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万見
- PDB-5cgx: CRYSTAL STRUCTURE OF Fox-4 cephamycinase mutant Y150F complexed w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cgx
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF Fox-4 cephamycinase mutant Y150F complexed with cefoxitin
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / beta-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1S7 / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.21 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Lefurgy, S. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2015
タイトル: FOX-4 cephamycinase: an analysis of structure and function.
著者: Lefurgy, S.T. / Malashkevich, V.N. / Aguilan, J.T. / Nieves, E. / Mundorff, E.C. / Biju, B. / Noel, M.A. / Toro, R. / Baiwir, D. / Papp-Wallace, K.M. / Almo, S.C. / Frere, J.M. / Bou, G. / Bonomo, R.A.
履歴
登録2015年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5769
ポリマ－38,7921
非ポリマー7848
水6,720373
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.524, 56.588, 55.485
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 38791.797 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-382 / 変異: Y150F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fox-4 / プラスミド: pHMTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9L387, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-1S7 / (2R)-2-{(1S)-1-methoxy-2-oxo-1-[(thiophen-2-ylacetyl)amino]ethyl}-5-methylidene-5,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid / Cefoxitin, bound form


分子量: 368.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H16N2O5S2 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.05M zinc acetate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.7 % / 数: 355116 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / D res high: 1.21 Å / D res low: 19.676 Å / Num. obs: 96864 / % possible obs: 95.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
3.8319.6810.0330.0333.6
2.713.8310.0370.0373.8
2.212.7110.0570.0573.8
1.912.2110.0810.0813.8
1.711.9110.1050.1053.8
1.561.7110.1390.1393.7
1.451.5610.2180.2183.6
1.351.4510.360.363.6
1.281.3510.5080.5083.6
1.211.2810.7390.7393.6
反射解像度: 1.21→19.676 Å / Num. obs: 96864 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 11.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/av σ(I): 7.16 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 355116
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.21-1.283.60.739148683136170.7391.692.2
1.28-1.353.60.5081.546623130590.5082.393.2
1.35-1.453.60.362.144640124160.363.294.6
1.45-1.563.60.2183.542478116590.2184.995.5
1.56-1.713.70.1395.340388108700.1396.896.4
1.71-1.913.80.1056.53741799450.1058.697.4
1.91-2.213.80.0817.93330888140.0811197.8
2.21-2.713.80.05711.12844875390.05712.598.4
2.71-3.833.80.03716.32195558430.03713.698.6
3.83-19.6763.60.03318.41117631020.03313.593.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.64 Å
Translation2.5 Å19.64 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 5CGS

5cgs


解像度: 1.21→19.643 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2051 4837 5 %
Rwork0.1808 91993 -
obs0.182 96830 95.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.92 Å2 / Biso mean: 19.765 Å2 / Biso min: 6.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.21→19.643 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2734 0 45 374 3153
Biso mean--34.03 28.51 -
残基数----362
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0242904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.3783903
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.105422
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012514
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4941041
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.21-1.22380.36931430.34032945308892
1.2238-1.23810.32821540.3362950310492
1.2381-1.25320.34791560.32052921307792
1.2532-1.26910.32661370.31162991312893
1.2691-1.28580.35321640.29822969313392
1.2858-1.30340.31621680.29822930309893
1.3034-1.3220.27661570.28423016317393
1.322-1.34180.33371560.2713004316094
1.3418-1.36270.29931850.2732953313894
1.3627-1.38510.24711590.2573025318494
1.3851-1.40890.27981550.25452998315395
1.4089-1.43450.25631630.24713058322195
1.4345-1.46210.26731740.23353069324395
1.4621-1.4920.2431570.22443018317595
1.492-1.52440.23741510.22093061321296
1.5244-1.55980.24081290.21253114324396
1.5598-1.59880.23351580.19573094325296
1.5988-1.6420.20491680.19573079324796
1.642-1.69030.20281540.19153108326297
1.6903-1.74490.20161660.18493126329297
1.7449-1.80720.22111560.17893121327797
1.8072-1.87950.20721860.18093121330797
1.8795-1.96490.23681770.18083110328798
1.9649-2.06840.19031430.16263191333498
2.0684-2.19790.19151910.15373134332598
2.1979-2.36730.18631640.15673159332398
2.3673-2.6050.16851620.14313189335199
2.605-2.98090.17351790.14683196337599
2.9809-3.75130.16781650.14023219338499
3.7513-19.64590.15391600.14333124328494
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 55.1091 Å / Origin y: -0.5705 Å / Origin z: 70.8679 Å
111213212223313233
T0.0848 Å2-0.0072 Å20.0411 Å2-0.0757 Å20.0075 Å2--0.0849 Å2
L0.9206 °20.3345 °20.3352 °2-0.8025 °20.1498 °2--0.5344 °2
S-0.0506 Å °0.0649 Å °0.0539 Å °-0.046 Å °0.0161 Å °0.0058 Å °-0.0367 Å °-0.0007 Å °0.0248 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA0 - 407
2X-RAY DIFFRACTION1allA408
3X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 442

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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