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- PDB-5cks: DAHP (3-deoxy-D-arabinoheptulosonate-7-phosphate) Synthase in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cks
タイトルDAHP (3-deoxy-D-arabinoheptulosonate-7-phosphate) Synthase in complex with DAHP Oxime.
要素Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Phe-sensitive
キーワードTransferase/transferase inhibitor / DAHP synthase / Inhibitor / Complex / Transition state mimic / Transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DAHP synthase, class 1 / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DAHP Oxime / beta-D-galactopyranose / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Phe-sensitive
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1181 Å
データ登録者Berti, P. / Junop, M. / Balachandran, N.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-64422 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-89903 カナダ
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Potent Inhibition of 3-Deoxy-d-arabinoheptulosonate-7-phosphate (DAHP) Synthase by DAHP Oxime, a Phosphate Group Mimic.
著者: Balachandran, N. / Heimhalt, M. / Liuni, P. / To, F. / Wilson, D.J. / Junop, M.S. / Berti, P.J.
履歴
登録2015年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Phe-sensitive
B: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Phe-sensitive
C: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Phe-sensitive
D: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Phe-sensitive
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,6139
ポリマ－152,4664
非ポリマー1,1475
水15,006833
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14430 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area47040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)209.990, 53.360, 150.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-536-

HOH

詳細Tetramer confirmed by gel filtration

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要素

#1: タンパク質
Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Phe-sensitive / 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3- ...3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3-deoxyheptonate aldolase


分子量: 38116.555 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: first 5 residues are unstructured in the crystal structure. Also loops 101-102 and 313-317.
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: aroG, b0754, JW0737 / プラスミド: pET300 / Cell (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AB91, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase
#2: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-52L / DAHP Oxime / (2E,4R,5S,6R)-4,5,6-trihydroxy-2-(hydroxyimino)-7-(phosphonooxy)heptanoic acid


分子量: 303.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14NO10P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 833 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Mother liquor (20% PEG 3350, 200 mM trilithium citrate tetrahydrate, 6% galactose) was mixed in equal volume with DHAPS at 10 mg/ml in buffer containing 20 mM Tris-HCl, 0.1 mM TCEP.
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1181→50 Å / Num. all: 85303 / Num. obs: 85303 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.1181→2.16 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.3_928精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KFL

1kfl


解像度: 2.1181→42.424 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2382 1999 2.34 %Random selection
Rwork0.1808 ---
obs0.1821 85285 98.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.415 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.0077 Å20 Å2-1.9312 Å2
2--10.2664 Å20 Å2
3----4.2586 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1181→42.424 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10367 0 74 833 11274
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710615
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02514372
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.193918
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041869
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1181-2.17110.30421180.2254899X-RAY DIFFRACTION82
2.1711-2.22980.25941430.21235992X-RAY DIFFRACTION100
2.2298-2.29540.26361440.19885982X-RAY DIFFRACTION100
2.2954-2.36950.26731430.19235971X-RAY DIFFRACTION100
2.3695-2.45420.261450.19066015X-RAY DIFFRACTION100
2.4542-2.55240.25181430.19555977X-RAY DIFFRACTION100
2.5524-2.66850.28571450.20476019X-RAY DIFFRACTION100
2.6685-2.80920.28131440.20856025X-RAY DIFFRACTION100
2.8092-2.98520.2661440.20125969X-RAY DIFFRACTION100
2.9852-3.21560.25841450.19946015X-RAY DIFFRACTION100
3.2156-3.5390.2241450.18116057X-RAY DIFFRACTION100
3.539-4.05080.23351450.15936035X-RAY DIFFRACTION100
4.0508-5.10220.18351450.14196072X-RAY DIFFRACTION99
5.1022-42.43240.20461500.1676258X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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