PDB-5cbo: Fusion protein of mbp3-16 and B4 domain of protein A from staphyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cbo

タイトル

Fusion protein of mbp3-16 and B4 domain of protein A from staphylococcal aureus

要素

mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A

キーワード

PROTEIN BINDING / Fusion / alpha helix / cross-linker

機能・相同性

機能・相同性情報

IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

synthetic construct (人工物)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.802 Å

データ登録者

Jeong, W.H. / Lee, H. / Song, D.H. / Lee, J.O.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Connecting two proteins using a fusion alpha helix stabilized by a chemical cross linker.
著者: Jeong, W.H. / Lee, H. / Song, D.H. / Eom, J.H. / Kim, S.C. / Lee, H.S. / Lee, H. / Lee, J.O.

履歴

登録	2015年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cbo.cif.gz	776.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cbo.ent.gz	648.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cbo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/5cbo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/5cbo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cbnSC 5cocC 5ewxC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ckz-1 3er0-1 3nrf-d 6pvu-d 2z44-d 3ev2-d 3d8y-d 1iod-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4)

登録構造単位

A: mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A

B: mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A

C: mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A

D: mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A

E: mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A

F: mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A

G: mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A

H: mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A

I: mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A

J: mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A

K: mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A

L: mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A

229 kDa, 12 ポリマー
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1

A: mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A

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2

B: mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A

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C: mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A

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L: mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A

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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.497, 220.393, 85.524
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 59.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.505114, 0.006222, 0.86303), (-0.001761, -0.999965, 0.00824), (0.863051, -0.005682, -0.505085)	-0.072455, -55.309101, -0.085753
2	given	(0.11132, 0.041015, 0.992938), (0.017429, -0.999075, 0.039315), (0.993632, 0.012929, -0.111932)	1.93747, -111.610001, 1.06379
3	given	(0.917271, -0.036578, -0.39658), (0.038052, 0.999267, -0.004154), (0.396442, -0.01128, 0.917991)	-0.521446, -56.308399, 0.470351
4	given	(-0.508995, 0.048558, 0.859399), (-0.00522, 0.998215, -0.059493), (-0.860754, -0.034767, -0.507833)	5.25253, 0.079805, 7.50526
5	given	(-0.999926, 0.010163, 0.006736), (-0.009587, -0.996699, 0.080613), (0.007533, 0.080542, 0.996723)	9.28422, -55.730301, 2.42939
6	given	(-0.912306, -0.002153, -0.409503), (-0.028157, -0.99729, 0.067973), (-0.408539, 0.073542, 0.909773)	9.293, -111.439003, 6.11381
7	given	(-0.107054, 0.04159, 0.993383), (-0.01333, 0.998975, -0.043261), (-0.994164, -0.017873, -0.10639)	2.96885, -55.9482, 9.41229
8	given	(-0.498953, -0.020214, -0.866393), (0.046594, 0.997656, -0.05011), (0.865376, -0.065371, -0.496842)	8.30703, -0.257576, -1.40197
9	given	(0.487747, -0.051733, -0.871451), (-0.054071, -0.998116, 0.028989), (-0.871309, 0.032981, -0.489626)	2.57924, -55.136002, 9.38542
10	given	(0.80713, -0.030595, -0.58958), (-0.03675, -0.999323, 0.001548), (-0.589228, 0.020418, -0.807708)	1.39696, -111.403, 10.6585
11	given	(-0.807945, -0.000579, -0.589257), (0.04802, 0.996609, -0.06682), (0.587297, -0.082283, -0.805178)	9.21073, -56.348701, 2.0878
12	given	(0.499843, 0.013814, 0.866006), (0.018531, -0.999814, 0.005252), (0.865918, 0.013423, -0.500006)	0.188621, -55.675999, 0.226138
13	given	(0.065514, 0.02627, 0.997506), (0.046138, -0.998664, 0.02327), (0.996784, 0.044498, -0.066639)	1.30729, -111.630997, 2.41849
14	given	(0.895732, 0.003419, -0.444582), (0.00495, 0.999832, 0.017663), (0.444568, -0.018022, 0.895564)	-0.583545, -55.523998, -0.442244
15	given	(-0.483367, 0.064141, 0.873065), (-0.011781, 0.996745, -0.07975), (-0.875338, -0.048834, -0.481038)	5.96877, 0.407219, 6.42769
16	given	(-0.999997, 0.000545, -0.002266), (-0.00077, -0.994942, 0.100445), (-0.0022, 0.100446, 0.99494)	9.40711, -55.476002, 2.71525
17	given	(-0.909773, -0.01484, -0.41484), (-0.044372, -0.990158, 0.132732), (-0.412727, 0.139163, 0.900161)	8.37193, -110.875, 10.6314
18	given	(-0.061326, 0.101372, 0.992957), (-0.073022, 0.991707, -0.105755), (-0.995443, -0.078993, -0.053415)	2.32684, -54.5326, 9.68488
19	given	(-0.503376, 0.002326, -0.864064), (0.066842, 0.997105, -0.036256), (0.861478, -0.076006, -0.502074)	9.45459, -0.116938, -2.00944
20	given	(0.51681, -0.05102, -0.854579), (-0.072485, -0.997246, 0.015703), (-0.853026, 0.053829, -0.519085)	2.62745, -55.197102, 9.16536
21	given	(0.832464, -0.13544, -0.53727), (-0.146064, -0.989008, 0.023003), (-0.53448, 0.059327, -0.843096)	-5.80187, -108.690002, 12.3763
22	given	(-0.819072, 0.021418, -0.57329), (0.098264, 0.989773, -0.103414), (0.565212, -0.141038, -0.8128)	9.24934, -55.976601, 2.83196

