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- PDB-5dcd: Neisseria meningitidis 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dcd
タイトルNeisseria meningitidis 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase regulated (Tyrosine)
要素Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
キーワードTRANSFERASE / Allostery / aromatic amino acid / regulated / ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DAHP synthase, class 1 / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / trimethylamine oxide / TYROSINE / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Heyes, L.C. / Parker, E.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Neisseria meningitidis 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase regulated and complexed with PEP at 2.05 Angstroms
著者: Heyes, L.C. / Parker, E.J.
履歴
登録2015年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
B: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
C: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
D: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,19017
ポリマ－154,8494
非ポリマー1,34113
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.938, 141.292, 74.675
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21A
12C
22B
13C
23D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 5 - 349 / Label seq-ID: 5 - 349

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11CC
21AA
12CC
22BB
13CC
23DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.947685, 0.25281, 0.194883), (0.238152, -0.966503, 0.095689), (0.212546, -0.044271, -0.976148)-0.69896, 30.27004, -31.18134

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3- ...3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3-deoxyheptonate aldolase


分子量: 38712.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (strain MC58) (髄膜炎菌)
株: MC58 / 遺伝子: aroG, NMB0307 / 詳細 (発現宿主): pT7-7 / 細胞株 (発現宿主): BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9K169, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase

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非ポリマー , 5種, 303分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-TMO / trimethylamine oxide / トリメチルアミンN-オキシド


分子量: 75.110 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9NO
#5: 化合物
ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.15 % / 解説: Monoclinic, P1211
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.1M Tris HCl (pH 7.3), 0.2 M trimethyl-amino-N-oxide (TMAO), 0.4 mM MnSO4 and PEG 2000MME
PH範囲: 7.3

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→74.23 Å / Num. obs: 65792 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.31→2.37 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.31→74.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 14.136 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2387 3299 5 %RANDOM
Rwork0.19382 ---
obs0.19608 62183 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.883 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å20 Å2-0.1 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.31→74.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10367 0 81 290 10738
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01910664
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3481.95914486
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.801323019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.54951384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.23923.885453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.218151698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0491566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02112262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022394
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.052.2925554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.052.2925553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6563.4336932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6553.4336933
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3272.4455110
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3272.4455110
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0873.6157555
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.10618.71612067
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.10618.71712068
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: C / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
14994LOOSE POSITIONAL0.325
14994LOOSE THERMAL1.5410
24860LOOSE POSITIONAL0.265
24860LOOSE THERMAL1.8910
34983LOOSE POSITIONAL0.315
34983LOOSE THERMAL1.5210
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.37 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 263 -
Rwork0.241 4553 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.54270.0170.16811.46090.92411.05820.06280.09610.00160.1133-0.06690.03380.1036-0.06890.00410.17720.00740.01040.0131-0.00450.07-28.297-14.1796-28.7736
21.91030.3073-0.44781.31031.01762.5844-0.05720.0158-0.13890.07820.2507-0.23070.44030.5307-0.19350.16060.0893-0.02390.1532-0.07530.20361.131-2.829-36.8145
32.3487-0.26090.29921.8560.30091.10520.0455-0.2237-0.030.3033-0.00320.1512-0.0661-0.0621-0.04230.1321-0.00850.04760.0243-0.00670.0638-36.676634.5877-8.7711
41.7983-0.08170.60260.63730.18621.47940.0028-0.04610.18240.0488-0.0081-0.1028-0.18940.01320.00530.1796-0.0434-0.00380.0317-0.0410.143-6.847629.9674.6732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 349
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 349
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 349
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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