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- PDB-6osv: Potent and Selective Antitumor Antibody Targeting a Membrane-Prox... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6osv | ||||||
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Title | Potent and Selective Antitumor Antibody Targeting a Membrane-Proximal Epitope of ROR2 | ||||||
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![]() | immune sytem/transferase / Single chain Fv / ScFv / Antibody / ROR2 / Kringle domain / receptor tyrosine kinase-like orphan receptor / Phage display / IMMUNE SYSTEM / immune sytem-transferase complex | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of synaptic signaling by nitric oxide / macrophage migration / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / positive regulation of macrophage differentiation / Wnt-protein binding / male genitalia development / astrocyte development / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / PCP/CE pathway / regulation of postsynapse organization ...regulation of synaptic signaling by nitric oxide / macrophage migration / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / positive regulation of macrophage differentiation / Wnt-protein binding / male genitalia development / astrocyte development / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / PCP/CE pathway / regulation of postsynapse organization / bone mineralization / coreceptor activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / receptor protein-tyrosine kinase / Wnt signaling pathway / positive regulation of neuron projection development / postsynapse / microtubule / receptor complex / positive regulation of cell migration / phosphorylation / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / cell surface / signal transduction / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Park, H. / Rader, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Affinity maturation, humanization, and co-crystallization of a rabbit anti-human ROR2 monoclonal antibody for therapeutic applications. Authors: Goydel, R.S. / Weber, J. / Peng, H. / Qi, J. / Soden, J. / Freeth, J. / Park, H. / Rader, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 189.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 160 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 431.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 432.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 11818.117 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 10932.098 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q01974, receptor protein-tyrosine kinase |
#3: Antibody | Mass: 13360.752 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 37.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.01 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.005 M Nickel(II) chloride 0.1 M HEPES sodium pH 7.0, 15% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 7, 2017 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.34→51.881 Å / Num. obs: 55957 / % possible obs: 91.5 % / Redundancy: 5.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03314 / Rpim(I) all: 0.01436 / Rrim(I) all: 0.0362 / Net I/σ(I): 22 |
Reflection shell | Resolution: 1.34→1.406 Å / Rmerge(I) obs: 0.6778 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 2799 / CC1/2: 0.635 / Rpim(I) all: 0.4093 / Rrim(I) all: 0.7953 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.34→51.378 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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