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万見
- PDB-5d5d: In meso in situ serial X-ray crystallography structure of AlgE at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d5d
タイトルIn meso in situ serial X-ray crystallography structure of AlgE at 100 K
要素Alginate production protein AlgE
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Beta-Barrel Membrane Proteins / AlgE alginate export protein
機能・相同性
機能・相同性情報


alginic acid biosynthetic process / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Porin - #100 / Alginate export domain / : / Alginate export / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / Alginate production protein AlgE
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ma, P. / Huang, C.-Y. / Olieric, V. / Diederichs, K. / Wang, M. / Caffrey, M.
資金援助 アイルランド, ベルギー, 2件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland12/IA/1255 アイルランド
Belgian National Funds for Scientific ResearchWELBIO CR-2012S-04 ベルギー
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: In meso in situ serial X-ray crystallography of soluble and membrane proteins at cryogenic temperatures.
著者: Huang, C.Y. / Olieric, V. / Ma, P. / Howe, N. / Vogeley, L. / Liu, X. / Warshamanage, R. / Weinert, T. / Panepucci, E. / Kobilka, B. / Diederichs, K. / Wang, M. / Caffrey, M.
履歴
登録2015年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alginate production protein AlgE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,18520
ポリマ－54,4811
非ポリマー4,70419
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6460 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.330, 66.350, 176.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alginate production protein AlgE


分子量: 54481.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌)
遺伝子: algE, alg76, PA3544 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18895

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非ポリマー , 7種, 42分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-78M / (2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / 7.8 MONOACYLGLYCEROL


分子量: 314.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O4
#7: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 20% Peg 400, 0.1 M Mes pH 6.0, 0.4 M K thiocyanate, 0.02 M dimannuronate
PH範囲: 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 20520 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 59.11 Å2 / Net I/σ(I): 5.98
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4afk

4afk


解像度: 2.4→25.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9071 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8731 / SU R Cruickshank DPI: 0.391 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.386 / SU Rfree Blow DPI: 0.258 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.263
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 999 4.87 %
Rwork0.2192 --
obs0.2211 20520 92.83 %
原子変位パラメータBiso mean: 50.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0851 Å20 Å20 Å2
2---15.6869 Å20 Å2
3---13.6017 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.313 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→25.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3222 0 233 23 3478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013522HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.224714HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1264SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes91HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes498HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3522HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.69
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.48
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion404SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4136SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3125 147 4.98 %
Rwork0.2373 2806 -
all0.2412 2953 -
obs--92.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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