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- PDB-6tru: Crystal structure of the N-terminal half of the TFIIH subunit p52 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tru
タイトルCrystal structure of the N-terminal half of the TFIIH subunit p52
要素RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
キーワードTRANSCRIPTION / TFIIH / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / ATPase activator activity / nucleotide-excision repair / double-stranded DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Koelmel, W. / Kuper, J. / Schoenwetter, E. / Kisker, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)KI-562/11-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: How to limit the speed of a motor: the intricate regulation of the XPB ATPase and translocase in TFIIH.
著者: Kappenberger, J. / Koelmel, W. / Schoenwetter, E. / Scheuer, T. / Woerner, J. / Kuper, J. / Kisker, C.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
A: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
C: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
D: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,9404
ポリマ－153,9404
非ポリマー00
水00
1
B: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4851
ポリマ－38,4851
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4851
ポリマ－38,4851
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4851
ポリマ－38,4851
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4851
ポリマ－38,4851
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.309, 104.309, 164.951
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
13A
23C
14B
24D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A10 - 298
2112C10 - 298
1122B10 - 298
2122D10 - 298
1132A307 - 319
2132C307 - 319
1142B307 - 319
2142D307 - 319

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.522804, -0.852124, -0.023673), (-0.850071, 0.523216, -0.060206), (0.063689, -0.011352, -0.997905)206.804016, 120.534302, -25.466841
3given(1), (1), (1)
4given(-0.481045, -0.876426, 0.021781), (-0.87582, 0.479305, -0.056627), (0.03919, -0.046316, -0.998158)201.192032, 125.141167, -21.40999
5given(1), (1), (1)
6given(-0.536201, -0.843679, -0.026361), (-0.841953, 0.536803, -0.054375), (0.060026, -0.006961, -0.998173)208.342865, 119.053932, -25.03039
7given(1), (1), (1)
8given(-0.524754, -0.85084, 0.026538), (-0.851209, 0.524149, -0.026661), (0.008774, -0.03658, -0.999292)206.108475, 121.953819, -18.13051

-
要素

#1: タンパク質
RNA polymerase II transcription factor B subunit 2


分子量: 38485.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0044720 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S965

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.54 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: calcium acetate, PEG 8000, HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97973 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97973 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.55
11-h,-k,l20.071
11K, H, -L30.249
11-K, -H, -L40.13
反射解像度: 2.8→46.97 Å / Num. obs: 49518 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.89 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 2.829 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4628 / CC1/2: 0.325 / Rpim(I) all: 0.901 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Aimlessデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→46.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.683 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.054
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2085 2487 5 %RANDOM
Rwork0.1864 ---
obs0.1875 46992 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 207.69 Å2 / Biso mean: 88.934 Å2 / Biso min: 5.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--40.27 Å2-0 Å2-0 Å2
2---40.27 Å2-0 Å2
3---80.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→46.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8566 0 0 0 8566
残基数----1082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0138760
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0178476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4381.64411903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.161.5719572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.81651066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.74920.7443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.002151486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8521574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.21149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029566
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021880
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2364MEDIUM POSITIONAL0.070.5
1A1424TIGHT THERMAL11.20.5
1A2364MEDIUM THERMAL11.912
2B2402MEDIUM POSITIONAL0.040.5
2B1435TIGHT THERMAL17.150.5
2B2402MEDIUM THERMAL17.842
3A117MEDIUM POSITIONAL0.030.5
3A71TIGHT THERMAL8.370.5
3A117MEDIUM THERMAL10.082
4B117MEDIUM POSITIONAL0.030.5
4B71TIGHT THERMAL16.210.5
4B117MEDIUM THERMAL15.672
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 172 -
Rwork0.261 3571 -
all-3743 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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