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Yorodumi- PDB-4hso: Crystal structure of S213G variant DAH7PS from Neisseria meningitidis -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hso | ||||||
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Title | Crystal structure of S213G variant DAH7PS from Neisseria meningitidis | ||||||
Components | 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / DAHP / DAHPS / DAH7PS / TIM BARREL / ALLOSTERIC REGULATION / AROMATIC BIOSYNTHESIS / SHIKIMATE PATHWAY | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Neisseria meningitidis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Cross, P.J. / Pietersma, A.L. / Allison, T.M. / Wilson-Coutts, S.M. / Cochrane, F.C. / Parker, E.J. | ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2013 Title: Neisseria meningitidis expresses a single 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase that is inhibited primarily by phenylalanine. Authors: Cross, P.J. / Pietersma, A.L. / Allison, T.M. / Wilson-Coutts, S.M. / Cochrane, F.C. / Parker, E.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hso.cif.gz | 530.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hso.ent.gz | 440.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hso.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4hso_validation.pdf.gz | 488.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4hso_full_validation.pdf.gz | 503 KB | Display | |
Data in XML | 4hso_validation.xml.gz | 51.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4hso_validation.cif.gz | 70.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/4hso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/4hso | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4hsnSC 4ixxC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 38682.109 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: S213G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neisseria meningitidis (bacteria) / Strain: MC58 (serogroup B) / Gene: aroG, NMB0307 / Plasmid: pT7-7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q9K169, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase #2: Chemical | ChemComp-TYR / #3: Chemical | ChemComp-PEP / #4: Chemical | ChemComp-MN / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: A protein solution [11 mg/mL in 10 mM BTP buffer (pH 7.3)] was mixed 1:1 (v/v) with a reservoir solution containing 0.2 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris (pH 8.5), 15% 20% (w/v) PEG 2000 ...Details: A protein solution [11 mg/mL in 10 mM BTP buffer (pH 7.3)] was mixed 1:1 (v/v) with a reservoir solution containing 0.2 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris (pH 8.5), 15% 20% (w/v) PEG 2000 mme, 0.4 mM MnSO4. The drop sizes were 2 uL, and the volume of the reservoir solution was 500 uL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→19.571 Å / Num. all: 86154 / Num. obs: 86154 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 3.7 % / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 17.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4HSN Resolution: 2.1→19.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.2274 / WRfactor Rwork: 0.191 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8301 / SU B: 11.901 / SU ML: 0.153 / SU R Cruickshank DPI: 0.2333 / SU Rfree: 0.1896 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.19 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 103.89 Å2 / Biso mean: 39.6033 Å2 / Biso min: 20.63 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→19.53 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: LOCAL / Weight: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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