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- PDB-4hso: Crystal structure of S213G variant DAH7PS from Neisseria meningitidis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hso
タイトルCrystal structure of S213G variant DAH7PS from Neisseria meningitidis
要素3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / DAHP / DAHPS / DAH7PS / TIM BARREL / ALLOSTERIC REGULATION / AROMATIC BIOSYNTHESIS / SHIKIMATE PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DAHP synthase, class 1 / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHOENOLPYRUVATE / TYROSINE / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cross, P.J. / Pietersma, A.L. / Allison, T.M. / Wilson-Coutts, S.M. / Cochrane, F.C. / Parker, E.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: Neisseria meningitidis expresses a single 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase that is inhibited primarily by phenylalanine.
著者: Cross, P.J. / Pietersma, A.L. / Allison, T.M. / Wilson-Coutts, S.M. / Cochrane, F.C. / Parker, E.J.
履歴
登録2012年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
B: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
C: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
D: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,34516
ポリマ－154,7284
非ポリマー1,61712
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17140 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area43960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.523, 136.995, 76.212
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.630, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPARGARGAA8 - 3498 - 349
21ASPASPARGARGBB8 - 3498 - 349
12PROPROARGARGAA6 - 3496 - 349
22PROPROARGARGCC6 - 3496 - 349
13PROPROARGARGAA6 - 3496 - 349
23PROPROARGARGDD6 - 3496 - 349
14ASPASPARGARGBB8 - 3498 - 349
24ASPASPARGARGCC8 - 3498 - 349
15ASPASPARGARGBB8 - 3498 - 349
25ASPASPARGARGDD8 - 3498 - 349
16TYRTYRALAALACC5 - 3505 - 350
26TYRTYRALAALADD5 - 3505 - 350

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3-deoxyheptonate aldolase


分子量: 38682.109 Da / 分子数: 4 / 変異: S213G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
株: MC58 (serogroup B) / 遺伝子: aroG, NMB0307 / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9K169, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase
#2: 化合物
ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3
#3: 化合物
ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸


分子量: 168.042 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O6P
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.08 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: A protein solution [11 mg/mL in 10 mM BTP buffer (pH 7.3)] was mixed 1:1 (v/v) with a reservoir solution containing 0.2 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris (pH 8.5), 15% 20% (w/v) PEG 2000 ...詳細: A protein solution [11 mg/mL in 10 mM BTP buffer (pH 7.3)] was mixed 1:1 (v/v) with a reservoir solution containing 0.2 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris (pH 8.5), 15% 20% (w/v) PEG 2000 mme, 0.4 mM MnSO4. The drop sizes were 2 uL, and the volume of the reservoir solution was 500 uL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→19.571 Å / Num. all: 86154 / Num. obs: 86154 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.1-2.213.80.3931.947490126590.39399.7
2.21-2.353.70.2842.543093117540.28497.9
2.35-2.513.80.1824.242460112600.18299.7
2.51-2.713.70.128638924104260.12899
2.71-2.973.80.0839.43644596470.08399.9
2.97-3.323.80.0515.23313387880.0599.6
3.32-3.833.70.03122.82741775110.03197.1
3.83-4.73.70.02427.62338763760.02497.4
4.7-6.643.70.02131.21888650570.02199.3
6.64-19.5713.60.01735965026760.01794.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HSN

