PDB-5bzv: Crystal structure of the RNA-binding domain of yeast Puf5p bound ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bzv

タイトル

Crystal structure of the RNA-binding domain of yeast Puf5p bound to SMX2 RNA

要素

RNA (5'-R(*UP*GP*UP*AP*CP*UP*AP*UP*A)-3')
Suppressor protein MPT5

キーワード

rna binding protein/rna / PUF RNA-binding domain / rna binding protein-rna complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of mRNA binding / intracellular mRNA localization / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / regulation of G1 to G0 transition / post-transcriptional regulation of gene expression / negative regulation of translational initiation / protein-macromolecule adaptor activity / negative regulation of translation / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.354 Å

データ登録者

Qiu, C. / Hall, T.M.T.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: RNA regulatory networks diversified through curvature of the PUF protein scaffold.
著者: Wilinski, D. / Qiu, C. / Lapointe, C.P. / Nevil, M. / Campbell, Z.T. / Tanaka Hall, T.M. / Wickens, M.

履歴

登録	2015年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bzv.cif.gz	175.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bzv.ent.gz	137.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bzv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5bzv_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bzv_full_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示
XML形式データ	5bzv_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	5bzv_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/5bzv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/5bzv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5bymSC 5bz1C 5bz5C 5bzuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bym-d 5bzu-d 4bpl-d 6eyw-d 4op0-d 6ixo-d 4k70-2 5h43-d 5y7m-2 1bk6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Suppressor protein MPT5

B: RNA (5'-R(*UP*GP*UP*AP*CP*UP*AP*UP*A)-3')

48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.930, 106.930, 167.352
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Suppressor protein MPT5 / Protein HTR1 / Pumilio homology domain family member 5 分子量: 45310.414 Da / 分子数: 1 / 断片: uno residues 201-600 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MPT5, HTR1, PUF5, YGL178W, BIC834 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39016
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(UPGPUPAPCPUPAPUPA)-3') 分子量: 2817.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 15-20% PEG3350, 0.1M CBTP, pH 7.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 22619 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 27.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 22.9
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 83.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5BYM

5bym

解像度: 2.354→45.053 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2326	1999	8.84 %
R_work	0.1883	-	-
obs	0.1923	22610	93.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.354→45.053 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2933	186	0	145	3264

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3191
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.978	4356
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.721	1214
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	534
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	511

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3538-2.4127	0.2514	138	0.1988	1436	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4127-2.4779	0.2628	143	0.2042	1474	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4779-2.5508	0.2341	145	0.1972	1483	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5508-2.6331	0.2643	139	0.1995	1441	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6331-2.7272	0.2747	142	0.2047	1464	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7272-2.8364	0.2857	144	0.2058	1478	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8364-2.9655	0.2585	141	0.2122	1466	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9655-3.1218	0.242	142	0.2123	1454	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1218-3.3173	0.283	142	0.2018	1476	X-RAY DIFFRACTION	94
3.3173-3.5733	0.2371	144	0.1913	1468	X-RAY DIFFRACTION	93
3.5733-3.9327	0.2152	141	0.1738	1459	X-RAY DIFFRACTION	93
3.9327-4.5014	0.2307	143	0.1564	1476	X-RAY DIFFRACTION	92
4.5014-5.6695	0.2039	145	0.1702	1484	X-RAY DIFFRACTION	91
5.6695-45.0617	0.1734	150	0.1896	1552	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9178	-0.837	-3.0953	4.3515	-1.5254	2.5486	0.2266	0.8146	0.0482	-0.0468	-0.0499	-0.0831	-0.4268	0.6438	-0.1525	0.3797	-0.0158	0.0007	0.6609	0.0342	0.2295	9.0291	37.8266	-33.5985
2	1.7083	0.7002	-0.0331	1.4172	-0.9634	6.0044	-0.0326	0.3102	-0.0801	-0.1528	0.013	0.0645	0.162	-0.1832	0.0158	0.1529	0.0197	0.0252	0.2463	-0.0533	0.2014	3.881	29.2679	-19.0397
3	2.7948	0.0754	-0.4115	4.3208	1.0373	4.4193	-0.0037	-0.144	0.2296	0.0633	0.1339	-0.2353	0.079	0.1816	-0.1263	0.1868	-0.0058	0.0699	0.2192	-0.0553	0.169	4.7613	30.0186	-1.7582
4	1.4365	0.4137	0.1106	2.7202	1.6089	3.3559	-0.0711	-0.1304	-0.0958	0.4136	0.0686	0.0539	0.2992	0.1403	0.02	0.2549	-0.0235	0.0531	0.246	-0.0116	0.1814	-0.1457	33.5816	11.2194
5	7.6362	6.5837	6.4309	8.417	6.9517	8.848	0.0952	-0.3893	-0.3542	0.3595	0.052	-0.1542	0.396	-0.2021	-0.1714	0.3681	0.0015	0.0651	0.3782	-0.0141	0.252	-5.3869	37.7461	26.0854
6	7.5168	1.9608	-2.9153	2.1749	-0.1956	3.0276	-0.2125	0.244	-0.1976	0.169	-0.0107	0.4829	0.1766	-0.1401	0.2095	0.2937	-0.0654	0.076	0.2105	-0.0662	0.2989	-10.0005	46.187	23.2135
7	2.2716	-0.2361	0.7472	3.1191	1.662	3.2048	-0.263	-0.3972	-0.2905	0.4923	0.0425	0.4821	-0.0269	-0.0427	0.1517	0.4752	0.0089	0.1523	0.2766	0.0014	0.3019	-10.68	49.0839	30.7901
8	3.4753	-0.4583	-0.4292	1.1399	-0.5947	4.3313	-0.3598	-0.3371	0.1481	0.6844	0.1236	0.4115	-0.2202	-0.1236	0.1709	0.5344	0.0368	0.1489	0.2606	-0.091	0.3438	-10.8842	59.8239	34.9834
9	0.0473	-0.014	-0.6071	0.006	0.1727	7.7983	0.0297	0.0964	0.1348	-0.954	0.2157	0.0968	-0.3016	0.4927	-0.6898	0.637	-0.1614	0.0516	0.404	-0.0148	0.2676	5.2045	49.6965	2.6953

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 204 through 234 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 235 through 322 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 323 through 353 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 354 through 425 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 426 through 449 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 450 through 472 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 473 through 556 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 557 through 599 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 9 )

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