#1: 抗体	mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A / IgG-binding protein A / Staphylococcal protein A 分子量: 19093.391 Da / 分子数: 12 / 断片: B4 domain (UNP RESIDUES 102-153) / 変異: D1219A, S1222A, E1226C, N1229H, E1236A / 由来タイプ: 組換発現詳細: Fusion protein of mbp3-16 and B4 domain (residues 102-153) of protein A 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: spa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38507
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: 抗体

mbp3-16,Immunoglobulin G-binding protein A / IgG-binding protein A / Staphylococcal protein A

分子量: 19093.391 Da / 分子数: 12 / 断片: B4 domain (UNP RESIDUES 102-153) / 変異: D1219A, S1222A, E1226C, N1229H, E1236A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fusion protein of mbp3-16 and B4 domain (residues 102-153) of protein A
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: spa / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38507

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.6 % / 解説: hexagonal plate
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5 詳細: 34% w/v PPG P-400 10mM Hexaamine cobalt(III) chloride Temp details: store at 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: h,-k,h-l / Fraction: 0.46

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 62318 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Χ²: 1.342 / Net I/av σ(I): 25.305 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 199816

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.8-2.9	3.1	0.152	5516	1.274	82.2
2.9-3.02	3.1	0.128	5713	1.243	85.1
3.02-3.15	3.1	0.101	5932	1.282	88.3
3.15-3.32	3	0.082	6095	1.222	91.6
3.32-3.53	3.1	0.063	6213	1.226	93.2
3.53-3.8	3.1	0.048	6420	1.249	96.3
3.8-4.18	3.2	0.042	6489	1.289	97.6
4.18-4.79	3.3	0.038	6660	1.29	98.5
4.79-6.03	3.5	0.043	6672	1.423	99.7
6.03-50	3.5	0.041	6608	1.761	97.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CBN

5cbn

解像度: 2.802→33.06 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.6 / 位相誤差: 26.87 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2535	2068	3.32 %
R_work	0.2035	-	-
obs	0.2075	62287	92.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.802→33.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16116	0	0	34	16150

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	16404
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.024	22224
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.287	5916
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	2460
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2964

