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万見
- PDB-4v3q: Designed armadillo repeat protein with 4 internal repeats, 2nd ge... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v3q
タイトルDesigned armadillo repeat protein with 4 internal repeats, 2nd generation C-cap and 3rd generation N-cap.
要素YIII_M4_AII
キーワードDE NOVO PROTEIN / PROTEIN ENGINEERING / REPEAT PROTEIN / ARMADILLO REPEAT
機能・相同性Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Reichen, C. / Madhurantakam, C. / Pluckthun, A. / Mittl, P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Structures of designed armadillo-repeat proteins show propagation of inter-repeat interface effects.
著者: Reichen, C. / Madhurantakam, C. / Hansen, S. / Grutter, M.G. / Pluckthun, A. / Mittl, P.R.
履歴
登録2014年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.32018年4月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / refine / reflns_shell
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _refine.pdbx_starting_model / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YIII_M4_AII
B: YIII_M4_AII
C: YIII_M4_AII
D: YIII_M4_AII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,79422
ポリマ－104,9684
非ポリマー82518
水11,782654
1
A: YIII_M4_AII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,65510
ポリマ－26,2421
非ポリマー4139
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: YIII_M4_AII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4144
ポリマ－26,2421
非ポリマー1723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: YIII_M4_AII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4025
ポリマ－26,2421
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: YIII_M4_AII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3223
ポリマ－26,2421
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.498, 96.498, 96.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
YIII_M4_AII


分子量: 26242.115 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 654 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細CALCIUM ION (CA): FROM CRYSTALLIZATION BUFFER GLYCEROL (GOL): CRYOPROTECTANT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 25 % PEG 2KMME 0.2 M CA-ACETATE 0.1 M NA-ACETATE, PH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→96.34 Å / Num. obs: 93024 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.886 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4db6

4db6


解像度: 1.8→96.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 8.523 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2356 4660 5 %RANDOM
Rwork0.18933 ---
obs0.19168 88364 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.499 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å2-0.31 Å20 Å2
2---0.62 Å20 Å2
3---2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→96.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7346 0 28 654 8028
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0197611
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8281.96510378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.955316953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.69351015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.31828.575365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.656151316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.999154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.21203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0219133
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021571
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5731.8144018
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5681.8144017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2832.7115047
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6752.2113593
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 365 -
Rwork0.309 6526 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2714-0.03760.06161.6052-0.11330.58610.0144-0.09310.01910.24180.0882-0.3621-0.04870.0775-0.10260.07880.0029-0.06410.0547-0.04880.12128.395534.587712.708
20.29950.0314-0.03491.5805-0.14730.63160.01020.0956-0.0292-0.23960.0877-0.35970.05690.0811-0.09790.0743-0.00450.06360.0505-0.04940.12198.3921.1189-13.5814
30.84250.35580.03310.4633-0.06051.13060.1754-0.1081-0.01040.21840.15810.18440.0371-0.3077-0.33350.13620.04360.04220.20340.19990.2164-21.356725.031413.9108
40.8308-0.3643-0.06890.5068-0.03841.10010.16840.10620.0101-0.22540.16380.1906-0.0299-0.303-0.33220.1369-0.0435-0.04260.20170.19970.216-21.348430.5698-14.7201
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 250
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 248
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 247

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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