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- PDB-5cd5: Crystal structure of an immature VRC01-class antibody DRVIA7 from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cd5
タイトルCrystal structure of an immature VRC01-class antibody DRVIA7 from a Chinese donor bound to clade A/E HIV-1 gp120 core
要素
  • 93TH057 HIV-1 gp120 core
  • DRVIA7 Fab Heavy Chain
  • DRVIA7 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / VRC01 / gp120 / HIV-1 / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.396 Å
データ登録者Kong, L. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2016
タイトル: Key gp120 Glycans Pose Roadblocks to the Rapid Development of VRC01-Class Antibodies in an HIV-1-Infected Chinese Donor.
著者: Leopold Kong / Bin Ju / Yajing Chen / Linling He / Li Ren / Jiandong Liu / Kunxue Hong / Bin Su / Zheng Wang / Gabriel Ozorowski / Xiaolin Ji / Yuanzi Hua / Yanli Chen / Marc C Deller / ...著者: Leopold Kong / Bin Ju / Yajing Chen / Linling He / Li Ren / Jiandong Liu / Kunxue Hong / Bin Su / Zheng Wang / Gabriel Ozorowski / Xiaolin Ji / Yuanzi Hua / Yanli Chen / Marc C Deller / Yanling Hao / Yi Feng / Fernando Garces / Richard Wilson / Kaifan Dai / Sijy O'Dell / Krisha McKee / John R Mascola / Andrew B Ward / Richard T Wyatt / Yuxing Li / Ian A Wilson / Jiang Zhu / Yiming Shao /
要旨: VRC01-class antibodies neutralize diverse HIV-1 strains by targeting the conserved CD4-binding site. Despite extensive investigations, crucial events in the early stage of VRC01 development remain ...VRC01-class antibodies neutralize diverse HIV-1 strains by targeting the conserved CD4-binding site. Despite extensive investigations, crucial events in the early stage of VRC01 development remain elusive. We demonstrated how VRC01-class antibodies emerged in a Chinese donor by antigen-specific single B cell sorting, structural and functional studies, and longitudinal antibody and virus repertoire analyses. A monoclonal antibody DRVIA7 with modest neutralizing breadth was isolated that displayed a subset of VRC01 signatures. X-ray and EM structures revealed a VRC01-like angle of approach, but less favorable interactions between the DRVIA7 light-chain CDR1 and the N terminus with N276 and V5 glycans of gp120. Although the DRVIA7 lineage was unable to acquire broad neutralization, longitudinal analysis revealed a repertoire-encoded VRC01 light-chain CDR3 signature and VRC01-like neutralizing heavy-chain precursors that rapidly matured within 2 years. Thus, light chain accommodation of the glycan shield should be taken into account in vaccine design targeting this conserved site of vulnerability.
履歴
登録2015年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 93TH057 HIV-1 gp120 core
C: DRVIA7 Fab Heavy Chain
D: DRVIA7 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,97913
ポリマ－86,4673
非ポリマー3,51110
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9790 Å2
ΔGint32 kcal/mol
Surface area35720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.325, 72.325, 338.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 93TH057 HIV-1 gp120 core


分子量: 39211.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: Env / 細胞株 (発現宿主): HEK 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9*PLUS

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抗体 , 2種, 2分子 CD

#2: 抗体 DRVIA7 Fab Heavy Chain


分子量: 24048.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 DRVIA7 Fab Light Chain