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	938	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	938	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	3	C	938	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.093
1	4	D	938	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	5	E	938	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
1	6	F	938	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	7	G	938	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	8	H	938	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	9	I	938	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	10	J	938	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	11	K	938	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	12	L	938	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
2	1	A	405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
2	3	C	405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
2	4	D	405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
2	5	E	405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
2	6	F	405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
2	7	G	405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
2	8	H	405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
2	9	I	405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
2	10	J	405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
2	11	K	405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
2	12	L	405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8058-2.8759	0.3585	117	0.2392	3760	X-RAY DIFFRACTION	79
2.8759-2.9536	0.2828	127	0.2401	3941	X-RAY DIFFRACTION	81
2.9536-3.0404	0.3691	119	0.2315	3929	X-RAY DIFFRACTION	84
3.0404-3.1384	0.2499	137	0.2265	4063	X-RAY DIFFRACTION	85
3.1384-3.2504	0.2663	139	0.2176	4128	X-RAY DIFFRACTION	88
3.2504-3.3803	0.2999	150	0.2126	4285	X-RAY DIFFRACTION	89
3.3803-3.5339	0.2482	148	0.2036	4337	X-RAY DIFFRACTION	91
3.5339-3.7198	0.2201	149	0.2016	4432	X-RAY DIFFRACTION	93
3.7198-3.9523	0.2603	142	0.2005	4406	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9523-4.2564	0.2633	140	0.1953	4554	X-RAY DIFFRACTION	95
4.2564-4.683	0.2299	149	0.1829	4551	X-RAY DIFFRACTION	95
4.683-5.3565	0.2182	159	0.1973	4638	X-RAY DIFFRACTION	96
5.3565-6.7331	0.3068	134	0.2281	4607	X-RAY DIFFRACTION	97
6.7331-27.9971	0.2114	154	0.1916	4565	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1151	-0.0182	0.0743	0.1182	-0.0528	0.3156	0.0091	0.0553	0.0155	-0.0386	-0.0503	-0.047	-0.0343	0.0579	-0.0078	0.0598	0.0537	-0.0265	0.3247	0.0211	-0.0186	18.3747	-43.3201	18.1349
2	0.1734	-0.0674	-0.1219	0.2949	0.0216	0.2572	0.0154	-0.0376	0.0329	0.0376	-0.0186	-0.028	0.0172	-0.0054	-0.0297	0.0808	-0.0173	0.0793	0.3634	-0.0351	0.0437	24.9449	-12.0189	6.8254
3	0.5284	0.0915	-0.1735	0.4547	0.0574	0.4339	0.0204	-0.2426	-0.0471	0.1139	0.0089	-0.0112	0.1015	0.0955	0.0243	0.1437	0.0884	0.0035	0.4666	-0.0716	0.1062	19.825	-67.4828	17.013
4	0.1922	-0.2506	0.0768	0.9273	-0.3063	1.0045	-0.1283	0.0383	0.1409	0.0268	-0.0798	-0.2059	-0.1927	0.4251	0.092	0.1696	-0.0448	-0.003	0.4778	-0.0394	0.1379	24.5862	12.2439	8.5386
5	0.0677	0.0482	-0.0132	0.1968	0.0442	0.0808	-0.0306	-0.1282	0.0179	0.0969	0.02	-0.0113	0.0002	-0.0604	-0.0002	0.0426	0.0255	-0.115	0.3712	0.0793	0.0866	-15.4651	-43.0226	8.428
6	0.1672	-0.0057	-0.0014	0.1505	-0.07	0.0347	0.01	-0.251	0.0846	0.1352	0.0582	-0.001	-0.0675	-0.0339	0.0431	0.1666	-0.0196	0.0221	0.5003	-0.0463	0.0448	-9.0216	-10.979	16.6542
7	0.065	-0.0117	-0.1128	0.5758	-0.0068	1.3007	0.0382	-0.0021	-0.0015	0.0371	-0.0272	0.1344	0.1508	-0.3904	-0.1096	0.2837	-0.069	0.0038	0.4458	0.1253	0.1119	-15.1277	-67.1221	11.9001
8	1.0697	-0.1416	0.0818	0.6342	-0.3517	0.1973	-0.1708	-0.4464	0.2364	0.2372	0.0326	0.1231	-0.1531	-0.1656	0.1002	0.1897	0.1089	-0.0505	0.4009	-0.1447	0.3431	-10.3174	13.335	13.6069
9	0.0625	0.0698	0.0311	0.1192	-0.0522	0.2115	-0.0253	0.1088	-0.0459	-0.0496	0.0346	-0.0721	0.0983	0.2003	0.0529	0.099	0.0618	0.0518	0.5089	-0.0549	0.0658	9.9385	-44.3649	-16.213
10	0.2533	-0.0346	0.071	0.231	-0.0064	0.2199	-0.0002	0.1543	-0.0123	-0.064	-0.0255	-0.0557	0.0194	0.1122	-0.0684	0.0054	0.018	-0.024	0.3583	0.0061	0.0221	-0.4784	-12.3608	-17.5786
11	0.2473	0.238	0.3416	0.476	0.1982	0.5568	0.0564	0.2443	-0.1905	-0.0008	0.0942	-0.2105	0.2292	0.3165	-0.2833	0.3154	0.1262	-0.152	0.431	-0.1929	0.238	6.6575	-68.7442	-15.6298
12	0.3553	0.1914	-0.4296	0.9182	0.0245	0.6089	0.1353	0.3124	0.1685	-0.2201	-0.0694	0.1009	-0.0048	-0.1647	-0.1142	0.1854	-0.04	0.0158	0.4105	0.0993	0.1143	2.7218	11.7144	-19.094

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain J
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain K
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain L

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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