-0.19081.279-0.21880.56310.0796-0.19190.5204-0.11980.04230.64810.21840.3174-0.07680.00420.42740.04640.22137.989221.456984.3302
20.61960.13160.94391.78510.45463.08910.29890.14880.6251-0.234-0.38180.90370.07290.10270.08930.2847-0.0281-0.0760.1659-0.00020.375529.797321.460791.0558
31.5334-0.0630.60361.6267-0.23351.1829-0.0075-0.0489-0.03150.00220.12630.07210.01150.2417-0.13370.17920.01070.04180.2256-0.00840.200236.370120.907595.5213
41.0853-0.21440.9030.6779-0.70721.873-0.01080.3641-0.0387-0.099-0.00980.0310.1653-0.05090.00880.26480.02030.05560.2661-0.02440.258510.770119.600565.9641
50.64380.16211.06970.7977-0.59963.2684-0.02440.0459-0.29580.0523-0.11280.0958-0.24990.29710.07610.17190.03290.07010.17980.05170.402213.484533.024696.8927
61.3984-0.3990.73471.40410.0641.5231-0.04030.07530.1937-0.0287-0.056-0.0549-0.2107-0.14320.05910.21940.0199-0.010.1911-0.02340.193624.284835.587298.0032
71.01510.2690.17770.7490.47720.9219-0.1395-0.02090.01770.02740.15250.1344-0.3103-0.04040.00690.2217-0.0068-0.04220.2335-0.00040.189520.947634.230597.9346
80.2944-0.21920.07870.5338-0.41370.3983-0.2259-0.1303-0.05460.1264-0.167-0.4853-0.02560.0574-1.38370.29370.165-0.2343-0.0164-0.01520.47753.576536.337483.8904
91.04980.08470.15183.51091.04681.4727-0.14930.1091-0.28330.08760.1878-0.03960.07750.1801-0.11540.23760.05560.00950.2906-0.01110.2676-1.776318.124873.356
101.63880.7887-0.14890.44040.01810.14260.0684-0.6511-0.4668-0.1833-0.3129-0.3607-0.00520.06280.11040.31740.0167-0.02180.30080.04870.3013-2.712712.132880.5893
111.08060.10360.26471.85720.3811.2574-0.0976-0.0223-0.00380.17730.160.15950.008-0.0907-0.0620.2470.0054-0.01180.2950.03530.2582-4.09319.510275.5014
123.8894-0.4877-0.78333.11770.05072.0186-0.0707-0.04330.7093-0.21570.25160.4296-0.33210.7221-0.04510.20290.0111-0.02350.3144-0.07240.290246.096825.961106.4469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 32 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 33 through 44 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 45 through 118 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 119 through 228 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 1 through 18 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 19 through 61 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 62 through 102 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 103 through 113 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 114 through 150 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 151 through 163 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 164 through 211 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'P' and (resid 660 through 670 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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