分子量: 23207.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 4種, 10分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.98 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium iodide and 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.39→28.968 Å / Num. obs: 13362 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 15.4 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 3.39→3.67 Å / 冗長度: 15.7 % / Rmerge(I) obs: 2.92 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.396→28.968 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 653 4.93 %
Rwork0.253 --
obs0.2688 13238 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.396→28.968 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5986 0 229 0 6215
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066378
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.338672
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5082317
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0981017
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0121094
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.396-3.65720.39751410.37232394X-RAY DIFFRACTION98
3.6572-4.02440.35011420.33112453X-RAY DIFFRACTION100
4.0244-4.60470.2671170.25732478X-RAY DIFFRACTION100
4.6047-5.79390.251290.25882537X-RAY DIFFRACTION100
5.7939-28.9690.32781240.23912723X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.3477-0.1336-1.64391.0957-0.38175.26520.27261.21911.1023-0.5547-0.4081-0.4831-0.73140.5109-0.02011.5180.20960.12151.50110.46851.3215118.6591-1.1523-12.7598
28.8889-8.1269-2.40673.73120.03671.56251.22771.75191.33731.6208-1.3494-0.95850.2904-1.003-0.00182.02540.39580.2191.39790.27651.4591100.796913.9133-10.3008
36.2621-0.6206-1.3631.4426-0.35074.96190.09511.445-0.5195-0.8292-0.5363-0.68670.54740.55290.39841.5230.48640.15881.31230.04051.2008112.5794-12.8981-10.3689
46.401-0.35254.44763.1781-8.96495.35330.4041.8185-0.711-1.82280.18150.24930.7188-0.3219-0.44311.97560.3339-0.11331.8205-0.43720.927691.5858-10.3434-11.7595
56.6177-0.69490.31916.60720.9487.0868-0.07310.8496-0.9099-2.3869-0.48111.4543-1.0992-2.22830.66211.46360.1491-0.42962.0735-0.04631.436386.6676-6.9835-13.5031
63.33461.0290.00312.4404-11.56360.2510.85660.03050.2892-0.34950.4943-0.4106-0.14770.06271.64890.4238-0.06961.3245-0.24831.1573102.2621-6.2278-6.6268
71.92562.4856-6.45519.899-3.92151.05841.7702-0.555.33850.7999-0.56892.2056-0.0501-0.1563-0.64191.3920.02870.15320.9023-0.05950.679587.0443-1.932624.2873
810.7656-2.7315-5.11872.23690.46375.28290.39861.6959-0.154-1.0122-0.12760.377-0.2367-1.4452-0.28111.36580.3642-0.19040.9329-0.05040.69191.6544-6.544915.0043
91.53330.454-0.552.0099-0.68712.1464-0.23490.27410.0782-0.2070.1965-0.10780.1785-0.2435-0.05690.9475-0.01620.06310.6205-0.11091.069388.8982-10.604232.0555
107.8734-3.3501-0.7510.5427-0.696311.11570.35010.32551.78121.2306-0.87280.0743-1.49770.26410.49621.4028-0.28560.09830.57650.07281.317679.5845-9.934651.4206
118.27444.11423.47465.50586.098.43290.1021-2.8027-3.4609-1.22260.1535-0.27790.5343-0.8382-0.09921.5492-0.17610.06040.1762-0.17721.206105.0999-26.040432.2957
126.8286-2.14661.02617.7315-3.51756.67250.32420.0769-1.2302-0.4868-0.4647-0.74410.8380.8430.23830.90040.2112-0.020.81620.09741.184109.3697-19.14625.3558
135.13720.2546-0.81931.57180.76366.93171.0672-1.6095-1.4345-1.3408-0.8921-0.56691.3772-0.92990.19661.59760.4230.00580.33890.10871.278104.1836-19.062929.0472
141.80794.1963-6.50432.012-7.05456.47262.1018-0.91531.24591.7879-1.12470.23260.8075-0.37540.28861.7963-0.5190.18291.40880.01371.070799.704-25.957546.8572
155.1935-4.65191.83678.9290.81583.77260.4101-0.2618-0.2629-0.0243-0.55240.7633-0.0960.00120.0551.2096-0.2250.02430.7484-0.04030.984378.2314-24.334249.0505
165.6989-4.5294-0.79046.5514-1.45975.99670.92121.0103-0.61760.2751-0.82911.3168-0.0018-0.5074-0.11231.10850.00210.12030.8931-0.18780.932578.5597-27.858547.6355
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 44 through 115 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 116 through 215 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 216 through 291 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 292 through 395 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 396 through 425 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 426 through 492 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 17 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 18 through 87 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 88 through 133 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 134 through 212 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 2 through 18 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 19 through 75 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 76 through 102 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 103 through 115 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 116 through 152 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 153 through 213 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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