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- PDB-5brz: MAGE-A3 reactive TCR in complex with MAGE-A3 in HLA-A1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5brz
タイトルMAGE-A3 reactive TCR in complex with MAGE-A3 in HLA-A1
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • GLU-VAL-ASP-PRO-ILE-GLY-HIS-LEU-TYR
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
  • Protein TRAV21,T-cell receptor alpha chain C region
  • Protein TRBV5-1,Human nkt tcr beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immuno pMHC TCR MAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase binding / alpha-beta T cell receptor complex / negative regulation of protein processing / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation ...caspase binding / alpha-beta T cell receptor complex / negative regulation of protein processing / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / T cell receptor complex / CD8 receptor binding / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / alpha-beta T cell activation / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / T cell receptor binding / immune system process / negative regulation of autophagy / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to bacterium / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Interferon alpha/beta signaling / histone deacetylase binding / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Downstream TCR signaling / late endosome membrane / sensory perception of smell / antibacterial humoral response / positive regulation of cellular senescence / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen
類似検索 - 分子機能
Melanoma associated antigen, N-terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen ...Melanoma associated antigen, N-terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-Type / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 21 / T cell receptor beta variable 5-1 / Human nkt tcr beta chain / T cell receptor alpha chain constant / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Melanoma-associated antigen 3 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Raman, M.C.C. / Rizkallah, P.J. / Simmons, R. / Donnellan, Z. / Dukes, J. / Bossi, G. / LeProvost, G. / Mahon, T. / Hickman, E. / LomaX, M. ...Raman, M.C.C. / Rizkallah, P.J. / Simmons, R. / Donnellan, Z. / Dukes, J. / Bossi, G. / LeProvost, G. / Mahon, T. / Hickman, E. / LomaX, M. / Oates, J. / Hassan, N. / Vuidepot, A. / Sami, M. / Cole, D.K. / Jakobsen, B.K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Direct molecular mimicry enables off-target cardiovascular toxicity by an enhanced affinity TCR designed for cancer immunotherapy.
著者: Raman, M.C. / Rizkallah, P.J. / Simmons, R. / Donnellan, Z. / Dukes, J. / Bossi, G. / Le Provost, G.S. / Todorov, P. / Baston, E. / Hickman, E. / Mahon, T. / Hassan, N. / Vuidepot, A. / Sami, ...著者: Raman, M.C. / Rizkallah, P.J. / Simmons, R. / Donnellan, Z. / Dukes, J. / Bossi, G. / Le Provost, G.S. / Todorov, P. / Baston, E. / Hickman, E. / Mahon, T. / Hassan, N. / Vuidepot, A. / Sami, M. / Cole, D.K. / Jakobsen, B.K.
履歴
登録2015年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: GLU-VAL-ASP-PRO-ILE-GLY-HIS-LEU-TYR
D: Protein TRAV21,T-cell receptor alpha chain C region
E: Protein TRBV5-1,Human nkt tcr beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,91312
ポリマ－93,2415
非ポリマー6727
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11840 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area38680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.590, 47.500, 119.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.120, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain / MHC class I antigen A*1


分子量: 31734.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30443, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 Protein TRAV21,T-cell receptor alpha chain C region


分子量: 21451.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAV21, TRAC, TCRA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4J279, UniProt: P01848
#5: タンパク質 Protein TRBV5-1,Human nkt tcr beta chain / V_segment translation product


分子量: 27132.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCRBV5S1A1T, TRBV5-1, B2M, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A578, UniProt: K7N5M4

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド GLU-VAL-ASP-PRO-ILE-GLY-HIS-LEU-TYR


分子量: 1043.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43357*PLUS

-
非ポリマー , 2種, 24分子

#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium chloride, 0.1M HEPES pH7, 15% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→82.01 Å / Num. obs: 27833 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 99682
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.62-2.693.70.9151.9744720050.450.58899.7
11.72-82.013.30.0239.711133370.9990.01393

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.62 Å82.01 Å
Translation2.62 Å82.01 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.27データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W72 and 3O4L

1w72

3o4l


解像度: 2.62→82.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / WRfactor Rfree: 0.2497 / WRfactor Rwork: 0.1761 / FOM work R set: 0.7991 / SU B: 30.693 / SU ML: 0.29 / SU R Cruickshank DPI: 0.3013 / SU Rfree: 0.3592 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.359 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2683 1399 5 %RANDOM
Rwork0.1934 ---
obs0.1971 26433 98.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 166.93 Å2 / Biso mean: 62.589 Å2 / Biso min: 20.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å2-0 Å2-2.06 Å2
2--2.19 Å2-0 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.62→82.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6566 0 35 17 6618
Biso mean--91.59 41.99 -
残基数----822
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196771
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026099
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5971.9399198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.841314040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9245817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.0623.757346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.193151081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7911553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2964
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217759
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4032.7883283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4032.7873282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3364.1764095
LS精密化 シェル解像度: 2.62→2.688 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 88 -
Rwork0.315 1915 -
all-2003 -
obs--99.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.06020.44760.17521.7629-0.32874.0922-0.0287-0.2311-0.130.0294-0.0214-0.01170.0907-0.1950.05010.0428-0.02280.07580.0941-0.02270.1427139.575235.6415165.2618
22.35390.40831.84616.38342.89075.3505-0.3315-0.36240.77840.4505-0.150.3405-0.898-0.52860.48150.40010.12010.07820.444-0.10140.4687138.564750.1081198.4523
32.70.0125-0.28863.5744-1.81398.0576-0.0065-0.3052-0.20890.5020.027-0.32860.16880.3443-0.02040.12720.00440.01730.1729-0.04920.2335153.665435.4344189.0251
43.76410.62733.74893.26342.43927.40660.1024-0.12960.0684-0.2642-0.16810.56680.0687-0.69760.06580.1048-0.00570.06160.27640.0190.362116.813131.2537142.131
55.2202-3.2382-0.31587.87640.24964.128-0.1507-0.0756-0.28630.20910.06870.58860.1345-0.47330.0820.5412-0.0364-0.20530.7322-0.00310.5837106.184714.6519113.1312
62.05590.93751.01476.10571.70253.99770.05280.056-0.1137-0.00920.1189-0.04060.4981-0.0266-0.17170.1570.01810.08040.15310.00340.1382134.075415.9466141.7681
75.2164-2.50463.41484.3005-4.31166.42960.24810.54840.0431-0.4169-0.13660.31580.38980.1596-0.11160.47440.00860.00970.3278-0.08330.2611122.691812.0844113.4509
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D1 - 115
6X-RAY DIFFRACTION5D116 - 210
7X-RAY DIFFRACTION6E0 - 115
8X-RAY DIFFRACTION7E116 - 246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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