4hsn


解像度: 2.1→19.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.2274 / WRfactor Rwork: 0.191 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8301 / SU B: 11.901 / SU ML: 0.153 / SU R Cruickshank DPI: 0.2333 / SU Rfree: 0.1896 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2424 4334 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.2059 86108 98.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.89 Å2 / Biso mean: 39.6033 Å2 / Biso min: 20.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.78 Å2-0 Å2-0.1 Å2
2--2.38 Å2-0 Å2
3----1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10495 0 96 257 10848
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01910807
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0210308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.96614647
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.431323676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2151382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.98824.021475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.868151814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.261573
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02112350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.022407
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: LOCAL / Weight: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms
11A204890.1
12B204890.1
21A204230.12
22C204230.12
31A210330.1
32D210330.1
41B199870.12
42C199870.12
51B203290.1
52D203290.1
61C204750.12
62D204750.12
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 335 -
Rwork0.273 6082 -
all-6417 -
obs--99.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.06140.3066-0.07620.5859-0.61960.92130.04680.09040.2601-0.0124-0.0398-0.0608-0.0849-0.0238-0.00690.1132-0.0075-0.01860.10390.05310.2411-5.824-70.092-15.579
21.64550.2037-0.00911.77490.52390.9453-0.02790.1216-0.1516-0.11-0.0187-0.11810.10250.13360.04660.05560.0095-0.00130.06530.01080.23714.841-90.181-10.36
310.5679-1.0828-5.36650.11480.55142.72620.2158-0.17910.3094-0.0089-0.0368-0.0154-0.12480.0804-0.1790.1594-0.07240.04720.28740.03310.2667-7.514-75.6572.988
41.49910.29250.30741.8107-0.07470.7456-0.0538-0.01320.120.034-0.02770.0072-0.0433-0.02030.08140.0306-0.0111-0.01620.07330.02480.2361-1.237-74.357-10.172
51.0423-0.13650.0720.9456-0.4660.55580.01940.0361-0.0939-0.05910.06170.12210.0557-0.049-0.08110.0678-0.0373-0.03360.0758-0.0210.2505-15.633-87.583-9.543
61.75140.13860.69781.52350.23752.03090.0511-0.1139-0.25450.0117-0.04830.00020.21960.046-0.00280.0768-0.0158-0.00780.04270.00470.3171-5.808-100.529-2.119
71.80960.22670.03011.42910.25271.880.0572-0.1334-0.20670.0346-0.054-0.15550.0980.1628-0.00320.04450.0041-0.00770.10520.05280.26246.87-91.2270.197
80.60940.9149-0.065710.2619-1.45290.26740.4222-0.15830.2309-1.9291-0.4742-0.85610.41080.08230.0521.07310.05230.3110.1722-0.08970.5983-16.15-77.145-25.525
91.4201-0.0224-0.77630.6591-0.3732.07020.0212-0.07460.13960.09550.12450.1207-0.0602-0.2593-0.14570.02080.0055-0.0170.11970.05320.2568-40.307-66.032-0.471
101.02880.4685-0.75560.2565-0.36820.5713-0.1197-0.1687-0.3678-0.1703-0.0902-0.08790.14560.14910.20990.34770.0386-0.10180.25950.02510.4603-32.637-79.969-13.701
111.6783-0.0803-0.06840.8741-0.76463.4625-0.05610.13080.04830.01410.1234-0.05720.2292-0.0625-0.06730.0386-0.0384-0.0340.13180.05250.2991-35.261-68.891-12.107
121.0251-0.0686-0.23590.6485-0.44720.83190.005-0.1189-0.03010.02190.0084-0.00860.0321-0.0137-0.01330.0337-0.0192-0.03950.10840.00880.2317-24.104-73.4982.312
