PDB-5cwb: Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cwb

タイトル

Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR4

要素

Designed helical repeat protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN / helical repeat protein

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Bhabha, G. / Ekiert, D.C.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Exploring the repeat protein universe through computational protein design.
著者: Brunette, T.J. / Parmeggiani, F. / Huang, P.S. / Bhabha, G. / Ekiert, D.C. / Tsutakawa, S.E. / Hura, G.L. / Tainer, J.A. / Baker, D.

履歴

登録	2015年7月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月30日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月6日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cwb.cif.gz	138.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cwb.ent.gz	118.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cwb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cwb_validation.pdf.gz	414.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cwb_full_validation.pdf.gz	415.8 KB	表示
XML形式データ	5cwb_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	5cwb_validation.cif.gz	14.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cwcC 5cwdC 5cwfC 5cwgC 5cwhC 5cwiC 5cwjC 5cwkC 5cwlC 5cwmC 5cwnC 5cwoC 5cwpC 5cwqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5crb-1 3osf-2 3aig-d 1jx1-6 1z6k-d 1atl-1 1atl-2 1k3k-d 1fva-1 3g7e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Designed helical repeat protein

23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.810, 56.230, 66.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Designed helical repeat protein 分子量: 23836.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21_NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 28.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1M acetate, pH 4.6, 30% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.111 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月6日

放射

モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.111 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 24187 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 22.49 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_rim(I) all: 0.076 / Χ²: 1.002 / Net I/σ(I): 16.55 / Num. measured all: 172015

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.59		7.2	0.416	1.976	1.04	12506	1772	1729	2.126	97.6
1.59-1.63			0.57	1.549	1.34	12118	1716	1677	1.667	97.7
1.63-1.68			0.604	1.357	1.53	12095	1702	1669	1.46	98.1
1.68-1.73			0.747	1.02	2.07	11603	1636	1604	1.098	98
1.73-1.79			0.785	0.889	2.43	11278	1592	1561	0.957	98.1
1.79-1.85			0.867	0.674	3.25	11018	1551	1528	0.725	98.5
1.85-1.92			0.903	0.501	4.35	10627	1491	1475	0.54	98.9
1.92-2			0.96	0.335	6.56	10195	1433	1418	0.361	99
2-2.09			0.984	0.201	10.36	9861	1391	1371	0.216	98.6
2.09-2.19			0.99	0.147	14.17	9444	1322	1315	0.158	99.5
2.19-2.31			0.995	0.11	18.07	8963	1266	1255	0.119	99.1
2.31-2.45			0.996	0.088	22.25	8445	1201	1194	0.095	99.4
2.45-2.62			0.998	0.066	27.52	7796	1123	1115	0.071	99.3
2.62-2.83			0.998	0.057	30.91	7196	1060	1054	0.062	99.4
2.83-3.1			0.999	0.041	39.28	6908	984	978	0.044	99.4
3.1-3.47			0.999	0.034	45.88	6243	887	884	0.037	99.7
3.47-4			0.999	0.027	56.81	5596	806	805	0.029	99.9
4-4.9			0.999	0.023	63.24	4614	679	677	0.025	99.7
4.9-6.93			1	0.025	57.31	3557	545	544	0.027	99.8
	6.93		1	0.018	65.18	1952	338	334	0.02	98.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→42.903 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2182	1207	5 %	RANDOM
R_work	0.1859	22937	-	-
obs	0.1875	24144	98.78 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 149.05 Å² / B_iso mean: 38.4292 Å² / B_iso min: 13.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→42.903 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1531	0	0	111	1642
B_iso mean	-	-	-	44.44	-
残基数	-	-	-	-	197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1832
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.755	2484
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	292
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	338
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.223	746

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.55-1.6121	0.3571	129	0.3193	2452	2581	97
1.6121-1.6854	0.3005	131	0.2827	2489	2620	98
1.6854-1.7743	0.3053	132	0.2644	2517	2649	98
1.7743-1.8855	0.2846	132	0.2426	2511	2643	99
1.8855-2.0311	0.234	134	0.1987	2514	2648	99
2.0311-2.2354	0.2128	132	0.1756	2540	2672	99
2.2354-2.5589	0.1875	137	0.1578	2592	2729	99
2.5589-3.2238	0.2301	136	0.1763	2581	2717	99
3.2238-42.9191	0.1877	144	0.1702	2741	2885	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9461	-0.1563	0.8637	0.4794	0.5118	1.64	-0.0478	0.2464	-0.0616	-0.2988	0.0605	-0.1413	-0.1245	-0.2615	0.0007	0.2712	0.0046	-0.0133	0.3179	0.0221	0.1979	35.6159	60.2624	-14.0388
2	1.8411	-0.0868	1.3855	1.2245	-1.1242	2.2201	0.0236	0.1925	0.1772	0.0624	-0.0021	0.2011	-0.3805	-0.3267	-0.1456	0.2299	0.0473	0.0206	0.2174	0.015	0.194	35.8236	59.7273	-3.5849
3	1.3291	-0.6	1.0896	1.0111	-1.0302	1.8608	0.022	0.4065	0.3414	0.0724	-0.1241	-0.1412	-0.7498	-0.1432	-0.3236	0.2815	0.0041	-0.0034	0.1933	0.0239	0.2392	42.7445	63.8172	0.6665
4	1.6662	0.0946	0.3417	0.9304	-1.0479	1.775	-0.0512	0.0631	-0.0417	0.0514	-0.1138	-0.1752	-0.0731	0.2239	-0.0051	0.1757	-0.0188	0.0056	0.176	0.0067	0.1896	46.8734	56.1353	3.2296
5	3.1713	-0.0077	-0.4217	0.8431	-0.8696	1.1136	-0.055	-0.9141	-0.7151	0.0437	-0.2376	-0.05	-0.2016	0.398	-0.7146	0.2681	0.0311	-0.0349	0.2681	0.0624	0.334	47.9177	52.0043	11.3011
6	0.7248	0.8263	-0.1792	2.1154	-1.1204	1.5675	-0.2662	-0.1373	-0.2699	0.6417	0.0866	-0.7742	-0.0796	0.3678	-0.6123	0.3102	0.025	-0.0689	0.2847	-0.0144	0.519	58.4231	53.9664	6.6648

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 5:27 )	A	5 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 28:74 )	A	28 - 74
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 75:99 )	A	75 - 99
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 100:148 )	A	100 - 148
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 149:173 )	A	149 - 173
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 174:201 )	A	174 - 201

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)