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万見
- PDB-5bp9: Crystal structure of SAM-dependent methyltransferase from Bactero... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bp9
タイトルCrystal structure of SAM-dependent methyltransferase from Bacteroides fragilis in complex with S-Adenosyl-L-homocysteine
要素Putative methyltransferase protein
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性Methyltransferase domain / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Chem-ETE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Putative methyltransferase protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Gasiorowska, O.A. / Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Cymborowski, M.T. / Mason, D.V. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of SAM-dependent methyltransferase fromBacteroides fragilis in complex with S-Adenosyl-L-homocysteine
著者: Gasiorowska, O.A. / Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Cymborowski, M.T. / Mason, D. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W.
履歴
登録2015年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative methyltransferase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0904
ポリマ－32,3041
非ポリマー7873
水6,035335
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.732, 70.660, 78.743
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative methyltransferase protein


分子量: 32303.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Protein was incubated with TEV before crystallization.
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
株: ATCC 25285 / DSM 2151 / JCM 11019 / NCTC 9343 / 遺伝子: BF9343_1312 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q5LFK0
#2: 化合物 ChemComp-ETE / 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / テトラエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 208.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O5
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.55 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the TOP96 condition #29 (0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M ...詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the TOP96 condition #29 (0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium Cacodylate:HCl pH 6.5, 30% (w/v) PEG 8000) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). Before crystallization protein was incubated with 1/50 v/v of 1 mg/ml TEV solution at 289 K for 3 hours
PH範囲: 6.5-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月16日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 38281 / Num. obs: 37846 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 18.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.069 / Rsym value: 0.062 / Χ2: 1.824 / Net I/av σ(I): 33.435 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 187562
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.5-1.534.40.6921.918070.6770.3620.7840.78698
1.53-1.554.70.56518610.8160.280.6320.79797.7
1.55-1.5850.48518490.8730.2350.5410.78198.2
1.58-1.6250.43118450.8860.210.480.85397.9
1.62-1.6550.35818600.9210.1740.3990.86598.6
1.65-1.6950.30718600.9430.1480.3410.89798.6
1.69-1.7350.25918530.960.1250.2880.94198.8
1.73-1.7850.20918860.9720.1010.2330.99798.8
1.78-1.8350.1718740.9790.0830.191.07998.7
1.83-1.895.10.14618800.9830.0710.1631.17699.2
1.89-1.965.10.11418780.9890.0550.1271.33199.4
1.96-2.045.10.09318840.9930.0450.1041.49899.2
2.04-2.135.10.08118900.9950.0390.0911.65499.4
2.13-2.245.10.0719090.9960.0340.0781.84499.6
2.24-2.385.10.06719020.9960.0320.0752.18199.6
2.38-2.5650.06619200.9960.0320.0732.73499.6
2.56-2.8250.05619380.9960.0280.0632.93399.7
2.82-3.234.90.04919440.9980.0240.0543.63699.7
3.23-4.074.90.03919580.9990.0190.0443.60799.3
4.07-504.60.0420480.9980.020.0455.597.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BLU-MAXデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
MLPHARE位相決定
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / WRfactor Rfree: 0.1796 / WRfactor Rwork: 0.1319 / FOM work R set: 0.8908 / SU B: 2.499 / SU ML: 0.046 / SU R Cruickshank DPI: 0.0747 / SU Rfree: 0.0699 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.07 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.0699 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1795 1836 4.9 %RANDOM
Rwork0.1318 ---
obs0.1341 35821 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.52 Å2 / Biso mean: 22.973 Å2 / Biso min: 9.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å20 Å2
2--0.4 Å2-0 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1853 0 53 338 2244
Biso mean--41.64 37.3 -
残基数----237
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192029
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5622.0222745
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08534445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5625260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.02723.91897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.55215310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6051516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02463
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1051.827976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0531.821975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2772.7151220
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.22531976
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.1330.11929
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 134 -
Rwork0.226 2583 -
all-2717 -
obs--97.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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