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- PDB-5cxi: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis KstR in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cxi
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis KstR in complex with 3-oxo-23,24-bisnorchol-4-en-22-oyl-CoA (4-BNC-CoA)
要素HTH-type transcriptional repressor KstR
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional repressor / TetR family Tcholesterol catabolism / CoA thioester ligand / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional repressor KstR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxo-23,24-bisnorchol-4-en-22-oyl-CoA / HTH-type transcriptional repressor KstR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ho, N.A.T. / Dawes, S. / Kendall, S. / Casabon, I. / Crowe, A.M. / Baker, E.N. / Eltis, L.D. / Lott, J.S. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Health Research Council (HRC)12/1111 ニュージーランド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: The Structure of the Transcriptional Repressor KstR in Complex with CoA Thioester Cholesterol Metabolites Sheds Light on the Regulation of Cholesterol Catabolism in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Ho, N.A. / Dawes, S.S. / Crowe, A.M. / Casabon, I. / Gao, C. / Kendall, S.L. / Baker, E.N. / Eltis, L.D. / Lott, J.S.
履歴
登録2015年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22016年4月20日Group: Database references
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional repressor KstR
B: HTH-type transcriptional repressor KstR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8934
ポリマ－44,7052
非ポリマー2,1882
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area15670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.777, 67.264, 124.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional repressor KstR


分子量: 22352.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: kstR, Rv3574 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P96856
#2: 化合物 ChemComp-5TW / 3-oxo-23,24-bisnorchol-4-en-22-oyl-CoA


分子量: 1094.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H66N7O18P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 10% PEG 4000, 20% glycerol, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassiuml L-tartrate, 0.02 M sodium oxamate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.88 Å / Num. obs: 27478 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.3 % / Net I/av σ(I): 9.5 / Net I/σ(I): 0.19
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 1.042 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2006: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→39.831 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2752 1350 4.91 %
Rwork0.2429 --
obs0.2446 27469 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.831 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2654 0 61 225 2940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012964
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6143752
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.945968
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.07150.34091290.30152590X-RAY DIFFRACTION99
2.0715-2.15440.29941210.27122578X-RAY DIFFRACTION99
2.1544-2.25250.32141490.26022581X-RAY DIFFRACTION99
2.2525-2.37120.29961370.25392578X-RAY DIFFRACTION99
2.3712-2.51980.27571290.25572619X-RAY DIFFRACTION99
2.5198-2.71430.29271330.25722593X-RAY DIFFRACTION99
2.7143-2.98730.29681230.26082640X-RAY DIFFRACTION100
2.9873-3.41940.25821330.24462616X-RAY DIFFRACTION100
3.4194-4.30730.24661240.21122661X-RAY DIFFRACTION100
4.3073-39.83860.25241720.21882663X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07880.3829-0.4413.2104-0.77774.083-0.1914-0.741-0.73660.1246-0.2283-0.02690.52330.13680.22250.15510.02390.05780.35560.1080.3002-19.98084.454333.6085
26.01742.4518-5.36653.6194-3.02565.58490.2495-0.20220.26990.29430.01330.1514-0.4441-0.1067-0.25570.1359-0.00250.01470.3447-0.01640.2384-21.909713.877831.8966
32.8456-0.7172-2.18333.21112.36536.2866-0.3326-0.5595-0.60.4219-0.2650.38860.64540.31830.61880.2195-0.03820.05360.4810.12320.3249-12.24116.561831.4401
40.113-0.1623-0.22921.43092.16874.6271-0.04750.05060.20050.55270.27060.0531-1.1029-0.785-0.29470.75090.270.1270.4723-0.11561.1033-3.869-12.671516.6515
58.0473-5.9528-1.50914.92231.23891.76630.09680.8703-0.1661-0.086-0.58970.26360.3853-0.35070.31970.32230.00140.01690.2614-0.02120.1957-3.6447-1.479212.2027
65.94323.53796.02443.41093.18998.8811-0.234-0.12130.49820.28040.18670.4015-0.32590.0972-0.07460.17760.08380.03580.3123-0.05180.2274-9.212914.804824.254
72.6131-1.835-0.30165.62593.16463.23590.0232-0.3203-0.15880.1343-0.0913-0.13520.157-0.0626-0.0040.1990.03240.00440.27870.10450.20712.432-0.732325.7021
84.8602-1.5729-0.59983.52640.16422.31590.1830.34860.0603-0.2053-0.29670.17620.1584-0.22640.0950.1136-0.010.00560.1419-0.01310.11250.67969.801813.2023
92.9176-0.0835-0.04642.6186-0.41142.8760.04880.22640.3671-0.33890.0887-0.1358-0.16410.0853-0.13090.2046-0.01690.02340.13180.01110.16388.17839.131716.2763
101.0364-1.2655-1.00882.77641.08621.682-0.0050.03050.10690.07950.0214-0.123-0.05240.0861-0.03320.11190.01110.00540.16390.00880.106812.318122.371416.4205
112.9359-0.4648-1.55171.42520.87155.07390.01490.0002-0.05380.0756-0.0676-0.09740.0525-0.01720.110.107-0.0056-0.00760.08670.01290.111612.456613.496816.9692
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 12:27)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 28:52)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 53:78)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 79:87)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 88:106)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 107:124)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 125:154)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 155:194)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 12:79)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 86:140)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 141:195)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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