[日本語] English
万見
- PDB-1qr7: CRYSTAL STRUCTURE OF PHENYLALANINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HE... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qr7
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PHENYLALANINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE FROM ESCHERICHIA COLI COMPLEXED WITH PB2+ AND PEP
要素PHENYLALANINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
キーワードLYASE / BETA-ALPHA-BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DAHP synthase, class 1 / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LEAD (II) ION / PHOSPHOENOLPYRUVATE / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Phe-sensitive
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Shumilin, I.A. / Kretsinger, R.H. / Bauerle, R.H.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of phenylalanine-regulated 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase from Escherichia coli.
著者: Shumilin, I.A. / Kretsinger, R.H. / Bauerle, R.H.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1996
タイトル: Purification, crystallization, and preliminary crystallographic analysis of 3- deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase from Escherichia coli
著者: Shumilin, I.A. / Kretsinger, R.H. / Bauerle, R.H.
履歴
登録1999年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PHENYLALANINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
B: PHENYLALANINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
C: PHENYLALANINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
D: PHENYLALANINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,12316
ポリマ－152,2384
非ポリマー1,88512
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16280 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area44470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)211.731, 51.326, 148.099
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.43, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a tetramer that consists of the chains A, B, C, and D related by 222 symmetry

-
要素

#1: タンパク質
PHENYLALANINE-REGULATED 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE / E.C. 4.1.2.15 / PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE / DAHP SYNTHETASE


分子量: 38059.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PTA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AB91, EC: 4.1.2.15
#2: 化合物
ChemComp-PB / LEAD (II) ION


分子量: 207.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸


分子量: 168.042 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O6P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: PEG 1000, ethanol, lithium sulphate, bis-tris propane pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295K
結晶化
*PLUS
pH: 8.7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18.8 mg/mlprotein1drop
21.63 mMPEP1drop
30.4 mM1dropPb(CH3COO)2
40.1 M1dropLi2SO4
512 %(w/v)PEG10001drop
650 mMBTP1drop
719 %(w/v)PEG10001reservoir
80.1 M1reservoirLiSO4
920 %(v/v)ethanol1reservoir
1050 mMBTP1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.93892
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→18 Å / Num. all: 40409 / Num. obs: 40392 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Num. unique all: 2825 / % possible all: 64.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 64.6 % / Mean I/σ(I) obs: 8.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SHELXS位相決定
REFMAC精密化
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
直接法位相決定
精密化解像度: 2.6→18 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 3954 9.8 %thin shells
Rwork0.194 ---
all-40409 --
obs-40259 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10291 0 64 4 10359
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.8
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.016
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor obs: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d2.8

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る