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- PDB-5ceb: Bd3459 Predatory Endopeptidase from Bdellovibrio bacteriovorus, K... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ceb
タイトルBd3459 Predatory Endopeptidase from Bdellovibrio bacteriovorus, K38M form
要素Bd3459
キーワードHYDROLASE / transpeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan metabolic process / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C, peptidase S13 / Peptidase S13, D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase 3 (S13) family / D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(bba) Sandwich / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Lovering, A.L. / Cadby, I.T. / Lambert, C. / Sockett, R.E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J015229/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Ankyrin-mediated self-protection during cell invasion by the bacterial predator Bdellovibrio bacteriovorus.
著者: Lambert, C. / Cadby, I.T. / Till, R. / Bui, N.K. / Lerner, T.R. / Hughes, W.S. / Lee, D.J. / Alderwick, L.J. / Vollmer, W. / Sockett, E.R. / Lovering, A.L.
履歴
登録2015年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bd3459
B: Bd3459


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4072
ポリマ－98,4072
非ポリマー00
水5,405300
1
A: Bd3459


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2031
ポリマ－49,2031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bd3459


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2031
ポリマ－49,2031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.930, 65.040, 73.816
Angle α, β, γ (deg.)63.890, 83.270, 83.200
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 38 - 438 / Label seq-ID: 38 - 438

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Bd3459


分子量: 49203.406 Da / 分子数: 2 / 断片: Bd3459 / 変異: K38M, S70A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus (strain ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100) (バクテリア)
遺伝子: Bd3459 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q6MHT0, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M potassium thiocyanate, 30% w/v PEG 2000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.91739 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91739 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→100 Å / Num. obs: 56655 / % possible obs: 85.7 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェルRsym value: 0.0766

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3v39

3v39


解像度: 1.93→66.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 8.652 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2322 2881 4.8 %RANDOM
Rwork0.1958 ---
obs0.1976 56655 85.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 143.21 Å2 / Biso mean: 44.292 Å2 / Biso min: 18.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.86 Å21.28 Å2-0.85 Å2
2--0.56 Å2-0.17 Å2
3----1.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→66.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5971 0 0 300 6271
Biso mean---43.89 -
残基数----770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.026077
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.025855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6291.9568199
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.178313503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.65766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.39825.08250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.898151113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.641522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026846
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6162.1543076
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6152.1543075
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5793.2173838
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 47280 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 221 -
Rwork0.372 3786 -
all-4007 -
obs--78.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1439-0.25090.91191.3491-0.02165.0311-0.0035-0.2923-0.08420.16540.13850.13810.2475-0.4104-0.1350.03660.01260.00570.26040.11560.10658.81-16.746-42.132
25.4672-0.5888-0.13191.9737-1.56693.78980.02070.5675-0.0523-0.40480.06340.11020.2147-0.269-0.08410.11560.0142-0.03410.22910.06620.06755.027-6.751-78.335
33.8934-0.162-1.96657.6561-2.47912.2841-0.0062-0.53590.84610.7610.0295-0.1916-0.50370.3243-0.02330.28270.0786-0.04890.327-0.0110.324250.9742.534-68.379
44.0766-0.160.33592.2272-0.89612.30810.02910.4657-0.0076-0.3207-0.05360.12080.1212-0.15250.02440.13120.0290.0040.25920.06750.06859.64-6.108-77.706
51.4397-0.22361.27861.0159-0.18233.3082-0.0605-0.0430.08640.04510.09250.0631-0.1396-0.0916-0.0320.00910.02550.01320.19090.10170.066462.887-12.503-45.576
66.1676-0.02651.54084.0754-0.378610.0412-0.0010.2587-0.518-0.37540.0699-0.15090.32650.1317-0.06890.12040.0350.0270.13110.04340.106164.557-16.088-72.371
71.9092-0.07641.01291.2791-0.57415.9274-0.03130.42280.0007-0.04730.0467-0.0930.14750.4455-0.01540.01410.02510.00990.23280.06030.074978.202-51.636-83.918
84.6198-0.4231-0.35581.27930.8324.6633-0.0929-0.42560.1090.44670.1474-0.1838-0.06930.5271-0.05450.28230.055-0.09640.28520.03250.100984.738-43.085-47.711
93.4281-1.3820.51632.99890.81972.1814-0.1891-0.17230.42130.23570.1205-0.5843-0.00310.41620.06860.2680.0836-0.06650.33960.05920.224483.119-39.164-49.453
102.7193-0.4802-0.14631.307-0.07344.7198-0.01860.25130.22850.1287-0.0075-0.2479-0.43240.51690.02610.0698-0.0183-0.0510.25890.05020.1385.356-47.005-73.288
111.9981-0.05941.21981.4375-0.24383.8969-0.15130.01010.20440.05270.09930.0192-0.3643-0.10120.0520.03860.03420.00190.19190.08650.059569.743-46.564-81.897
127.5457-1.75471.20587.9852-4.06899.7809-0.1097-0.4877-0.36460.4804-0.0654-0.0010.4016-0.15620.17510.25640.05870.03430.16590.06550.052674.776-50.735-50.393
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2A91 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3A147 - 183
4X-RAY DIFFRACTION4A184 - 236
5X-RAY DIFFRACTION5A237 - 423
6X-RAY DIFFRACTION6A424 - 438
7X-RAY DIFFRACTION7B38 - 89
8X-RAY DIFFRACTION8B90 - 148
9X-RAY DIFFRACTION9B167 - 232
10X-RAY DIFFRACTION10B233 - 302
11X-RAY DIFFRACTION11B303 - 426
12X-RAY DIFFRACTION12B427 - 438

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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