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- PDB-5c0r: Crystal Structure of a Generation 3 Influenza Hemagglutinin Stabi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c0r
タイトルCrystal Structure of a Generation 3 Influenza Hemagglutinin Stabilized Stem Complexed with the Broadly Neutralizing Antibody C179
要素
  • C179 Fab heavy chain
  • C179 Fab light chain
  • Hemagglutinin, Envelope glycoprotein, Fibritin fusion protein
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Hemagglutinin / immunogen / trimer / complex / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / viral budding from plasma membrane / host cell endosome membrane ...Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / viral budding from plasma membrane / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like ...Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibritin / Envelope glycoprotein gp160 / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.188 Å
データ登録者Boyington, J.C. / kwong, P.D. / Nabel, G.J. / Mascola, J.R.
引用ジャーナル: Nat Med / 年: 2015
タイトル: Hemagglutinin-stem nanoparticles generate heterosubtypic influenza protection.
著者: Hadi M Yassine / Jeffrey C Boyington / Patrick M McTamney / Chih-Jen Wei / Masaru Kanekiyo / Wing-Pui Kong / John R Gallagher / Lingshu Wang / Yi Zhang / M Gordon Joyce / Daniel Lingwood / ...著者: Hadi M Yassine / Jeffrey C Boyington / Patrick M McTamney / Chih-Jen Wei / Masaru Kanekiyo / Wing-Pui Kong / John R Gallagher / Lingshu Wang / Yi Zhang / M Gordon Joyce / Daniel Lingwood / Syed M Moin / Hanne Andersen / Yoshinobu Okuno / Srinivas S Rao / Audray K Harris / Peter D Kwong / John R Mascola / Gary J Nabel / Barney S Graham /
要旨: The antibody response to influenza is primarily focused on the head region of the hemagglutinin (HA) glycoprotein, which in turn undergoes antigenic drift, thus necessitating annual updates of ...The antibody response to influenza is primarily focused on the head region of the hemagglutinin (HA) glycoprotein, which in turn undergoes antigenic drift, thus necessitating annual updates of influenza vaccines. In contrast, the immunogenically subdominant stem region of HA is highly conserved and recognized by antibodies capable of binding multiple HA subtypes. Here we report the structure-based development of an H1 HA stem-only immunogen that confers heterosubtypic protection in mice and ferrets. Six iterative cycles of structure-based design (Gen1-Gen6) yielded successive H1 HA stabilized-stem (HA-SS) immunogens that lack the immunodominant head domain. Antigenic characterization, determination of two HA-SS crystal structures in complex with stem-specific monoclonal antibodies and cryo-electron microscopy analysis of HA-SS on ferritin nanoparticles (H1-SS-np) confirmed the preservation of key structural elements. Vaccination of mice and ferrets with H1-SS-np elicited broadly cross-reactive antibodies that completely protected mice and partially protected ferrets against lethal heterosubtypic H5N1 influenza virus challenge despite the absence of detectable H5N1 neutralizing activity in vitro. Passive transfer of immunoglobulin from H1-SS-np-immunized mice to naive mice conferred protection against H5N1 challenge, indicating that vaccine-elicited HA stem-specific antibodies can protect against diverse group 1 influenza strains.
履歴
登録2015年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22015年10月28日Group: Source and taxonomy
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin, Envelope glycoprotein, Fibritin fusion protein
L: C179 Fab light chain
H: C179 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5765
ポリマ－82,9303
非ポリマー6462
水1448
1
A: Hemagglutinin, Envelope glycoprotein, Fibritin fusion protein
L: C179 Fab light chain
H: C179 Fab heavy chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin, Envelope glycoprotein, Fibritin fusion protein
L: C179 Fab light chain
H: C179 Fab heavy chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin, Envelope glycoprotein, Fibritin fusion protein
L: C179 Fab light chain
H: C179 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,72815
ポリマ－248,7919
非ポリマー1,9376
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area30530 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area95400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.038, 112.038, 205.125
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#2: 抗体 C179 Fab light chain


分子量: 23451.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 C179 Fab heavy chain


分子量: 25062.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 9分子 A

#1: タンパク質 Hemagglutinin, Envelope glycoprotein, Fibritin fusion protein


分子量: 34416.082 Da / 分子数: 1
断片: UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus, Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B, Enterobacteria phage T4
株: A/New Caledonia/20/1999(H1N1), isolate HXB2 / 遺伝子: HA, env, wac / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6WG00, UniProt: P04578, UniProt: D9IEJ2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15% (w/v) PEG 1500, 5% (v/v) MPD, 200 mM ammonium chloride, 100 mM Tris, pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月10日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.188→50 Å / Num. obs: 15742 / % possible obs: 98.25 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 94.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 3.188→3.3 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 87.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
Coot0.7モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RU7 (5-36, 315-323 chain A, 514-559, 590-660 chain B), 1SZT (3-29, 42-67 chain A), 1Q9K (1-111 chain B), 1UWX (3-108 chain K), 1RFO (1-27, chain A)

