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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2z44 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Selenomethionine-labeled ORF134 | ||||||
![]() | ORF134 | ||||||
![]() | CHAPERONE / helix bundle | ||||||
Function / homology | ![]() ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / carboxysome / carbon fixation / protein folding chaperone / photosynthesis / protein homodimerization activity / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tomimoto, Y. / Ihara, K. / Onizuka, T. / Kanai, S. / Ashida, H. / Yokota, A. / Tanaka, S. / Miyasaka, H. / Yamada, Y. / Kato, R. / Wakatsuki, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of ORF134 Authors: Tomimoto, Y. / Ihara, K. / Onizuka, T. / Kanai, S. / Ashida, H. / Yokota, A. / Tanaka, S. / Miyasaka, H. / Yamada, Y. / Kato, R. / Wakatsuki, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 30.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 24.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 429 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 429.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 6.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 8.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 15471.664 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 50% PEG 200, 0.1M phosphate-citrate pH 4.2, 0.2M NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K | ||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jun 29, 2005 | ||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 5247 / % possible obs: 98.7 % / Biso Wilson estimate: 64.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 | ||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.461 / % possible all: 98.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.313 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→48.8 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.498→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
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