131.8155-0.06850.76221.06970.20221.1185-0.0504-0.1196-0.23250.0150.10.08530.173-0.1065-0.04960.0651-0.0524-0.01690.12760.06660.2416-40.492-82.0795.651
148.09690.19472.64184.71452.771412.8273-0.0438-0.81760.04890.25170.11870.1709-0.2341-0.583-0.07480.0370.03640.05870.28460.14720.2426-48.19-74.47716.246
1515.0771-1.13875.40871.6482-0.19512.02040.7960.3987-0.7588-0.128-0.43660.21480.3715-0.0064-0.35940.205-0.1367-0.16390.33250.02780.3677-17.562-62.488-39.931
161.2040.7365-0.02371.6612-0.54790.64560.0098-0.00840.00970.0458-0.0436-0.1457-0.06520.12760.03380.0253-0.032-0.02360.07640.03660.221410.073-38.912-23.002
171.5906-0.87674.64216.6523-8.729719.7546-0.3719-0.24370.1588-0.9760.0262-0.08360.2486-0.80180.34570.4646-0.0184-0.14940.67550.23570.29981.734-48.663-39.387
182.1610.5994-0.65312.94110.13120.33980.01220.1882-0.1546-0.20140.0223-0.00070.0296-0.0557-0.03450.0728-0.0138-0.03020.10760.03740.2363.631-48.769-27.255
191.37290.5171-0.16810.9376-0.45370.6861-0.00490.18510.1731-0.02380.09590.0784-0.04740.0142-0.0910.0388-0.0024-0.01440.10330.06060.2567-8.442-35.006-30.315
2011.9941-1.2255-10.55062.91031.897410.62860.26260.30520.6343-0.32290.11860.3582-0.4805-0.1475-0.38120.1934-0.0661-0.16340.09990.19010.39130.944-17.726-38.604
211.38340.0523-0.31361.4706-0.861.7401-0.12960.2730.1765-0.174-0.0161-0.1376-0.01740.12250.14570.0769-0.0866-0.01480.14920.07810.252412.508-28.864-35.821
222.18660.4203-0.3011.0216-0.56120.56560.1097-0.1638-0.04190.0062-0.0084-0.00990.1012-0.1193-0.10130.1021-0.0093-0.05260.13920.07580.2927-23.512-52.449-33.561
231.0502-0.23670.3970.7078-0.24722.01710.0450.00090.0456-0.02380.01540.0433-0.0002-0.0193-0.06040.0164-0.0135-0.04260.11060.09340.2743-32.562-43.544-39.747
240.4525-0.02410.52830.7137-0.46621.32990.0220.1510.0014-0.0854-0.0244-0.01660.03930.1710.00250.0236-0.0008-0.03730.15540.05670.2085-15.64-46.712-43.408
2515.8687-10.3861-2.130210.09475.15994.5944-0.15850.62160.1869-0.50750.1775-0.0861-0.64980.6572-0.0190.1523-0.05530.00490.37770.10790.1441-17.486-33.168-62.125
261.7914-1.2921-0.60721.56160.48061.8180.05030.14120.1094-0.18050.05130.0689-0.20340.1864-0.10160.0875-0.0411-0.06770.14920.09870.2162-26.589-34.63-55.573
272.5941-1.2086-1.32111.75720.46680.7376-0.0936-0.23570.28210.16970.17110.2634-0.01270.0726-0.07750.12220.0677-0.0760.22480.0250.4325-37.3-30.281-38.072
285.2496-2.6819-4.34315.6343.726210.28870.24590.5469-0.0843-0.4844-0.1094-0.0417-0.0972-0.0983-0.13640.12620.0143-0.10950.18520.09360.2558-36.147-39.369-62.609
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 97
3X-RAY DIFFRACTION3A98 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4A109 - 162
5X-RAY DIFFRACTION5A163 - 249
6X-RAY DIFFRACTION6A250 - 302
7X-RAY DIFFRACTION7A303 - 350
8X-RAY DIFFRACTION8B8 - 17
9X-RAY DIFFRACTION9B18 - 95
10X-RAY DIFFRACTION10B96 - 115
11X-RAY DIFFRACTION11B116 - 149
12X-RAY DIFFRACTION12B150 - 249
13X-RAY DIFFRACTION13B250 - 333
14X-RAY DIFFRACTION14B334 - 350
15X-RAY DIFFRACTION15C5 - 17
16X-RAY DIFFRACTION16C18 - 96
17X-RAY DIFFRACTION17C97 - 113
18X-RAY DIFFRACTION18C114 - 162
19X-RAY DIFFRACTION19C163 - 241
20X-RAY DIFFRACTION20C242 - 254
21X-RAY DIFFRACTION21C255 - 350
22X-RAY DIFFRACTION22D5 - 51
23X-RAY DIFFRACTION23D52 - 149
24X-RAY DIFFRACTION24D150 - 242
25X-RAY DIFFRACTION25D243 - 253
26X-RAY DIFFRACTION26D254 - 309
27X-RAY DIFFRACTION27D310 - 331
28X-RAY DIFFRACTION28D332 - 350

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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