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- PDB-4zxs: HSV-1 nuclear egress complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zxs
タイトルHSV-1 nuclear egress complex
要素(Virion egress protein ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / HSV-1 / nuclear egress / UL31 / UL34 / membrane deformation
機能・相同性
機能・相同性情報


exit of virus from host cell nucleus by nuclear egress / viral budding from nuclear membrane / host cell nuclear inner membrane / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus viron egress-type / Herpesvirus virion protein U34 / Herpesvirus UL31 / Herpesvirus UL31-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Nuclear egress protein 1 / Nuclear egress protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.772 Å
データ登録者Bigalke, J.M. / Heldwein, E.E.
資金援助 ドイツ, 米国, 4件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)BI 1658/1-1 ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM111795-01 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R21AI097573-01A1 米国
Burroughs Wellcome Fund 米国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2015
タイトル: Structural basis of membrane budding by the nuclear egress complex of herpesviruses.
著者: Bigalke, J.M. / Heldwein, E.E.
履歴
登録2015年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.72024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Virion egress protein UL34
B: Virion egress protein UL31
C: Virion egress protein UL34
D: Virion egress protein UL31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,93913
ポリマ－97,5384
非ポリマー4019
水1,33374
1
A: Virion egress protein UL34
B: Virion egress protein UL31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9877
ポリマ－48,7692
非ポリマー2185
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Virion egress protein UL34
D: Virion egress protein UL31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9526
ポリマ－48,7692
非ポリマー1834
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Virion egress protein UL34
B: Virion egress protein UL31
C: Virion egress protein UL34
D: Virion egress protein UL31
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)587,63178
ポリマ－585,22824
非ポリマー2,40354
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-y+1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_765-x+y+2,-x+1,z1
crystal symmetry operation4_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation5_665y+1,-x+y+1,z1
crystal symmetry operation6_545x-y,x-1,z1
Buried area72490 Å2
ΔGint-745 kcal/mol
Surface area196020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.529, 110.529, 155.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6

-
要素

-
Virion egress protein ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Virion egress protein UL34 / Primary envelopment factor UL34


分子量: 20081.971 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 15-185 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
株: 17 / 遺伝子: UL34 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P10218
#2: タンパク質 Virion egress protein UL31


分子量: 28687.035 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 51-306 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
株: 17 / 遺伝子: UL31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P10215

-
非ポリマー , 5種, 83分子

#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Na citrate pH 5.6, 5 mM NiCl2, 10% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.6 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.6 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.772→47.86 Å / Num. obs: 27365 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 34.37
反射 シェル解像度: 2.772→2.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 4.57 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z3U

