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Yorodumi- PDB-5b8c: High resolution structure of the human PD-1 in complex with pembr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5b8c | |||||||||||||||
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Title | High resolution structure of the human PD-1 in complex with pembrolizumab Fv | |||||||||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / regulation of immune response / PD-1 signaling / adaptive immune response ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / regulation of immune response / PD-1 signaling / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.146 Å | |||||||||||||||
Authors | Horita, S. / Shimamura, T. / Iwata, S. / Nomura, N. | |||||||||||||||
Funding support | Japan, 4items
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Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2016 Title: High-resolution crystal structure of the therapeutic antibody pembrolizumab bound to the human PD-1 Authors: Horita, S. / Nomura, Y. / Sato, Y. / Shimamura, T. / Iwata, S. / Nomura, N. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5b8c.cif.gz | 549.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5b8c.ent.gz | 454.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5b8c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5b8c_validation.pdf.gz | 501.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5b8c_full_validation.pdf.gz | 513.2 KB | Display | |
Data in XML | 5b8c_validation.xml.gz | 48.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5b8c_validation.cif.gz | 68.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/5b8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/5b8c | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 12991.460 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Brevibacillus choshinensis (bacteria) #2: Antibody | Mass: 13494.995 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Brevibacillus choshinensis (bacteria) #3: Protein | Mass: 15514.168 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PDCD1, PD1 / Production host: Brevibacillus choshinensis (bacteria) / References: UniProt: Q15116 #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20 % PEG 3350, 0.2 M KNO3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 11, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.146→45.418 Å / Num. obs: 86668 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 15.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.2 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3RRQ, 5DK3 Resolution: 2.146→45.418 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 31.18
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.146→45.418 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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