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万見
- PDB-5bvj: The molecular mode of action and species specificity of canakinum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bvj
タイトルThe molecular mode of action and species specificity of canakinumab, a human monoclonal antibody neutralizing IL-1beta
要素
  • canakinumab Fab heavy-chain
  • canakinumab Fab light-chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin / Fab
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Rondeau, J.M.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2015
タイトル: The molecular mode of action and species specificity of canakinumab, a human monoclonal antibody neutralizing IL-1 beta.
著者: Rondeau, J.M. / Ramage, P. / Zurini, M. / Gram, H.
履歴
登録2015年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22015年10月28日Group: Database references
改定 2.02020年3月11日Group: Atomic model / Data collection / Polymer sequence
カテゴリ: atom_site / diffrn_radiation_wavelength ...atom_site / diffrn_radiation_wavelength / entity_poly / pdbx_nonpoly_scheme
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: canakinumab Fab light-chain
B: canakinumab Fab heavy-chain
C: canakinumab Fab light-chain
D: canakinumab Fab heavy-chain
E: canakinumab Fab light-chain
F: canakinumab Fab heavy-chain
G: canakinumab Fab light-chain
H: canakinumab Fab heavy-chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,2448
ポリマ－190,2448
非ポリマー00
水22,2311234
1
A: canakinumab Fab light-chain
B: canakinumab Fab heavy-chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5612
ポリマ－47,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19890 Å2
手法PISA
2
C: canakinumab Fab light-chain
D: canakinumab Fab heavy-chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5612
ポリマ－47,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA
3
E: canakinumab Fab light-chain
F: canakinumab Fab heavy-chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5612
ポリマ－47,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
4
G: canakinumab Fab light-chain
H: canakinumab Fab heavy-chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5612
ポリマ－47,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.621, 142.264, 83.802
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.760, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体
canakinumab Fab light-chain / ILARIS Fab / canakinumab Fab


分子量: 23381.908 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): myeloma / 細胞株 (発現宿主): SP2/0 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体
canakinumab Fab heavy-chain / ILARIS Fab / canakinumab Fab


分子量: 24179.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SP2/0 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.94 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 12% PEG MME 5000, 50mM sodium citrate pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. obs: 114298 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 0.952 / Net I/av σ(I): 27.517 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 552811
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.074.50.148113970.57199.9
2.07-2.154.90.112113680.509100
2.15-2.254.90.097114360.514100
2.25-2.374.90.086114090.521100
2.37-2.524.90.079114130.65100
2.52-2.714.90.069114100.806100
2.71-2.994.90.063114371.077100
2.99-3.424.90.054114061.478100
3.42-4.314.80.046114771.7399.9
4.31-1004.80.045115451.64899.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZO1.97.9データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNSCNX2002精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→50.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 25643448 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 5760 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs-114268 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.7882 Å2 / ksol: 0.3406 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 74.84 Å2 / Biso mean: 25 Å2 / Biso min: 6.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.21 Å20 Å2-4.81 Å2
2---3.13 Å20 Å2
3---1.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→50.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13207 0 0 1234 14441
Biso mean---32.23 -
残基数----1732
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.871.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.282.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 960 5.1 %
Rwork0.194 17875 -
all-18835 -
obs--98.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_pca.paramprotein_pca.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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