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- PDB-3q3v: Crystal structure of Phosphoglycerate Kinase from Campylobacter j... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3q3v | ||||||
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Title | Crystal structure of Phosphoglycerate Kinase from Campylobacter jejuni. | ||||||
![]() | Phosphoglycerate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / pgk / Converts 3-phospho-D-glycerate to 3-phospho-D-glyceroyl phosphate during the glycolysis pathway | ||||||
Function / homology | ![]() phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / glycolytic process / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structures of putative phosphoglycerate kinases from B. anthracis and C. jejuni. Authors: Zheng, H. / Filippova, E.V. / Tkaczuk, K.L. / Dworzynski, P. / Chruszcz, M. / Porebski, P.J. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Kudritska, M. / Grimshaw, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Minor, W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 317.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 271.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 467.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 474.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 31.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 46.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 44390.559 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: Cj1402c, pgk / Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 335 molecules ![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-K / #3: Chemical | ChemComp-FMT / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 20% PEG 3350, 0.2M K Citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 17, 2010 / Details: MIRROR |
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.145→28.606 Å / Num. all: 55178 / Num. obs: 55178 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 37.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 17.97 |
Reflection shell | Resolution: 2.145→2.19 Å / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2688 / % possible all: 97.4 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.042 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.145→28.606 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.145→2.201 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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