PDB-2pen: Crystal structure of RbcX, crystal form I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pen

タイトル

Crystal structure of RbcX, crystal form I

要素

ORF134

キーワード

CHAPERONE / helix bundle / protein complex assembly

機能・相同性

機能・相同性情報

ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis / protein folding chaperone / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Saschenbrecker, S. / Bracher, A. / Vasudeva Rao, K. / Vasudeva Rao, B. / Hartl, F.U. / Hayer-Hartl, M.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Structure and Function of RbcX, an Assembly Chaperone for Hexadecameric Rubisco.
著者: Saschenbrecker, S. / Bracher, A. / Rao, K.V. / Rao, B.V. / Hartl, F.U. / Hayer-Hartl, M.

履歴

登録	2007年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pen.cif.gz	136.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pen.ent.gz	106.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pen.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2pen_validation.pdf.gz	466.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pen_full_validation.pdf.gz	477 KB	表示
XML形式データ	2pen_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	2pen_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/2pen ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/2pen	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2peiC 2pejC 2pekC 2pemC 2peoC 2peqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2pej-1 2z46-1 2pem-2 2z46-2 2pei-4 2peq-d 2pei-6 4v3q-4 2pek-2 2pei-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ORF134

B: ORF134

C: ORF134

D: ORF134

E: ORF134

F: ORF134

91.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ORF134

B: ORF134

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: ORF134

D: ORF134

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: ORF134

F: ORF134

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

C: ORF134

D: ORF134

E: ORF134

F: ORF134

ソフトウェアが定義した集合体
61.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.335, 93.335, 411.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

The biological unit is a dimer. There are 3 biological units in the asymmetric unit (chains A & B, chains C & D and chains E & F).

#1: タンパク質	ORF134 分子量: 15284.084 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechococcus sp. (バクテリア) / 株: PCC 7002 / 遺伝子: RbcX / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q44177
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.85 % 解説: Data collected at ESRF BEAMLINE BM14 using wavelength 0.8793 A was for Pt derivative
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.30-1.55 M Sodium acetate, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SLS	X10SA	1	0.9789
シンクロトロン	ESRF	BM14	2	0.8793

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 225 mm CCD	1	CCD	2005年6月18日
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD	2005年6月30日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9789	1
2	0.8793	1

Reflection

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	R_sym value	D res high (Å)	D res low (Å)	Num. obs	% possible obs
7	1	4.3	229045	0.081	0.081	3.15	102.062	32533	100
7.4	2	6	337895	0.078	0.078	2.8	102.598	45745	99.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
9.96	93.25	99.4	1	0.036	0.036	5.7
7.04	9.96	99.9	1	0.036	0.036	6.6
5.75	7.04	100	1	0.061	0.061	6.9
4.98	5.75	100	1	0.067	0.067	7
4.45	4.98	100	1	0.061	0.061	7.1
4.07	4.45	100	1	0.074	0.074	7.1
3.76	4.07	100	1	0.125	0.125	7.2
3.52	3.76	100	1	0.194	0.194	7.2
3.32	3.52	100	1	0.334	0.334	7.2
3.15	3.32	100	1	0.621	0.621	7.2
8.85	93.66	99.5	2	0.029	0.029	6.1
6.26	8.85	99.6	2	0.039	0.039	7
5.11	6.26	99.5	2	0.054	0.054	7.2
4.43	5.11	99.3	2	0.047	0.047	7.3
3.96	4.43	99.3	2	0.056	0.056	7.4
3.61	3.96	99.1	2	0.088	0.088	7.5
3.35	3.61	99.1	2	0.147	0.147	7.5
3.13	3.35	98.9	2	0.299	0.299	7.5
2.95	3.13	98.9	2	0.546	0.546	7.6
2.8	2.95	98.7	2	0.864	0.864	7.6

反射

解像度: 2.8→411.99 Å / Num. obs: 46362 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.5 % / R_merge(I) obs: 0.08 / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 6.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.8-2.95	14.8	0.641	1.2	98241	6617	0.641	100
2.95-3.13	14.8	0.423	1.8	93231	6285	0.423	100
3.13-3.35	14.8	0.239	3.1	87686	5926	0.239	100
3.35-3.61	14.8	0.127	5.7	81291	5508	0.127	100
3.61-3.96	14.7	0.083	8.2	75012	5106	0.083	100
3.96-4.43	14.6	0.059	10.7	68455	4688	0.059	100
4.43-5.11	14.4	0.061	9.1	59828	4143	0.061	100
5.11-6.26	14.2	0.081	7.1	50847	3573	0.081	100
6.26-8.85	13.8	0.053	10.1	39081	2822	0.053	100
8.85-91.03	12.1	0.036	14.8	20522	1694	0.036	99.2

-
位相決定

位相決定

手法:

単一同系置換・異常分散

Phasing dm

FOM : 0.4 / FOM acentric: 0.43 / FOM centric: 0.36 / 反射: 1067 / Reflection acentric: 641 / Reflection centric: 426

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
8-24.834	0.4	0.43	0.36	1067	641	426
5-8
4-5
3.5-4
3-3.5
2.8-3

Phasing MIR der

ID	Der set-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

Phasing MIR der site

ID: 1 / B_iso : 60 Å / Atom type symbol: Pt

Der-ID	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	0.7326	0.9921	0.0955	0.357
2	0.0597	0.0897	0.1214	0.3104
3	0.2027	0.1864	0.0812	0.37
4	0.5221	0.0734	0.0701	0.3047
5	0.0521	0.5536	0.0045	0.2283
6	0.2455	0.4467	0.0312	0.2888

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
SOLVE	2.01	位相決定
RESOLVE	2.01	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 9.742 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.321 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.262	2321	5 %	RANDOM
R_work	0.24	-	-	-
obs	0.242	46068	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.684 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5086	0	0	19	5105

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	5158
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.406	1.978	6994
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.226	5	651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.808	24.336	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.646	15	908
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.845	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	839
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3803
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	2483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	3589
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.203	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.019	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.694	1.5	3352
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.279	2	5219
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.788	3	1997
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.081	4.5	1775

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	167	-
R_work	0.354	3123	-
obs	-	3290	100 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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