1ru7

1szt

1q9k

1uwx

1rfo


解像度: 3.188→32.343 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2506 783 4.98 %Random selection
Rwork0.1992 ---
obs0.2018 15733 98.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.188→32.343 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5499 0 42 8 5549
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035672
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6647702
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4482032
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028857
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002987
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.188-3.38750.38271300.31812283X-RAY DIFFRACTION91
3.3875-3.64870.31591120.26122545X-RAY DIFFRACTION100
3.6487-4.01530.25961510.22922510X-RAY DIFFRACTION100
4.0153-4.59490.24761430.19262534X-RAY DIFFRACTION100
4.5949-5.78370.24421280.18132528X-RAY DIFFRACTION100
5.7837-32.34420.20971190.16582550X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8160.75944.31961.48850.45858.2863-0.302-0.23820.43180.5106-0.29830.0543-1.18670.17-0.01871.0283-0.2443-0.05180.8248-0.02620.842718.247511.7465-16.6535
20.1550.60640.94940.96642.18133.9361-0.31810.6680.8352-0.3882-0.697-0.44970.29331.0666-0.62770.8495-0.0957-0.04771.16710.15590.836212.92986.1436-53.0492
31.77740.550.96661.0981.26243.342-0.1069-0.22070.35580.0172-0.36450.1374-0.1566-0.3315-0.01080.742-0.1102-0.07090.6710.09870.84057.07292.7303-37.3824
45.8703-3.51760.01494.51191.36881.8216-0.1215-0.6705-0.91791.7246-0.2831-0.8909-0.63321.5161-1.391.3443-0.3911-0.36811.7140.35741.175127.99950.37780.6069
56.3312-2.2994-6.47335.68623.09596.8836-0.0405-1.1361-1.07051.8105-0.5661-0.37631.43950.0009-0.95591.9083-0.4676-0.4721.95460.10161.108725.8759-3.78312.9941
61.7966-1.90091.06242.096-0.88941.2405-2.1660.5991-1.35290.43982.1909-0.5323-0.6026-1.3972-0.01962.3616-0.41870.05442.1818-0.13321.87153.86895.058610.3274
77.33550.9143-2.37121.05250.27545.99960.1349-1.3314-2.95870.7056-0.5354-0.63160.58391.6495-2.6290.8747-0.1772-0.46751.46940.41211.998252.8688-3.5907-22.1563
85.13053.3712-1.40424.79441.85713.3697-0.0547-1.3189-1.42460.3561-0.0229-1.27050.0930.8672-3.15320.7095-0.1523-0.41051.41320.38031.019345.13072.2017-19.2877
91.13180.363-0.20825.9367-3.28712.8222-0.217-0.2488-2.7221-0.7649-0.11520.27950.9856-0.9293-0.25150.7646-0.1345-0.14490.99080.08361.671339.2347-1.6402-28.9773
106.16330.2034-1.34830.1432-0.50541.305-0.4936-1.2137-2.67770.4157-0.0074-0.76880.32370.4744-0.32420.8987-0.1061-0.14151.15890.33022.164449.4895-4.4897-26.1852
112.9711-2.36781.24353.5895-0.14415.5138-0.01122.713-2.3649-0.33840.77510.25810.3784-0.15140.59770.845-0.1375-0.09392.0146-0.62991.74475.008-3.4745-46.4698
121.4151-0.7809-0.32030.5591-0.42792.30280.44690.8274-2.04270.36470.40510.9196-0.06270.40610.05410.99440.0242-0.07331.2731-0.33112.271.6654-3.7671-40.2937
131.6094-1.5528-0.91121.91852.77059.21680.49010.9322-0.5825-0.9376-0.0857-0.6606-1.25121.4611-0.30460.7384-0.06520.09941.9804-0.62441.589984.25941.3588-47.4259
149.17180.8458-4.20270.60720.33252.91660.2811.0362-3.8337-0.3368-1.02711.29610.46260.36191.91940.95210.06150.211.8185-0.62062.5681.5696-11.2463-41.91
157.22850.9742-3.09797.284-1.55387.74210.31630.3340.7950.086-0.05550.0219-0.9565-0.2355-0.00360.8554-0.0529-0.07310.9060.11481.016941.51317.3885-34.1193
160.2106-0.4719-0.63583.42031.52722.36960.2208-0.05690.76190.8194-0.1055-0.3074-0.9311-0.16070.01991.0167-0.22570.02161.29020.21181.271643.017423.0738-38.0957
176.31980.1836-1.50671.2160.14940.35961.3919-0.60270.47770.0099-0.7336-0.6404-0.2773-0.07380.23740.7811-0.2091-0.05081.26840.21610.96639.907411.5167-32.8092
185.0745-1.33171.68131.68391.03992.16820.70950.3775-0.5033-0.4088-0.3346-0.1623-0.13061.3661-0.00450.813-0.0697-0.17641.2080.01530.977949.45311.8046-40.8348
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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