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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3aig | |||||||||
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タイトル | ADAMALYSIN II WITH PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR POL656 | |||||||||
要素 | ADAMALYSIN IIアダマリシン | |||||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SNAKE VENOM METALLOENDOPETIDASE / ZINC PROTEASE / METALLOPROTEASE (金属プロテアーゼ) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 アダマリシン / metalloendopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Crotalus adamanteus (ヒガシダイヤガラガラヘビ) | |||||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Gomis-Rueth, F.X. / Meyer, E.F. / Kress, L.F. / Politi, V. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: Structures of adamalysin II with peptidic inhibitors. Implications for the design of tumor necrosis factor alpha convertase inhibitors. 著者: Gomis-Ruth, F.X. / Meyer, E.F. / Kress, L.F. / Politi, V. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Refined 2.0 A X-Ray Crystal Structure of the Snake Venom Zinc-Endopeptidase Adamalysin II. Primary and Tertiary Structure Determination, Refinement, Molecular Structure and Comparison ...タイトル: Refined 2.0 A X-Ray Crystal Structure of the Snake Venom Zinc-Endopeptidase Adamalysin II. Primary and Tertiary Structure Determination, Refinement, Molecular Structure and Comparison with Astacin, Collagenase and Thermolysin 著者: Gomis-Ruth, F.X. / Kress, L.F. / Kellermann, J. / Mayr, I. / Lee, X. / Huber, R. / Bode, W. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993 タイトル: First Structure of a Snake Venom Metalloproteinase: A Prototype for Matrix Metalloproteinases/Collagenases 著者: Gomis-Ruth, F.X. / Kress, L.F. / Bode, W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3aig.cif.gz | 49.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3aig.ent.gz | 35.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3aig.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/3aig ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/3aig | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 23152.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Crotalus adamanteus (ヒガシダイヤガラガラヘビ) Secretion: VENOM 参照: GenBank: 547144, UniProt: P34179*PLUS, アダマリシン |
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-非ポリマー , 5種, 133分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 化合物 | ChemComp-0ZC / ( |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
配列の詳細 | THE SEQUENCE USED IN THIS ENTRY WAS DETERMINED由来についての詳細 | THE N-TERMINUS WAS BLOCKED AGAINST AMINOPEPTIDASE ACTIVITY BY GLUTAMINE CYCLIZATION TO RENDER ...THE N-TERMINUS WAS BLOCKED AGAINST AMINOPEPTI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.22 % |
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結晶化 | 詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE |
結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: unknown / 詳細: Gomis-Ruth, F.X., (1993) Embo J., 12, 4151. |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 1.8 M / 一般名: ammonium sulfate |
-データ収集
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | モノクロメーター: NI-FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 8311 / % possible obs: 78.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 4.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.63 Å / % possible all: 45.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 18531 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 45.7 % / 冗長度: 1.7 % / Num. unique obs: 680 / Num. measured obs: 1153 / Rmerge(I) obs: 0.32 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: NATIVE ADAMALYSIN II (PDB ENTRY 1IAG) 解像度: 2.8→7 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→7 Å
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拘束条件 |
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