4z3u


解像度: 2.772→47.86 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 27.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2647 1368 5 %
Rwork0.217 --
obs0.2195 27361 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.772→47.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6236 0 9 74 6319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036397
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.758685
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6422322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029957
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041132
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7717-2.87080.35341320.27162530X-RAY DIFFRACTION98
2.8708-2.98570.35351380.26392603X-RAY DIFFRACTION100
2.9857-3.12160.31471360.23642591X-RAY DIFFRACTION100
3.1216-3.28610.31591360.23312592X-RAY DIFFRACTION100
3.2861-3.49190.27341370.2292588X-RAY DIFFRACTION100
3.4919-3.76150.29561360.22512597X-RAY DIFFRACTION100
3.7615-4.13980.22191380.20572608X-RAY DIFFRACTION100
4.1398-4.73840.24161370.19092611X-RAY DIFFRACTION100
4.7384-5.9680.2671370.20732609X-RAY DIFFRACTION100
5.968-47.86760.22391410.21412664X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.53645.75173.54394.82971.21767.2225-0.18610.9422.6603-1.977-0.9482.5244-1.0456-2.5985-0.54821.16230.52440.11710.46470.58250.56361.83160.9733-64.7983
28.2894-1.1446-7.1293.4841.47556.75551.0286-0.64380.5638-0.58541.04020.0742-3.47780.5537-1.39250.86690.204-0.13720.71320.19910.446167.42364.9048-59.7849
33.62030.13730.89881.8588-1.27268.55650.40640.1803-0.0402-0.3329-0.43590.2081-0.7152-0.3653-0.14430.52510.1270.02960.3284-0.03240.294470.5088-2.9731-56.5223
43.7749-0.15950.32773.16571.55641.7441-0.1134-0.25911.27980.3053-0.10220.17610.98321.211-0.40040.73450.23340.34840.8963-0.05510.183382.5916-5.6164-54.9004
54.0416-2.1855-1.68226.08944.35368.5680.340.08240.1441-0.3905-0.0049-0.15720.0380.5602-0.12740.3720.08590.03490.3450.11030.340774.6223-13.2447-54.6522
62.2243-1.0098-0.38871.888-0.71664.86940.34610.5922-0-0.6783-0.25650.25830.12780.0265-0.0750.53930.0516-0.07610.4049-0.00940.324771.6394-20.1616-54.606
73.2735-2.9315-1.16817.6873-0.27147.92720.3617-0.13030.10010.2662-0.37420.45710.711-0.23160.05580.4642-0.08840.04510.4109-0.02830.263372.2461-29.3881-17.8558
81.65410.2529-1.04863.5591-0.86088.12630.0506-0.29140.19310.20670.006-0.23820.52440.1169-0.05280.39450.0114-0.02550.3767-0.05960.247779.4998-28.6364-24.0964
96.49171.73991.26965.84732.07835.8020.98590.4803-1.5075-0.3783-0.1423-0.3484-0.17842.0196-0.38950.63540.239-0.04010.7195-0.11250.4774102.2543-47.749957.8356
100.7516-0.72930.09240.8875-0.94435.5837-0.2808-2.75051.01861.0942-0.6173-2.01540.2421.92661.34090.8657-0.077-0.19731.7605-0.16430.8722112.2006-39.226862.1906
113.2119-0.1032-0.50253.7865-1.12831.7716-0.1246-0.7284-0.3161-0.02470.5573-0.04730.17381.0037-0.11830.42820.1727-0.0920.8850.01570.418699.7014-38.746254.7701
124.64031.40273.21231.793-0.12063.0709-0.1009-0.2479-0.0970.33070.2352-0.4446-1.22150.30110.0050.62870.0749-0.03140.56330.00260.38499.9185-30.714148.4528
134.6218-0.105-1.5817.42791.38163.8309-0.1032-0.6510.16130.60110.15740.2718-0.69950.30880.59690.58270.1107-0.02620.54230.03990.34489.1216-33.003854.1141
142.179-0.91151.02382.6531-1.05912.49990.0625-0.2141-0.2220.45850.24810.0836-0.14940.21050.19060.49130.063-0.01560.7745-0.0410.379585.5431-33.386654.5795
158.4041-1.1629-5.26912.19052.78755.41580.0292-0.45470.6107-0.4423-0.73610.39040.444-1.13090.57870.70750.02330.06060.68720.12090.422273.5063-38.22440.0122
163.6631-2.56041.8055.19880.76153.47210.1993-0.0064-0.1416-0.1864-0.15630.10990.6468-0.2909-0.17820.6224-0.07740.04280.5390.02090.348175.129-32.474415.1481
174.53681.8213-1.71023.91220.01573.0934-0.20640.97770.1241-0.30020.2209-0.0599-0.624-0.9546-0.26480.5534-0.0111-0.0390.4376-0.00230.366577.7184-23.550623.8895
181.9207-0.47961.59952.82230.75913.6868-0.08020.27880.0976-0.40020.1471-0.185-0.4420.1077-0.22190.53890.00250.07220.59990.03490.243376.7069-26.009620.4501
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 14 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 51 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 52 through 99 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 100 through 116 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 117 through 172 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 55 through 136 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 137 through 200 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 201 through 306 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 14 through 39 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 40 through 51 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 52 through 92 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 93 through 124 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 125 through 175 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 55 through 118 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 119 through 136 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 137 through 200 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 201 through 227 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 228 through 306 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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