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- PDB-5cxv: Structure of the human M1 muscarinic acetylcholine receptor bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cxv
タイトルStructure of the human M1 muscarinic acetylcholine receptor bound to antagonist Tiotropium
要素
  • FLAG peptide
  • Muscarinic acetylcholine receptor M1,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M1
キーワードHYDROLASE / Acetylcholine / Allosteric Regulation / Carrier Proteins / Cholinergic Antagonists / Tiotropium Receptor / Muscarinic M1 / GPCR / Subtype selectivity
機能・相同性
機能・相同性情報


saliva secretion / regulation of glial cell proliferation / positive regulation of monoatomic ion transport / Muscarinic acetylcholine receptors / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cholinergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of intracellular protein transport / neuromuscular synaptic transmission ...saliva secretion / regulation of glial cell proliferation / positive regulation of monoatomic ion transport / Muscarinic acetylcholine receptors / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cholinergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of intracellular protein transport / neuromuscular synaptic transmission / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / regulation of locomotion / regulation of postsynaptic membrane potential / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / viral release from host cell by cytolysis / axon terminus / peptidoglycan catabolic process / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / cognition / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / nervous system development / presynaptic membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / G protein-coupled receptor signaling pathway / synapse / dendrite / glutamatergic synapse / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Muscarinic acetylcholine receptor M1 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily ...Muscarinic acetylcholine receptor M1 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0HK / TRIETHYLENE GLYCOL / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Endolysin / Muscarinic acetylcholine receptor M1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sun, B. / Feng, D. / Li, X. / Kobilka, T.S. / Kobilka, B.K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of the M1 and M4 muscarinic acetylcholine receptors.
著者: Thal, D.M. / Sun, B. / Feng, D. / Nawaratne, V. / Leach, K. / Felder, C.C. / Bures, M.G. / Evans, D.A. / Weis, W.I. / Bachhawat, P. / Kobilka, T.S. / Sexton, P.M. / Kobilka, B.K. / Christopoulos, A.
履歴
登録2015年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22016年3月30日Group: Atomic model
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muscarinic acetylcholine receptor M1,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M1
C: FLAG peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8479
ポリマ－59,5392
非ポリマー1,3087
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area21870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.053, 72.186, 175.688
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Muscarinic acetylcholine receptor M1,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M1 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 58653.375 Da / 分子数: 1
変異: N110Q, C1052T, C1095A,N110Q, C1052T, C1095A,N110Q, C1052T, C1095A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: CHRM1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P11229, UniProt: P00720, lysozyme
#2: タンパク質・ペプチド FLAG peptide


分子量: 885.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage T4 (ファージ)

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非ポリマー , 6種, 17分子

#3: 化合物 ChemComp-0HK / (1R,2R,4S,5S,7S)-7-{[hydroxy(dithiophen-2-yl)acetyl]oxy}-9,9-dimethyl-3-oxa-9-azoniatricyclo[3.3.1.0~2,4~]nonane / Tiotropium / チオトロピウム


分子量: 392.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22NO4S2 / コメント: アンタゴニスト*YM
#4: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 33% PEG 300, 100 mM sodium acetate, and 100 mM Bis-Tris Propane (pH 8.0)
PH範囲: 8

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データ収集

回折平均測定温度: 78 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 20402 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Χ2: 1.292 / Net I/av σ(I): 8.745 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 87751
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.7-2.84.20.83620391.01598.2
2.8-2.914.30.60620221.17898.3
2.91-3.044.40.48320181.29898.4
3.04-3.24.40.39320201.43697.6
3.2-3.44.30.29220191.35298.1
3.4-3.664.40.22120181.38697.1
3.66-4.034.40.16920341.36696.5
4.03-4.614.40.14220261.33596.4
4.61-5.84.30.12820761.25196.7
5.8-304.10.10921301.28594.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 0.012 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.339 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28204 1011 5 %RANDOM
Rwork0.23133 ---
obs0.23384 19223 96.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.383 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.31 Å20 Å20 Å2
2---0.85 Å20 Å2
3----2.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3500 0 89 10 3599
LS精密化 シェル解像度: 2.698→2.768 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 63 -
Rwork0.319 1359 -
obs--92.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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