PDB-5cwp: Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR79

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cwp

タイトル

Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR79

要素

Designed helical repeat protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN / helical repeat protein

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Bhabha, G. / Ekiert, D.C.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Exploring the repeat protein universe through computational protein design.
著者: Brunette, T.J. / Parmeggiani, F. / Huang, P.S. / Bhabha, G. / Ekiert, D.C. / Tsutakawa, S.E. / Hura, G.L. / Tainer, J.A. / Baker, D.

履歴

登録	2015年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月30日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月6日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cwp.cif.gz	149.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cwp.ent.gz	123 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cwp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cwp_validation.pdf.gz	416.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cwp_full_validation.pdf.gz	417.5 KB	表示
XML形式データ	5cwp_validation.xml.gz	10.4 KB	表示
CIF形式データ	5cwp_validation.cif.gz	13.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cwbC 5cwcC 5cwdC 5cwfC 5cwgC 5cwhC 5cwiC 5cwjC 5cwkC 5cwlC 5cwmC 5cwnC 5cwoC 5cwqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qij-1 3s8w-d 1zp2-d 6c10-d 4yzg-3 3vrq-2 5ubd-d 4uu9-1 5e7h-d 4kdl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Designed helical repeat protein

26.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.260, 94.260, 77.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Designed helical repeat protein 分子量: 26410.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21_NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6 M Sodium citrate, pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.111 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月16日

放射

モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.111 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 28192 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.1 % / B_iso Wilson estimate: 37.28 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.105 / R_rim(I) all: 0.109 / Χ²: 0.973 / Net I/σ(I): 17.5 / Num. measured all: 398338

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.95		14.4	0.479	3.607	1.05	29428	2042	2042	3.74	100
1.95-2			0.621	2.546	1.45	28931	2012	2012	2.64	100
2-2.06			0.745	1.856	2	27699	1925	1925	1.924	100
2.06-2.12			0.884	1.214	3.14	27058	1877	1876	1.258	99.9
2.12-2.19			0.943	0.853	4.56	26615	1847	1847	0.885	100
2.19-2.27			0.967	0.612	6.51	25292	1760	1760	0.635	100
2.27-2.36			0.976	0.457	8.43	24654	1724	1724	0.474	100
2.36-2.45			0.985	0.374	10.12	23687	1650	1650	0.388	100
2.45-2.56			0.989	0.311	11.55	22769	1592	1592	0.323	100
2.56-2.69			0.991	0.247	13.9	21647	1514	1514	0.256	100
2.69-2.83			0.996	0.185	16.57	20864	1459	1459	0.192	100
2.83-3			0.998	0.13	22.01	19671	1385	1385	0.135	100
3-3.21			0.998	0.092	28.43	18449	1305	1305	0.095	100
3.21-3.47			0.999	0.067	36.44	16773	1211	1210	0.069	99.9
3.47-3.8			0.999	0.05	45.41	15150	1133	1133	0.052	100
3.8-4.25			0.999	0.043	52.4	13975	1032	1032	0.045	100
4.25-4.91			0.999	0.042	54.07	12653	924	924	0.044	100
4.91-6.01			0.999	0.045	50.25	10621	788	788	0.047	100
6.01-8.5			1	0.035	56.39	8221	632	632	0.037	100
	8.5		1	0.031	56.33	4181	394	382	0.032	97

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→47.13 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2218	1406	5 %	RANDOM
R_work	0.2001	26727	-	-
obs	0.2012	28133	99.94 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 197.93 Å² / B_iso mean: 56.4686 Å² / B_iso min: 25.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→47.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1791	0	0	60	1851
B_iso mean	-	-	-	46.62	-
残基数	-	-	-	-	229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1956
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.793	2655
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	292
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	382
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.723	807

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.9-1.9679	0.3631	139	0.3301	2624	2763
1.9679-2.0467	0.2783	137	0.2859	2617	2754
2.0467-2.1398	0.2689	139	0.2479	2631	2770
2.1398-2.2526	0.2405	138	0.1967	2627	2765
2.2526-2.3938	0.2108	139	0.1794	2648	2787
2.3938-2.5786	0.2113	139	0.1896	2654	2793
2.5786-2.838	0.1927	140	0.1949	2666	2806
2.838-3.2486	0.2349	142	0.2003	2689	2831
3.2486-4.0926	0.1743	143	0.1809	2715	2858
4.0926-47.1445	0.2418	150	0.2	2856	3006

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1275	-0.2667	0.4721	0.2824	-0.7389	2.7864	0.2694	-0.3759	-0.0697	0.4752	-0.1603	-0.5737	-0.0591	0.7406	0.1346	0.3727	-0.0237	-0.0155	0.5236	0.0447	0.3919	21.0424	-27.7741	10.8384
2	4.6731	4.1545	1.7993	5.6842	0.6423	1.1449	-0.6137	1.7324	0.2382	-0.8799	0.8106	0.6891	-0.0673	0.2896	0.5302	0.3253	-0.1027	0.0749	0.7729	-0.2244	0.5863	14.8078	-30.3081	2.3855
3	3.1774	0.6525	-0.1359	2.7619	-1.3849	2.6098	0.0657	0.2145	0.2493	-0.0343	0.0936	0.0382	0.034	0.0718	0.0006	0.279	-0.0234	0.0058	0.3614	0.0154	0.2921	7.1296	-30.8134	10.6162
4	3.5395	0.0685	0.1198	2.9283	-1.1297	4.0299	-0.0073	0.1774	0.016	-0.0823	0.0593	-0.0387	0.0686	-0.1419	-0.0001	0.2527	0.0215	-0.0383	0.3167	-0.0564	0.3236	-2.7759	-31.3373	17.3352
5	1.7258	0.1375	-1.1491	2.3538	-0.0655	0.7655	-0.3104	-0.4352	0.4446	0.8668	0.2516	-0.2202	-0.6664	-0.3641	0.0222	0.4335	0.0929	-0.0856	0.3958	-0.0775	0.4311	-4.4072	-25.903	25.2374
6	1.7678	0.3926	1.0844	0.8487	-0.4518	1.2902	-0.2041	-0.6833	-0.2719	0.1684	0.0882	0.2431	-0.2719	-0.988	-0.2351	0.3615	0.1182	0.0511	0.6929	0.0879	0.4391	-12.42	-31.7203	29.3911

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:29 )	A	1 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 30:58 )	A	30 - 58
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 59:114 )	A	59 - 114
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 115:170 )	A	115 - 170
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 171:196 )	A	171 - 196
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 197:229 )	A	197 - 229

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